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问题 SRA下载

...eb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list fastq.txt ./ 是不是可以把这个命令多复制几行，放在shell 脚本里面，让这个命令重复运行？

文章 做进化树，到底哪种算法适合我？

...析需要以下几个步骤：⑴ 对所分析的多序列进行排列（To align sequences）⑵ 构建一个进化树（To reconstrut phylogenetic tree）。 构建进化树的算法主要分为两类 独立元素法（discrete character methods）：是指进化树的拓扑形状是由序...

问题 MCScanX报错

Reading control file error: For input string: "800     //plot width and height (in pixels)" Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Width (0) and height (0) cannot be <= 0 at java.awt.image.DirectColorModel.createCompatibleWritableRaster(DirectColorModel.java:1016) at...

问题 meme问题

...e 600000 -mod anr -n motifs 10 -minw 6 maxw 50时，出现 zsh: no such file or directory: /biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme 敬请老师解答，不胜感激！

文章 出众的进化树注释软件Evolview

...型：triangle(三角形)、circle(圆形)、rect(矩形)、star(星形)、check(勾形) 具体语法请见帮助。 5.设置分组标签 设置语句含2列，以制表符分隔。第1列：可以是一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点第2列：设置文字标签（text=labe...

文章 Perl脚本报错解析：annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

...。报错如下： Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error) 1.ANNOVAR使用 通常来说我们都是基于自己的基因组fa和gff3文件来做vcf文件的注释。因此通用的使用教程如下： 1.1. 从gff得到gtf gffread gff3文件 -T -o gtf...

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

#umi_tools whitelist --stdin data/12-22-3_L2_1.fq.gz \ #                    --bc-pattern="(?P<discard_1>CTCTTTCCCT)(?P<cell_1>.{10})(?P<discard_2>ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2>.{8})(?P<umi_1>.{12})T{4}.*" \ #                    --se...

问题 计算KaKs

....0/bin/Linux/KaKs_Calculator -i id1.axt. -o id1_kaks.txt Error in opening file...

问题 如何获取基因与mRNA的对应关系?

...除之后 是这样的 gff文件  之后利用脚本perl script/mRNAid_to_geneid.pl 获取 基因与mRNA的对应关系：脚本信息如下（是否应该修改？） 获取的基因与mRNA的对应关系的mRNA2geneID.txt，是这样的，不对好像

问题 GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

我的GFF文件是这样的： 运行perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的： 请问怎么处理啊，老师？

问题 解压基因组文件和gff3遇到问题

老师 您好 我在Bio-Linux中解压谷子基因组文件和gff3文件时遇到了以下问题，都显示 unexpected end of file

问题 基因结构变异和表达量的分析

...下代码后报错 Rscript $scriptsdir/compare_stat_boxplot.r -m fpkm_SV_to_draw.2.txt -g SV -v value -b ID 对输入文件有进行去重复，仍然报错，我的输入文件有7个样本，不知道是否需要调整r代码？

文章 pip报错

...d conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual environment instead: https://pip.pypa.io/warnings/venv 以“root”用户运行pip可能导致权限中断，可以尝试使用虚拟环境 1，创建环境 python3 -m venv tutorial-env 如出现报错...

问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

...TAC一个数据库中的264个文件，结果报错如下maxquantImpl has stopped working.A problem caused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何，希望老师可以赐教，先谢过您。 另外想请教下您。...

问题 老师您好，新安装的服务器显示镜像下载失败

error pulling image configuration: download failed after attempts=6: tls: failed to verify certificate: x509: certificate is valid for *.bjfu.edu.cn, bjfu.edu.cn, not production.cloudflare.docker.com