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问题 R 更新后报错

Error in if (grepl("^\\{|^\\[", output)) { : the condition has length > 1 Calls: <Anonymous> -> parse_args_output Execution halted 包更新了，需要更新了，需要去掉 \"

问题 bam文件排序时出错

....2676215835069172723.tmp.  Try setting TMP_DIR to a file system with lots of space.         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.spillToDisk(SortingCollection.java:260)         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.add(SortingCollection.java:182)         at htsjdk.samtools.S...

文章 seqkit计算基因组大小

...组大小 seqkit stat test.fa 结果如下： file      format  type  num_seqs      sum_len  min_len      avg_len     max_lentest.fa  FASTA   DNA        149  396,098,845   10,246  2,658,381.5  44,776,151 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频...

问题 做PCA分析时报错

Error in `geom_point()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `get()`: ! object 'stagestage' not found 做PCA分析时报错

问题 GATK 报错

gatk VariantFiltration : --filter-expression 显示 Input /work/my_reseq/4.snp_indel/var_qc2/BSA_no_filter.vcf   must support random access to enable queries by interval. If it's a file, please index it using the bundled tool IndexFeatureFile该怎么处理呀

问题 $python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

...ile `rapa.bed` Traceback (most recent call last):   File "/home/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main     "__main__", fname, loader, pkg_name)   File "/home/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code ...

问题 TCGA数据中primary site数据下载报错

...>% GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type')) %>% response_all()resp %>% count()[1] 454           ####我的网页数据是449，为什么这里是454？case_name <- resp$results$submitter_iddownload_name = substr(samplesDown,1,12)####报错！Erro...

文章 ifconfig不显示ip

... con show NAME  UUID                                  TYPE      DEVICE  eno1  1377a295-708b-4cb4-a1cb-04d8d58cc2bc  ethernet  eno1    lo    e9513de2-7f3b-4faa-a7c0-c8544e0bdcfa  loopback  lo      eno2  fe51385f-86b2-470d-a846-27c73ac4eff1  ethernet  --   ...

问题 R语言出现error

当R studio运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: '操作超时'。 请问怎么解决？

问题 circos 字体大小与比例问题

...     stroke_thickness=2p     thickness=0.03r </ideogram> karyotype=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/chr.info.txt <links>     bezier_radius=0r     bezier_radius_purity=0.75     color=black     crest=0.5     <l...

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

2024年1月 Horticulture Research杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背...

问题 bioconductor source代码报错

...or in file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open the connectionIn addition: Warning message:In file(filename, "r", encoding = encoding) :  InternetOpenUrl failed: '操作超时'。请问怎么解决？ 

文章 deepseek绘图之--FPKM小提琴图

在基因表达分析中，FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads） 是常用的基因表达定量指标。为了直观展示不同样本中基因的表达分布，小提琴图（Violin Plot）因其能同时显示数据分布和密度，成为科研绘图的热门选...

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

...ped fastq file.')    parser.add_argument('input_fastq_gz', help='Path to the input fastq.gz file')    parser.add_argument('output_file', help='Path to the output file containing gene names')    args = parser.parse_args()    extract_gene_names(args.input_fastq_gz, args.output_file)if __name__...