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文章 统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

...= element_text(angle=60, vjust=0.5,hjust=0.5)  )+  xlab("")+ylab("Number of DEGs")  #输出图片pdf(file="DEGNum.pdf", height=7, width=7)print(p)dev.off()

问题 请问老师有根据基因ID一次性提取UTR,EXON,INTRON的脚本吗？

...used as input do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1transcript:AT1G01020.6transcript:AT1G01010.1transcript:AT1G01020.3transcript:AT1G01020.2transcript:AT1G01020.5transcript:AT1G01020.4transcript:AT1G0...

问题 阈值中有效SNP的计算

我们GWAS课程中的阈值设置是0.05/total SNP 或者1/total SNP，但是文献中一般都是用Genetic type 1 Error Calculator (GEC)软件计算出有效的SNP个数，再计算阈值？这个在咱们课程怎么没有提及？

文章 提取基因组所有基因的启动子序列

...       genome fasta file    <infile>    must be givenOther parameter:-h           Help documentUsage End.exit;}$opts{n} ||= 2000; my $n = $opts{n};my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{fa}" , -format => 'Fasta');my %fasta;while ( my $seq = $in->next_seq() )...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读（直肠癌）

...GEO数据库当中找到三个直肠癌相关的数据GSE32323, GSE74602, and GSE113513，分别做差异分析。然后，又下载TCGA当中的直肠癌相关的转录组数据做差异分析，差异分析结果绘制火山图（下图 A）。对于4组数据当中的差异基因按照上调基...

文章 基因家族分析linux软件安装列表

...erl包 blast ：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download mcscanX：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ java JDK：https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html clustalw：http://www.clustal.org/clustal2/...

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入cellranger or spaceranger

...分； spaceranger命名规则 [Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz # 其中Read Type# I1: Sample index read (optional)# R1: Read 1# R2: Read 2 NCBI下载的数据，为双端reads，不符合spaceranger mkfastq出来的命名规则，后续spaceranger count 无法读入...

文章 TCGA数据发表5分文章

...章“A 15-long non-coding RNA signature to improve prognosis prediction of cervical squamous cell carcinoma”。 研究思路 该文章的研究目的是找到宫颈鳞癌生存相关的biomarker，构建生存分析相关模型，为疾病的治疗和预后进行指导。首先来看一下文...

文章 perl对文件夹处理

...ame=readdir(DIR))){open (FILE, "/home/bmk/".$filename)|| die "can not open the file $filenamen";open (OUT, ">/home/bmk/$filename.bak")|| die "can not open the $filename.bakn";while (<FILE>){print  OUT "$_";}}

问题 PGGB泛基因组报错

partition-before-pggb -i pggb.input.genomes.fa -o output -n 4 -t 20 -p 90 -s 5000 -V 'zz13:1000' 显示Argument 'INT' received invalid value type '0.001'

文章 merge_metadata_genexpdata.r 在metadata中添加基因表达数据

...ent sample shortLetterCode definition sample_submitter_id sample_type_id sample_id sample_type TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 TCGA-B7-A5TK TCGA-B7-A5TK-01A TP Primary solid Tumor TCGA-B7-A5TK-01A 1 58937d2c-b4c3-4992-a95c-d0d1fa73f1a9 Primary Tumor TCGA-BR-7959-01A-11R-...

问题 用Conet对Otu构建网络时，参数的设置问题

请问老师，在用Conet对Otu构建网络时，在percessing and filter过滤部分input filter---method--row minicc中输入的数字的含义是什么，这个数字的大小根据什么确定呢？ 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算方法的选择。比如我只想保...

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...，IF=3.497）题为“Genome-wide analysis of MYB transcription factors and their responses to salt stress in Casuarina equisetifolia.”的基因家族分析文章，看看它是如何发到2区期刊的。 文章简介 MYB是植物中最大的转录因子家族之一，是一类能与真核基...

问题 单细胞测序FindAllmarkers

执行此代码后Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds subset.Epithelial.cells.0.2.rds \ >  -p subset.Epithelial.cells.0.2.FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25，报错，FindAllMarkers Calculating cluster 0 converting counts to integer mode Calculating clu...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...单行fastq文件scat            real time recursive concatenation and streaming of fastx filesseq             转换序列(反向，补充，提取ID…)shuffle         随机序列sliding         序列滑窗提取，支持环形基因组sort            按id/名称/...