问题 BSR-SEQ

您好老师~我在做BSR-seq数据分析的时候，总是出现Insert size out of range。我用的hasit2比对，samtools sort，然后再用java picard 来reoder，sort……。就出现了这个问题

问题 基因家族分析circos里的colline_v2.pl脚本输出文件都是0怎么解决？

三个输入文件都在这里了  perl colline_v2.pl -gff w.gff -list ARF.collinear.pairs -colline w.collinearity -od ./ -name TT

文章 茶树在非生物胁迫下的转录响应

...或者下调，包括PGIP1（多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白1）、Expansin-A（扩展蛋白A)、ALMT（铝激活苹果酸转运体）、CYP450（细胞色素氧化酶P450）等等。 qPCR验证 为验证RNA-seq结果的可靠性，选择了11个基因，利用qPCR进行验证实验，结...

文章 外显子比对率太低，参考基因组索引建立refFlat.txt文件有问题：

...oft/java/jre1.8.0_73/bin/java -jar /share/work/biosoft/picard/picard-tools-2.1.0/picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/share/work/database/ref/Saccharomyces_cerevisiae/Yeastgenome/refFlat.txt INPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/1.Mapping/3ts-30mi...

问题 老师 您好， 我在分析有参RNA-seq数据，hisat2-build 构建索引的时候遇到如下报错

我使用的命令是这样：hisat2-build -p 2 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv $fa $HISAT2Index；  对应的变量都已经赋值了，报错如下：

问题 下图的文件是怎么得到的

老师  我想问一下 泛基因家族里面的这个数据是怎么得来的  是在The pan-genome and local adaptation of Arabidopsis thaliana这篇文章中下载的  还是自己做的呀

问题 基因家族分析2.0，做基因结构分析时报错，完全按照提供指令做的

问题 构建自己的富集数据库报错

... library(biomaRt) hub <- AnnotationHub::AnnotationHub() query(hub, "Ovis") sheep<-hub[["AH85595"]] length(keys(sheep)) columns(sheep) head(sheep) library(clusterProfiler) > enrich.go<-enrichGO(gene=down_gene, +                      OrgDb="sheep", +            ...

话题 Win11怎么关闭Hyper-V?关闭Hyper-V的2种方法

问题 MCScanX下游分析出错

安装的时候，一切都很顺利，然后MCScanX对at的共线性分析也很顺利，但是在下游分析family_circle_plotter，报错了。再次回到MCScanX下去make的时候，不成功，报错为：Nothing to be done for 'default'.

问题 是否可以将同源聚类的结果命名成TPS1/2/3

课程中是用数量进行的TPS1/2/3命名，但是我感觉这个对研究命名好像没有什么意义，听课程里老师也是这么说的，因为是泛基因组中的，我按照别的问答中老师说pan.list用同源聚类，这个是26个玉米基因组中的TPS，我是否可以按照...

文章 PBJ：转录组揭示植物中磷再转运的分子机制

...献： Jeong K, Baten A, Waters D L E, et al. Phosphorus remobilization from rice flag leaves during grain filling: an RNA‐seq study[J]. Plant Biotechnology Journal, 2017, 15(1):15-26.

文章 stack的利用

...使用栈来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子： def is_matching_parentheses(string): stack = [] for char in string: if char == '(': stack.append(char) elif char == ')': if len(stack) == 0 or stack.pop() != '(': re...

文章 GGEbioplot分析种质资源在不同环境下的丰产性与稳定性

...区分能力越强。 1.3 哪个品种在哪个地点表现好 which won where 这张图主要是按照品种与环境的互作来说明各地点产量最高的品种。 把各个方向上距离最远的点用直线连接起来，构成一个多边形，通过中心对每条边做垂线，将双...

文章 阿里云短信发送API笔记

...encoding('utf8')except NameError:    passexcept Exception as err:    raise err# 注意：不要更改REGION = "cn-hangzhou"PRODUCT_NAME = "Dysmsapi"DOMAIN = "dysmsapi.aliyuncs.com"acs_client = AcsClient(const.ACCESS_KEY_ID, const.ACCESS_KEY_SECRET, REGION)region_provider.add_endpoint(PRODUCT_NAM...