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文章 基因家族docker 镜像使用方法

...要的ID删除，最终确认的ID存成新文件：WRKY_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt#手动确认结构域，CDD，SMART，PFAM#确定分子量大小：http://web.expasy.org/protparam/#perl script/stat_protein_fa.pl WRKY_pep_need_to_confirm.fa WRKY_pep_need_to_confirm.MW.txt#三大数...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...单行fastq文件scat            real time recursive concatenation and streaming of fastx filesseq             转换序列(反向，补充，提取ID…)shuffle         随机序列sliding         序列滑窗提取，支持环形基因组sort            按id/名称/...

文章 低成本转录组跨种遗传进化分析

...hum）包含三个种：A. danaeifolium Langsd. & Fisch., A. aureum L. and A. speciosum Willd2 。这三种蕨类又具有不同环境的适应性，且金蕨属是唯一生长在潮汐带上的蕨类，在蕨类植物中占用特殊的地位。作者通过重建该属的系统发育和估计分...

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

...ta.category = "Copy Number Variation",                     data.type = "Copy Number Segment")    GDCdownload(query, method = "api", files.per.chunk = 50)  expdat <- GDCprepare(query = query)    count_matrix=assay(expdat)  write.csv(count_matrix,file = paste(cancer_type,"Copy-Nu...

文章 分组柱状图添加误差线（位置）--ggplot2

...一列标准差SD，进行演示： 1、案例数据： > dat   type  Sample Num  SD1     A sample1  90 1.02     B sample1  34 2.03     C sample1  56 1.24     D sample1  99 2.05     E sample1  15 2.46     A sample2  50 1.07    ...

文章 6个转录组发了BMC genomics，人家是怎么写的？

...12日见刊的题为“Transcriptomes analysis reveals novel insight into the molecular mechanisms of somatic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章，内容难易适中，很有代表性，那就让我们一起看一看，6个转录组样本，每个重复3次，是如何发到BMC Ge...

文章 绘制HIC热图

...，bed文件路径（绝对路径） config-hicpro.txt # Please change the variable settings below if necessary########################################################################### Paths and Settings  - Do not edit !#########################################################################...

文章 cmplot调整四周空白区域的大小

...域的大小 用法类似 mar <- c(2, 2, 2, 8)CMplot( snp, plot.type = "d", bin.size = opt$binsize, chr.den.col = color, main = opt$main, file.name = opt$name, file = "jpg", file.output = TRUE, verbose = TRUE, mar = mar)

文章 蛋白互作网络分析可视化文件修改升级 支持 PDF导出

... 1, full: true, bg: '#ffffff'});    var blob = new Blob([svgContent], {type:"image/svg+xml;charset=utf-8"});    saveAs(blob, "ppi.svg");   }; 4.原文件225-227行删除，替换为右边文件224-225行内容。注意行号变化，不要粘错位置。  代码如下： <button ty...

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...cess32.py", line 1393, in _execute_child    raise child_exception_type(errno_num, err_msg)OSError: [Errno 2] No such file or directory: 'kpsewhich' 搜索查询后知道是linux中缺少kpsewhich命令导致的，于是安装该命令，方法如下： sudo yum install tetex-la...

文章 教你画多物种基因家族局部共线性分析图

... #将gff压缩文件转换成bed格式python -m jcvi.formats.gff bed --type=gene Sc.longest_isoform.gff3 -o Sc.bedpython -m jcvi.formats.gff bed --type=gene Aet.longest_isoform.gff3 -o Aet.bedpython -m jcvi.formats.gff bed --type=gene damai.longest_isoform.gff3 -o Damai.bedpytho...

问题 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

...mo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ | samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unmap.bam -后出现下面这个，这个太慢了吧，是...

问题 注释完绘图出现报错信息

...常的，但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp就会报错。

文章 16S聚类还是降噪？

...，合理的选择阈值。 参考文献： [1] Edgar, R.C. Updating the 97% identity threshold for 16S‌ ribosomal RNA OTUs. (2017). doi:https://doi.org/10.1101/192211 [2] Callahan,B. J., P. J. McMurdie, M. J. Rosen, A. W. Han, A. J. A. Johnson and S. P.Holmes (2016). "DADA2: High-resolutio...

问题 用GATK call SNP时报错

...ease index all input files: samtools index SRR3274663.new.sorted.bam Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace. 这是我的命令：gatk --java-options "-Xmx20g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeC...