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文章 从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

问题 total RNA测序数据可以用来做miRNA预测分析吗?

我看人家文献中都单独测了sRNA,然后用sRNA测序结果做后续预测分析。但我先只有total rna测序数据,知道还能比能做miRNA预测分析

文章 外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

...死亡。患者患病治疗的详细信息见下表: 家系图分析 由于家庭中同时有两兄弟患有NKTL肿瘤,是极其罕见的,作者推断为遗传性肿瘤。绘制家系遗传图,通过家系图分析可以判断,父母患病而后代患病应该是隐性遗传...

问题 如何确定选择分析中的窗口和步长?

请问,老师,在做选择清除分析时,比如说基于核苷酸多样性降低的ROD方法,在脚本中窗口是100000,步长是100000.同的研究对象是是要更改窗口和步长大小,植物和昆虫的应该也一样把?这个是根据遗传距离来改吗?

问题 普通的笔记本电脑能够用来做生信分析吗?

老师让我做些转录组的数据分析知道自己的笔记本电脑能能用。

问题 老师,您好!想请教一下,这几个问题纠结了一个月了,麻烦老师了。

...5UTR内。 最后一个就是哪里或哪个数据库可以调取hg18版本的基因组注释。 老师,这几个问题我纠结了一个月,麻烦您了,万分感谢!

文章 基因家族分析如何能发到cells?!

基因家族分析文章常常止步于3-4分,那么5分及以上的文章该怎么写呢?上一期,给大家分享过一篇New Phytologist(IF=7分)上的硬核文章:一篇7分的文章带你领略一样的基因家族分析(点此链接观看详细信息);今天再给大家分...

问题 作共线性分析的时候,用水稻的bed文件,无法获得水稻的cds,是是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00,而像拟南芥的at012358.1这样后缀一样,所有无法过去它的cds

运行这个命令的时候perl get_fa_by_id_from_bed.pl ATH.bed Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa ATH.cds 脚本:#北京组学生物科技有限公司 #email: huangls@biomics.com.cn die "perl $0 <idlist> <fa> <OUT>" unless ( @ARGV == 3 ); use Math::BigFloat; use Bio:...

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...究,而又想发SCI文章,此时我们最经济有效的方法就是:分析一下别人的数据,筛选出一些有价值的分子(mRNA,miRNA,lncRNA,circRNA,lncRNA),之后在自己的小样本中验证一下,发篇SCI文章还是轻轻松松的。接下来我们来介绍一...

文章 R 检测是否有-Inf/Inf NA NaN

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 转录组的3种分析模式

经常有学员询问,如何分析转录组的数据,首先我们需要了解一下转录组数据有那些分析的模式。 转录组分析模式 基于是否有参考基因组,是否分析新的转录本,转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型,如下图: ...

文章 R 语言colors()657种颜色

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 R 包 hdf5r 安装出错

...d(file, DLLpath = DLLpath, ...): 解决办法: hdf5-devel >= 1.8.13  版本行,升级版本 到1.10.5 解决 详细方法 CENTOS 7 R 中安装 HDF5R 包 在安装 hdf5r 包的时候,提示需要 hdf5-devel >= 1.8.13,而目前CentOS 7 中 yum 只能安裝1.8.12版本...

问题 WGCNA分析需要进行log转换?

我看了很多文献,都将FPKM值进行log转换,但是有一些人却建议转换,他们认为这会降低的变异度。这个到底如何选择?

文章 CGVIEW:微生物基因组和质粒圈图绘制分析软件

CGVIEW:微生物基因组分析软件 简要介绍: 微生物基因组分析软件: GC含量,GC skew- ,GC skew+ 计算; ORF,起始密码子,终止密码子等的检测。 网站地址:http://wishart.biology.ualberta.ca/cgview/ 使用过程:(以一组基因分析为例...