话题 P值计算 T检验

文章 cBioportal使用教程

cBioportal这个网站，促进多维度癌症基因集数据的探索，可以允许跨gene，样本和数据类型的可视化分析。用户可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式，并比较点多癌症研究中gene改变频率，或者在一个个体肿瘤样本中...

问题 片段复制和串联重复

老师您好，   按照视频讲解在使用MCscanX 进行基因组内共线性分析时，出来了串联重复的文件，可怎么判断片段复制？（视频中讲解在提取过程中，最后出来个片段复制，这是依据什么出来的？）

问题 变异结果统计与绘图时，最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题，查看文件发现并没有缺失的部分，怎么解决

... :   line 17 did not have 34 elements的问题， 查看了第17行，34个元素都在，并没有缺失

问题 Docker会限制线程数吗

各位大神，在用hifiasm进行基因组组装时，线程数设置为100，但是后台发现线程数不到10个，请问这是怎么回事？

文章 转录组测序分析数据库介绍

...   其中我们最常用来进行转录组分析的是GO和KEGG两个数据库。 GO数据库 什么是GO数据库？ GO(Gene Ontology, http://www.geneontology.org）数据库由基因本体论联合会建立，该数据库将全世界所有与基因有关的研究结果进行分类...

问题 ALLHIC1挂载出现问题

...nd_RE_site.pl       7       8 Find all occurrences of a motif in a genome.  Make a 'POS' file listing these occurrences, and also a BED file re       9      10 SYNTAX: make_bed_around_RE_site.pl <fasta&gt; <motif&gt; <range&gt;      11 fasta:  A fasta file representing...

问题 基因结构

...xon_info.gff 生成的文件，但是在Gene Structure Display Server中整个数据选中文件后生成的图案是这样的 但是单独选中几个数据是可以做出正常图片的， 但是他们的bp大小不同，所以不能一个一个这样弄，麻烦老师看一下是哪里的问...

问题 GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

话题 indel变异的p值计算

问题 基因重叠问题

老师，我在做基因家族分析的时候，发现鉴定出来的两个基因有重叠区域（重叠区域占了80%，两个基因的结构域也在这个重叠区域），并且去查看了基因组的注释信息，发现确实有重叠，当然这两个基因并不是可变剪接类型。这...

问题 重测序 htop 查看服务器使用

这个内存情况怎么看，怎么显示0个Runing? 

问题 老师您好，我使用P-value进行转录组差异基因筛选，被审稿人质疑了，我看到您之前回复2020年的帖子说校正后p值筛选差异基因较少时用P-value也行，这种情况得后期用qpcr验证我数据是准确的是吗，我之前做了qpcr验证，但是用的不是我关注的差异基因，现在也不能补关注基因的定量了。我准备找几篇使用未校正p值的文章加上我之前做的qpcr来解释我的分析是可行的，您觉得这样可以吗？

问题 MEME就运行脚本的时候，其中的maxsize 指最大输入文件的字符数，maximum dataset size in characters，这个是指多少b吗，6000000是指文件最大6M，单位是什么？时间的最大值单位是秒吧？，motif的个数最小长度一般是多少？有什么参考的吗，最大长度是多少，这个长度的单位是什么，多少b，还是多少kb？

/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100

文章 linux大文件分割 分开行数小文件 split命令

...文件。　　语　　法：split [--help][--version][-<行数&gt;][-b <字节&gt;][-C <字节&gt;][-l <行数&gt;][要切割的文件][输出文件名]　　补充说明：split可将文件切成较小的文件，预设每1000行会切成一个小文件。　　参　　数：　　-&...