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文章 简单绘制箱线图

...前科研论文中经常出现的一类图形。标准的箱线图包含几重要的元素,如下图所示,包括下四分位数(第25%数据的大小)、上四分位数(75%数据的大小)、中位数等(中位数大小)等等。这种箱线图怎么画?这里教你用最简单...

文章 总结:高效阅读学术文献的标准姿势是——

...入门的小捷径, 随着自身水平的不断提高,你会摸索出更好、更适合自己的方法。 但不论哪种技巧,都要付诸行动,你懂了没? 生物女学霸,一自称学霸其实很渣的生物汪,努力将有趣的、有用的、有血有肉的科研那些...

问题 GATK

gvcf文件,是应该转换成vcf文件后进行硬标记过滤?还是说可以硬标记过滤完转换?二者有前后顺序影响吗? 第二问题就是,硬标记过滤程序跑起来很慢很慢,大约一天才可以标记1G左右,这是因为什么呢?

文章 离子交换色谱步骤及作用

...体积为宜,这样样品才能吸附在色谱柱的上层,分离效果更好。 4.洗脱缓冲液 梯度洗脱通常用于离子交换色谱,通常有两种方法来改变离子强度和改变pH。改变离子强度通常是通过在洗脱过程中逐渐增加离子强度来实现的,从...

问题 老师您好,我用tassel关联出了位点的p值,如果我想用R筛选出前5%的p值该怎么做?

问题 二代数据质控

老师你好,想问下二代数据质控中GC content出现双峰除了污染,还有其他可能吗?和基因组杂合度有关吗?我分析了7 8 不同物种,不同平台的下机数据,都报错。

问题 重测率,比对率

在做重测序中,得到了每样本的比对率,测序深度,覆盖度。怎样才能合并这些样本,一次可以得到几百份的数据。因为有几百样本。

问题 老师,转录组差异基因报错,求助,谢谢

[root@e4be531692a7  22:34:32 /work/my_rnaseq/5.deg.]# Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g J1_vs_J2.compare.txt  -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r J1 --fdr 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website...

文章 3分钟学会画venn图(维恩图、韦恩图)

...最常用的转录组分析手段之一。但往往测序公司只给了几固定组合的venn图,后期让公司补图,要加钱不说,两天给一副图的速度更是要命。 现在小编给大家讲一在Windows下就能操作的,十分便捷的venn绘制方法: 一、输入...

问题 大家好!我想问下Fst&pi进行选择性消除分析后,得到的fst-pi.A-vs-B.selected.region.txt文件里的信息是A群体受选择的窗口还是A和B总的受选择的窗口?我怎么可以得到A或者B群体受选择的窗口啊

问题 基因家族成员数目

请问基因家族成员的数有确切的要求吗?我的基因家族数目严格的来算的话只有13,这样进行基因家族分析会不会因为数目太少被拒?

问题 GWAS分析

老师,请问我GWAS关联到的,显著信号区域内的几基因,在选择清楚分析中也是信号显著,但是在我的两分组中的表达量是没有显著差异的。这样要如何解释呢

文章 linux下查看磁盘及文件大小命令du,df

...使用 GB、MB 等易读的格式。     上面的命令输出的第一字段(Filesystem)及最后一字段(Mounted on)分别是档案系统及其挂入点。我们可以看到 /dev/sda1 这分割区被挂在根目录下。     接下来的四字段 Size、Used、Avail、...

问题 存在缺失分析

老师,在泛基因家族分析中家族成员存在缺失分析中,得到的家族基因成员较多,1240,且大多数物种特优基因,想在系统发育树及存在缺失热图中不显示这些物种特异基因,该怎么处理数据呢?

问题 代谢组进行差异代谢物筛选时,必须对t检验的p值进行fdr矫正吗?我看到大多数论文里都是p值哎