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文章 linux中 利用rename 批量重命名文件 批量文件改名字

...(18),Mint(20)默认的是Perl版本$ rename --version/usr/bin/rename using File::Rename version 1.10# C语言版本 | Centos(7)默认的是C语言版本$ rename --versionrename，来自 util-linux 2.23.2 C语言版本, 支持通配符 C语言版本, 支持通配符 [常用通配符说明] ? ...

文章 组装"预实验" | 物种倍性分析

...本名为A）ls /Data/A* | awk '{ print "gzip -dc " $0}' > A_generate.filejellyfish count -t 20 -C -m 21 -s 3G -g A_generate.file -G 2 -o A.sif# jellyfish count：k-mer计数# -t 指定线程数# -C 对DNA正负链都进行统计，表示考虑DNA正义与反义链。如果是双端测序reads，...

问题 输入绘制circos图时出现错误

...示Can't open perl script "/home/manager/share/scipt/circos.pl": No such file or directory，哪位老师能知道解决的方法？

文章 Linux 设置MySQL开启自动启动

...文件拷贝到init.d下，并重命名为mysqlcp /usr/local/mysql/support-files/mysql.server /etc/init.d/mysqld2. 赋予可执行权限chmod +x /etc/init.d/mysqld3. 添加服务chkconfig --add mysqld4. 显示服务列表chkconfig --list5. 看到3、4、5状态为开或者为 on 则表示成功。...

问题 合并CNV结果失败

[root@510c5a5186b8  14:51:56 /work/my_reseq/7.cnv]# SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_cnv.vcf merging entries: 0 merging entries: 0 merging entries: 0 merging entries: 0 # ee all_sample_cnv.vcf后什么都没有，文件大小0kb。原本echo  $REF显示空路径，我自...

问题 如何修改perl脚本从cds文件中提取上游序列呢？（有些cds中的scaffold可能不足1500）

...th::BigFloat; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; $in = Bio::SeqIO -> new(-file => "$ARGV[0]",                                   -format => 'Fasta'); $out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",                                   -format => 'Fa...

文章 R语言用tidyr包进行长宽数据转换

...数据框如下，为宽型数据:一、宽型数据转长型数据（Wide to long）tidyr中的gather函数，跟reshape和reshape2中的melt函数的参数有较大的改变，但是更容易理解，用法为：gather(data, key = "key", value = "value", ..., na.rm = FALSE, convert = FALSE, factor...

问题 如何解决meme-v4.12.0软件下载

/biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme pep_id-seq-F.fa -protein -oc u-box_motif -nostatus maxsize 600000 -mod anr -n motifs 10 -minw 6 maxw 50 zsh: no such file or directory: /biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme

文章 使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

...击Retrieve records for XX UID(s)，进入搜索结果页面，点击send to，选择输出为fasta格式文件，下载： 这样我们就获得了想要下载的全部蛋白序列：

文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...格otutable<-read.table("data/feature_table.txt",sep="\t",header = TRUE,check.names=FALSE,comment.char="",row.names= 1)otutable[1:5,1:5] ## SRR10028875 SRR10028876 SRR10028877 SRR10028878 SRR10028879## ASV_1 0 0 9 0 34## ASV_2 0 ...

问题 请问GCTA运行报错，打不开软件怎么回事呢？

[root@iZZ software1]# ls gcta_1.94.0beta  gcta_1.94.0beta.zip [root@iZZ software1]# cd /software/gcta_1.94.0beta -bash: cd: /software/gcta_1.94.0beta: No such file or directory

问题 SNP过滤问题

...志发现After filtering, kept 200 out of 200 Individuals Outputting VCF file... After filtering, kept 0 out of a possible 26630017 Sites No data left for analysis! Run Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢？代码是课上的代码：vcf...

文章 阿里云 oss linux命令行下载数据使用方法

... 如果用户设置为其它路径，在使用命令时需要将--config-file选项设置为该路径）： ossutil默认使用/home/user/.ossutilconfig作为配置文件，若您设置了配置文件的路径，则每次使用命令时需增加-c选项指定配置文件。例如配置文件保存...

问题 mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

我的gff文件P.equestis.gene.gff 如下： 用命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl P.equestis.gene.gff mRNA2geneID.txt生成mRNA2geneID文件时出错，文件如下： 只有mRNA ID，没有gene ID，请问是怎么回事？是不是要对gff文件修改，怎么修改？

文章 批量搜索替换MySQL数据库中的内容

语句如下： UPDATE table SET field = replace(field, text_needs_to_be_replaced, text_required); 例如，如果我想用下面的Mark替换所有的John， UPDATE student SET student_name = replace(student_name, 'John', 'Mark'); 语句如下 发放 以上替换是对所有的student_n...