问题 热图绘制

老师您好，我想请教一下，我研究的每个基因都有六个处理时间点的转录组数据，而且每个时间点都有相应的对照数据，请问这样的数据在做热图前应该如何处理？谢谢。

文章 TBtools，不仅仅是生信小工具

...tools版本中，已有不少朋友可以找到Game菜单，其中只有一个游戏，贪吃蛇。 游戏的操作比较简单，只需要控制好四个方向键 上 下 左 右 即可。游戏的目标也很简单，即吃的越多，蛇就越长，你就越厉害。写贪吃蛇是之前的...

文章 一名科研汪的十二时辰，过于真实！

...，哪儿来的时间追剧啊， 心塞ing…… 同样是一天十二个时辰， 普通人是这样的： 白天上上课，晚上追追剧， 吃饭刷热点，走路聊八卦。 而我们科研人员大都是这样的： 白天做实验，晚上写论文， 吃饭查文献，走路思...

文章 Bugbase表型预测

...测人体或环境样本中原核微生物的表型，主要包含以下几个方面：革兰氏阴性、革兰氏阳性、耐氧性、生物膜合成、致病潜力、移动元件含量、氧化胁迫耐受等。文章于17年发表在预印本杂志bioRxiv上,没有正式发表。 2、了解原...

文章 有根树和无根树newick文件中

...式，如上面这个树，拓朴结构用newick格式可以表示为： (B,(A,C,E),D); 括号最外层是根节点，它有三个子节点，B, (A,C,E)和D，而节点(A,C,E)也有三个子节点A，C和E。 加上分支长度，使用 : 来分隔： (B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0); 比如A:...

问题 请问，OTU数据量较大，怎样用WGCNA包计算相关性的R值和P值，以及怎样调整P值？

文章 R语言-Cox比例风险模型

Cox比例风险模型（cox proportional-hazards model），简称Cox模型 是由英国统计学家D.R.Cox(1972)年提出的一种半参数回归模型。该模型以生存结局和生存时间为应变量，可同时分析众多因素对生存期的影响，能分析带有截尾生存时间的资...

文章 利用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量

1.获得基因组的各染色体的长度信息 $ samtools faidx genome.fa#生成gemome.fa.fai文件第一列为染色体，第二列为对应染色体长度chr01   44488843        7       44488843        44488844chr02   38522657        44488858        38522657        38...

问题 转录组数据概况

 1、三个生物学重复，得出三个数据，是取平均值列表吗？比如这几个数据。 2、是不是一个样品三个重复做一个文库，还是？

问题 PSMC分析

请问老师，同一批处理的数据，16个地理种LNSY.pdf群，只有两个种群的结果正常，其他都是一条直线，检查bam文件也是正常的。这是什么原因呢？

文章 区分cds utr.exon

...基因结构图： 中文版的基因结构图： 先来认识几个概念： 3'UTR: 3‘端非翻译区，也就是mRNA两端的非编码片段 5'UTR: 5‘端非翻译区，也就是mRNA两端的非编码片段 UTR代表了RNA EXON的非蛋白质编码部分 ORF:开放读取框，指...

文章 GATK4对于大量样品的项目进行变异检测

GATK4它的参数设置中没有多线程的参数并且运行速度较慢，对于大量样品的项目进行变异检测可以每个样品单独进行检测，最后再进行合并。运行命令如下： 1.HaplotypeCaller对单个样品检测。 gatk --java-options "-Xmx50g" HaplotypeCaller --t...

问题 基因家族筛选

基因家族的筛选条件具体有哪些？我在重复一篇文章的结果时，发现他鉴定到24个基因，而我通过鉴定发现40多个基因，不懂他是怎么把那20多个舍去的？

问题 关于PCA

老师您好，我在左PCA分析时，如果发现几个样本没有按照实验设计分出来，我想把这几个给去掉，怎么能找出来呢？PCA图上也没有标注，麻烦老师了！

文章 2区纯转录组文章如何写作？

纯转录组发文章现在是越来越难了，这是真的吗？我有一个朋友人家可不这么认为，只要思路对，纯转录组2区文章也能发！而且还没那么难！真是不同人不同命，你看起来难上难，人家却信手拈来，今天我就给大家转介下这位...