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问题 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

根据WGCNA课程中给的script进行操作的。上面两张图分别显示了run了> install.packages("WGCNA")和# Load the WGCNA package library(WGCNA)之后的代码。 请求帮助，非常感谢！

问题 老师，转录组差异基因报错，求助，谢谢

...r 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required p...

问题 请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

...，主要有两者类型，FDR和SDR： 第一次减数分裂发生重组(the first divisionrestitution,FDR):主要发生在减数分裂后期I，类似于有丝分裂，第一次减数分裂失败而第二次减数分裂正常。由于前期有梁色体发生交换，FDR型2n配了传递了亲本7...

文章 三代组装软件Flye安装及使用

...量（根据自己的安装路径进行添加）vim ~/.bashrcPATH=/opt/biosoft/GENOME/Flye-flye/bin/：$PATHsource ~/.bashrc 二、使用 Flye常用选项参数： --pacbio-raw：设置 pacbio 原始数据所在路径--pacbio-corr：设置纠错后 pacbio 数据所在路径--nano-raw：设置 nan...

文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

...er liftOver -gff contig.gff3 genome.final.chain genome.gff3 unmapped The arguments are: contig.gff3: scaffold annotations (INPUT)contig_to_genome.chain: translations (INPUT)genome.gff3: genome annotations (OUTPUT)unmapped: things that fail (OUTPUT) 或者用 CrossMap.py gff genome.final.c...

文章 2019国家杰青名单公布，北大最多！透露的信息还有......

... 国家杰出青年科学基金，使用来资助取得突出成绩的45周岁以下的青年学者， 旨在促进青年科学技术人才的成长，吸引海外人才，培养造就一批世界科技前沿的优秀学术带头人。 能中选的话，不管是对自己，还是对所在的...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

...15)")': /simple/pandas/   ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pandas (from versions: none) ERROR: No matching distribution found for pandas 解决办法：pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 链接：https://blog.csdn....

问题 16S课程 02.feature_table #16S 分析 deblur

...\     --o-table deblur-table.qza \     --o-stats deblur-stats.qza There was a problem loading '../01.import_data/demux-joined-filtered.qza' as an artifact:   It looks like you have an Artifact but are missing the plugin(s) necessary to load it. Artifact has type 'SampleData[JoinedSequen...

文章 OTU互作网络分析用MENA

...括样本数量、OTU数量等等。 构建网络 点击左侧Construct the network，跳转到Select Dataset页面，选择需要进行网络分析的数据进行下一步，提交之后进入参数设置页面（如下图），具体涉及了数据过滤，相似性计算算法，RMT(随机矩...

问题 求助，有没有用过smudgeplot做过倍性分析的大佬，对psmudgeplot.py plot参数有疑惑，请问应该然后解决，感谢

smudgeplot.py plot kmcdb_L"$L"_U"$U"_pairs.tsv usage: smudgeplot plot [-h] [-o O] [-c C] [-t TITLE] [-ylim YLIM] [-col_ramp COL_RAMP] [--invert_cols]                        infile smudgefile n smudgeplot plot: error: the following arguments are required: smudgefile, n

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

... 导入虚拟电脑 E:\Bio-Linux-2018-8-23.ova失败. Could not create the imported medium 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk'. VMDK: cannot write allocated data block in 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR (0x80BB0004)组...

文章 NCBI下载的10X单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

...       os.makedirs(args.output_dir, exist_ok=True)        # Read the table    run_to_library = {}    with open(args.table, 'r') as f:        next(f)  # skip header        for line in f:            parts = line.strip().split('\t')            if len(parts) >= 2:  ...

文章 外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

...胞淋巴瘤与FAM160A1基因突变有关。 文章发表在Blood Cancer Journal，IF=3.7： 患者背景： 父母为非近亲结婚，却有两个儿子都患有鼻腔NKTL肿瘤，非常罕见，但是大哥不患病。二儿子在35岁的时候也就是2013年被诊断为IIA期鼻腔类型...

文章 R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

...：https://stackoverflow.com/questions/23511853/set-seed-function-what-is-the-best-value-for-setting-a-seed 种子的唯一真正好处是使随机结果具有复现性。至于seed数值的设置一般来说没有偏好。它们只是为伪随机生成器提供一个具体的种子，而不是在...

文章 svg2xxx运行报错

...pi 300 Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationException: The Security Manager is deprecated and will be removed in a future release at java.base/java.lang.System.setSecurityManager(System.java:425) at org.apache.batik.util.ApplicationSecurityEnforcer.installSecurity...