找到约 15 条结果

问题 在GDC数据库下载数据出错

....gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因...

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...ll:coxph(formula = Surv(time, status) ~ sex, data = lung)  n= 228, number of events= 165        coef exp(coef) se(coef)      z Pr(>|z|)   sex -0.5310    0.5880   0.1672 -3.176  0.00149 **---Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1    ex...

文章 时隔4年，四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉！

...果于近日在线发表在 Nature Medicine 上，论文题目为《Safety and feasibility of CRISPR-edited T cells in patients with refractory non-small-cell lung cancer》，为 CRISPR/Cas9 基因编辑的 T 细胞临床应用基本的安全可行提供了重要证明。 1. 实验简介：这...

文章 Argument list too long报错

...超过参数长度限制。 find /要链接的文件路径 -name "*txt" -type f | xargs -I {} ln -s {} /目标目录路径 2.使用循环： 如果你不想使用 find 和 xargs，你可以在脚本中使用循环逐个创建链接。对于非常大量的文件，这可能效率较低，但可...

文章 GEO 数据介绍及在线下载

...息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也...

问题 群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

...-1] INFO net.maizegenetics.analysis.data.FileLoadPlugin - guessAtUnknowns: type: VCF   就没有任何显示了，命令运行完，文件夹里也没任何文件输出

问题 在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

...or -i 2.axt -o kaks2.txt<br>Method(s): MA<br>Genetic code: 1-Standard Code<br>Please wait while reading sequences and calculating...<br>manager@bl8vbox[dupl-id1]  这是无结果文件输出的显示！ manager@bl8vbox[dupl-id1] /home/manager6/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calcu...

文章 SNP检测Massarray法怎么样？中高通量大样本适用吗？

...飞行时间质谱技术(Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight， MALDI-TOF)，该技术完美地整合了PCR技术的高灵敏度、芯片技术的高通量和质谱技术的高精确度，是目前唯一应用质谱直接检测SNP的技术平台。 massarray法的优势 ...

问题 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

...码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请教老师是哪里出现了问题，应该怎么解决？谢谢老师！

问题 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

...码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请教老师是哪里出现了问题，应该怎么解决？谢谢老师！

文章 seqkit计算基因组大小

...组大小 seqkit stat test.fa 结果如下： file      format  type  num_seqs      sum_len  min_len      avg_len     max_lentest.fa  FASTA   DNA        149  396,098,845   10,246  2,658,381.5  44,776,151 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频...

文章 exFAT格式的硬盘挂载问题

...位置) sudo blkid /dev/sdb2 /dev/sdb2: LABEL="lhy" UUID="671B-49FC" TYPE="exfat" PARTLABEL="Basic data partition" PARTUUID="41588916-0323-4576-9e91-95c7ef97107f" 标黄的地方就是文件格式,这里是exfat 那如何挂载?最简单的就是用 umask、uid 和 gid 选项来控制文...

文章 你了解SAM和BAM文件吗

...QUAL：reads的序列质量信息； 12. 可选字段：格式如：TAG:TYPE:VALUE，其中TAG有两个大写字母组成，每个TAG代表一类信息，每一行一个TAG只能出现一次，TYPE表示TAG对应值的类型，可以是字符串、整数、字节、数组等。  常用bam/sam文...

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

跟着课程做，我的结果显示结构变异和非结构变异WRKY的表达量没有显著的差异，那么08.SV_and_gene_structure还能做吗？

问题 WGCNA官网处理大量基因的方法

表达矩阵有60000多个基因，在Network construction and module detection部分采用官网给的脚本，哪一步有moduleLabels？与课程给的代码怎么衔接上