找到约 15 条结果

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好,我运行了这个    cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data1/${ind}.fa ./ ln -s ../data1/${ind}.gff ./ done 结果如图所示,请问软连接成功了吗?我看和课程一致,课程有文字是高亮的。

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

老师,我要绘制这个图。现在我知道SV类型,我看demo中06文件的All.final.sv明确指出了SV,而我的文件是这样的

文章 Kaplan-Meier生存分析中三种检验方法(log-rank、breslow、tarone)的比较

在Kaplan-Meier生存分析中有三种检验方法:log-rank、breslow、tarone。有时候会出现三种检验方法结果一致的情况,到底取哪一个结果呢?        总的来说,这三种假设检验的方法都和属于卡方检验的方法,都需要计算各观察时...

问题 群体遗传分析数据过滤

请问老师,公司给返回的SNP 结果里SNP 和indel是2个文件,merge.SNP.gz, merge.indel.gz,处理merged.SNP.gz的时候还需要运行过滤indel附近的snp这一步吗?我试了一下merge.SNP.gz过滤前39G, 过滤完了还剩22G了,知道这个结果对

文章 gnomAD人类变异数据库

...基因组测序数据,并面向全世界免费开放。在它的第一个版本中,只包含了外显子测序的数据,称为Exome Aggregation Consortium(ExAc)。 官方网址如下: http://gnomad.broadinstitute.org/about     https://macarthurlab.org/2018/10/17/gnomad-v2-1/ 目前最...

文章 An introduction to PERMANOVA and ANOSIM

...Analysis of Variance)和 ANOSIM(Analysis of Similarities)都是用于分析和比较群组间多元数据差异的统计方法。它们特别适用于生态和环境科学领域,但也可应用于其他需要分析复杂数据集的科学研究。这两种方法都使用排列测试来评估...

文章 从老板到项目成员,如何从燃尽图中洞悉团队工作?

...计、团队协作、WIKI、共享文件和日历等功能模块,完美匹配整个敏捷开发流程,20人以下团队可免费使用,点击即可免费注册CORNERSTONE。

文章 18年上半年,利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

...,miRNA进行差异表达,获得显著变化的分子,用于构建生存分析模型,获得疾病风险评估方法。   2:Elevated circulating miR-182 acts as a diagnostic biomarker for early colorectal cancer,该文章利用公共数据(GEO,TCGA数据),筛选出两个miRNA(...

文章 如何使用NCBI进行blast比对

...蛋白质数据库或核酸数据库中进行序列相似性比对的一套分析工具。英文全称是Basic Local Alignment Search Tool。NCBI作为生命科学研究领域使用最为广泛的数据库之一,深受广大科研工作者青睐。今天,小编就给大家简单介绍一...

文章 什么是RIN值?!

...;此前,研究者们已将核糖体比值作为特征值应用在生物分析仪软件中,用来表征凝胶分析中RNA 的完整性。然而,仅通过总RNA的核糖体比值去评估RNA的完整性通常准确,而Agilent 2100生物分析仪系统通过显示RNA片段大小分布的...

文章 CDS、ORF、cDNA、mRNA、外显子、内含子等区别与联系

...欲更详细了解基因家族形成、特征请参见课程:基因家族分析实操课程。 5. 假基因 假基因也叫伪基因,他是基因家族在进化过程中形成的无功能的残留物。它与正常基因相似,但丧失正常功能的DNA序列,往往存在于真核生物...

文章 TCGA临床信息

...ory = DataDirectory) # 将数据保存到文件,方便后面的进一步分析 clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt") write.csv(clinical, file = clinical_file, row.names = F, quote = F) TCGAbiolinks 是专门下分析TCGA的R包,功能强大,可以满足你下...

文章 Linux sort命令使用-g对科学记数法/e记法进行排序

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

文章 monocle2 monocle2 igraph 报错

...ALSE) to see 1 hidden frame. monocle2 igraph 报错 这是由于igraph 版本高,导致 monocle2 与igraph版本冲突报错,这个问题需要 更改 monocle2的源代码 才能适应高版本的igraph。 这是修改好的monocle2 R包: 链接: https://pan.baidu.com/s/18EMB-uDo0FpOxG...

文章 最全泛基因家族分析内容思路都在这里了!

泛基因家族分析发文趋势方兴未艾,越来越多的老师咨询分析内容,今天我就给大家来个高端局,将目前已有的还有未来10年即将出现的分析方向给大家罗列一下。 一、常见泛基因家族分析内容1. 基因家族鉴定与分类内容:基...