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文章 心塞！比利时天才儿童9岁就读博，而有人读博15年还毕不了业......

...响他后面的学业，办理了退学， 然后准备直接读博..... what？还可以这样？ 注意，这位小朋友今年只有9岁，9岁的我还在上小学3年级啊!! 有位网友评论得很对： 还有网友说：我三十岁了博士还没毕业。。。。 你不是...

问题 重测序遗传变异过滤

...师请教下，在对群体的变异进行过滤的时候，为什么min and max-alleles都是2，在群体中，一个位点的变异很可能大于2呀，这样的设置不会导致过滤掉丰富变异的位点吗？vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0...

文章 TukeyHSD报错

Error in TukeyHSD.aov(., ...) : no factors in the fitted model Calls: %>% ... is.data.frame -> <Anonymous> -> TukeyHSD -> TukeyHSD.aov In addition: Warning message: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: group1 Execution halted 数据框组代表...

问题 genome-annotation缺失tantan

在用omicsclass/genome-annotation镜像进行注释时报错，代码如下“funannotate mask -i pilon_polished2.fasta -o tz-mask.fasta”，提交后显示“Missing Dependencies: tantan.  Please install missing dependencies and re-run script”。请问老师如何解决依赖项缺失问题

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

...y(All_DEG_venn,2,na.omit)datav<-Venn(All_DEG_venn)plot(datav,doWeight=F,type="ellipses")

文章 HPA：人类蛋白图谱数据库

...器官中的表达情况      以PAX8为例 2.    SINGLE CELL TYPE ATLAS     单细胞类型图谱包含13种不同人体组织的单细胞RNA测序（scRNAseq）数据，以及内部生成的免疫组织化学染色组织切片，显示相应的空间蛋白表达模式。     以...

问题 微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分，进行代谢通路差异比较可视化

... q2-ggpicrust2_output \     --top 20 --p_values_threshold 1 \     -t type  -a  A -b B  -p pathway_group_q2

问题 biolinux报错，不能打开一个新任务

The virtual machine 'Bio-Linux-8.0.7' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in 'D:\VirtualBox VMs\Bio-Linux-8.0.7\Logs\VBoxHardening.log'.

问题 使用vcftools过滤vcf文件缺失位点时报错

#代码 vcftools --gzvcf xxx.vcf.gz --max-missing 1.0 --recode --stdout | gzip -c > xxx.recode.vcf.gz #报错 Error: Require Genotypes in variant file to filter by frequency and/or call rate

问题 运行DESeq2出错

各位老师，可以帮我看一下吗 Error in h(simpleError(msg, call)) :   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': could not find function "cpm"Calls: std_two_condition_comp_deseq2 -> new_DGE_list -> rowSums -> .handleSimpleError -> h

文章 GWAS模型描述方法

... naive: y= x + e, fixed: y = x + q + e, kinship: y=x+z+e (Pariseaux and Bernardo, 2004), QK: y = x + q + z + e (Yu et al., 2006), eigenstrat: y = x + q + e (Price et al., 2006; Malosetti et al., 2007).   参考： https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-04-07/web/packages/lmem.g...

问题 为什么找不到如下路径呢？？CAFE软件如何安装？

为什么组学服务器上找不到如下路径呢？？/share/work/biosoft/CAFE/CAFE5/tutorial/clade_and_size_filter.py CAFE软件如何安装？ 谢谢

文章 错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

...ashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 如果是使用zsh的mac，则是修改~/.zshrc文件 # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion LC_CTYPE=en_US.UTF-8...

问题 老师，这个警告问题大不大

...econdary GFM file: Amphitetranychus_viennensis.genome.2.ht2Re-opening _in1 and _in2 as input streamsReturning from GFM constructorWarning: a local graph exploded (offset: 1239040, length: 57344)Warning: a local graph exploded (offset: 68216166, length: 57344)Returning from initFromVector

问题 GEO2R三组之间怎么比较呢?

请教老师，看了一些GEO2R的教学视频，都是分两组进行比较（normal and tumor），想问下三组之间怎么比较呢? 正常对照组、疾病组、治疗组，然后想看看药物对疾病的靶点