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文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

...olorRampPalette(c("yellow","orange","red")) corrplot(corr_matrix, type = "upper", order = "AOE", # 矩阵的排序方法，如 'original'、'AOE'、'hclust' 等 is.corr = FALSE, # 逻辑值，指示输入矩阵是否为相关性矩阵。 col = my_col(100),...

文章 ggplot2位置调整position

...同的数据简单演示一下fill 类型的位置调整 > dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156     A sample2  507     B sample2  208     C sampl...

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...12个孩子，7女孩，5个男孩，其中家系中有3姐妹(IV-1, IV-6, and IV-9)患有POF，如下图所示，其中带*号的成员用于外显子测序： 建库测序 DNA 样品 (III-1, 83 III-2, IV-1, IV-3, IV-5, IV-6, and IV-9)采用HaloPlex Exome Kit (Agilent)试剂盒进行外显子...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

...cat GSE146771_CRC.Leukocyte.Smart-seq2.Metadata.txt.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $2,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz 单细胞分析： #读入数据并质控 Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r --count Smart-seq2.tpm.tsv.gz \ --project GSE146771 \ --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 5...

文章 Linux三剑客之grep-文件中的信息捕获

...分-q， --quiet， --silent    关闭所有常规输出--binary-files=TYPE  假设二进制文件为TYPE; TYPE为'binary'、'text'或'without-match'-a， --text               相当于--binary-files=text-I                       相当于--binary-files=without-match-d， --dir...

问题 检查数据是否正确

...multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function. 读入数据后，我的基因只有5000个，上面 > memory.limit(size = 20000) [1] 32457 这里怎么...

文章 很大的压缩文件计算行数

...rt_time).count(); gzclose(input_file); std::cout << "Number of lines: " << line_count << std::endl; std::cout << "Time taken: " << duration << " seconds" << std::endl; return 0; } 这需要一个需要支持C++11或更高版本的编...

文章 WGCNA剔除异常样本

...参考如下的代码： # 计算相似性矩阵 A=adjacency(t(datExpr),type="signed") # 计算网络的连接度 k=as.numeric(apply(A,2,sum))-1 # 连接度标准化 Z.k=scale(k) # 设置连接度筛选阀值， 这部分是关键，筛选掉异常的样本 thresholdZ.k=-2.5 # 将异常样本进...

文章 转录因子研究方法！

...PWM: Position Weight Matrices) 3.2.1.1 SELEX技术 Systematic evolution of ligands by exponentialenrichment (SELEX) 是其中最早的一种体外检测转录因子结合位点技术，这项技术在20多年前已被科学家们利用，而且它不需要已知序列信息就可以检测到新...

文章 perl处理文件路径

... $base ==> 4910_Epididymal; $path ==> /share/nas1/wangq/project/; $type ==> .fq.gz 

问题 BWA比对报错

[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG

文章 biolinux安装matplotlib时报错

...s means Python 2.7.9+ or 3.4+ (although some distributions have backported the necessary changes to older versions).     Complete output from command python setup.py egg_info:     Traceback (most recent call last):   File "<string>", line 17, in <module>   File "/tmp/pip_bu...

文章 典型相关性分析CCA与冗余分析RDA

...（detrended correspondence analysis） 分析，看分析结果中Lengths of gradient 的第一轴的大小。如果大于4.0，就应该选CCA；如果3.0-4.0 之间，选RDA 和CCA均可；如果小于3.0，RDA 的结果要好于CCA。目前CCA要比RDA用得更普遍，有两个原因：大部...

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

...据进行的基因家族分析文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”于今年发表在BMC genomics杂志上，影响因子为4.4，中科院分区为2区。 在玉米中，有一种重要的次生代谢产物——萜类化合物，在玉米的生...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...-1.74 0.082 Likelihood ratio test=116.3 on 24 df, p=4e-14 n= 304, number of events= 60 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我们的TCGA相关课程： 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《WGCNA加权基因共表达网络分析》 《GEO芯片数据...