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文章 环境因子分析

...```{r} res <- bioenv(otu,env,method="pearson") res summary(res) res$whichbest ``` #### 方法2：方差膨胀因子分析:  VIF（variance inflation factor）方差膨胀因子分析，可分析环境因子之间是否存在相关性 删除具有共线性的因子： 计...

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

...生成的repeat库，并用RepeatMasker进行重复序列注释】时候 for lib in ModelerAll.lib MITE_LTR.lib Homology.db; do  blastx -query ${lib} -db ${SPROT} -evalue 1e-10 -num_descriptions 10 -num_threads ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExclude...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

...者转换为Gene Symbol，以人为例： 预先安装AnnotationDbi 和 org.Hs.eg.db 加载org.Hs.eg.db > library(org.Hs.eg.db) 获取所有的ENSEMBL ID，并查看前五个ID > k=keys(org.Hs.eg.db,keytype = "ENSEMBL")> head(k,5)[1] "ENSG00000121410" "ENSG00000175899" "ENSG00000256069" "...

文章 快速高效KM生存曲线绘制-脚本使用

...）对患者生存造成的影响。 例如：2021年发表在The Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的一篇影响因子为13.75的文献为例，该文献中运用KM生存曲线生动形象地展现了不同变量分别对患者生存的影响。 作者根据基因表达量和细胞浸润程...

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”  其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的...

文章 R语言-文件读写

..."allow.loss", "warn.loss", "no.loss"), row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors, na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1, skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip, strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE, comment...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

...入蛋白序列 $in = Bio::SeqIO->new( -file   => "$ARGV[1]", -format => 'Fasta' ); #输出蛋白序列： $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$ARGV[2]", -format => 'Fasta' ); #读取需要提取基因ID my %keep = (); open IN, "$ARGV[0]" or die "$!"; while...

文章 用R做蛋白互作分析

...r(mar=c(2.1, 0.1, 4.1, 2.1)))) # 绘制前4个聚类图 par(mfrow=c(2,2)) for(i in seq(1:4)){ string_db$plot_network(clustersList[[i]]) } 最后来看看效果吧，是不是在很多文章中见过？，其实在PPI网络构建完之后，还可以对网络进行分析，分析一些子网络...

文章 毕业没那么容易！复旦大学清退12名研究生，其中9名是外籍留学生...

...国外学生毕业的一种标准和证明， 他们同样信奉Publish or perish——不发表，就死亡， 由此可见，国外的研究生发表文章也很重要，也关乎毕业生存大计。 所以说，歪果的留学生来到中国，因为学习年限届满仍未达到我们高校...

问题 我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

...tions per site per year of synonymous nucleotide substitutions rate (r) for Fraxinus. 我想问一下计算白蜡的进化速率，为什么要选择咖啡，不是有更近的物种嘛，比如：油橄榄、芝麻，为什么不选择这些https://www.cell.com/plant-communications/fulltext/S259...

问题 老师，我想请问一下下面的这个文件里面的数据可以直接用吗？这是下载自对应植物基因组数据库的，就是一些基因在胁迫处理和各个组织器官中的表达量。其次我想问一下有什么方法可以知道这个文件来自那篇文献，这样我觉得有助于理解。

DM_RH_RNA-Seq_FPKM_expression_matrix_for_DM_v4.03_13dec2013_desc.txt.zip

文章 2019年转录组文章该怎么写？

2018已经成为过去，2019年的转录组文章到底该怎么写？难or易？ 这里小编给您带来一篇2019年1月21日发表在BMC Plant Biology（影响因子3.93，中科院分区二区）上的转录组测序文章。该篇文章样品不多，思路明了，分析简单，没有过...

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库！

...，直接给出了启动子序列信息页面，如下图，可在Sequence Retrieval Tool 下设置启动子序列提取范围，一般转录组起始点前1500-2000bp，设置好点击右侧的GET SEQL即可；还可以在Search Motif Tool项下预测TATA-box等顺式作用元件。 3. 下图是...

文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...在前，处理在后）。 选中样品之后，点击分组（control or tumour），例如案例中control选中了三个样品，tumour选中三个样品，具体见下图。 设定分组之后，点击Top250，可以依据网址的默认设置参数，进行差异分析，并显示分析...

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 235, in dotplot    sepcolor=sepcolor, minfont=minfont, stdpf=stdpf)  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 79, in plot_breaks_and_labels    th = TextHandler(fig)  File "/bio...