用户 Danio_rerio_lim2

话题 hisat2-building

话题 hisat2-build

问题 Mac中RStudio安装XLConnectJars包出错

...Machines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so  Reason: image not found错误: 无法载入程辑包‘XLConnectJars’

问题 保留蛋白编码基因代码出错——2

最后出现这个警告他就不运行了，之后跳出去之后会出现空的文件

问题 基因家族启动子分析2

接上个问题：老师为啥基因组gff文件没有内含子序列呢？另外gene为啥和mRNA一样长啊，不应该gene更长吗？

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...astq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming --trim_tail1 100 --thread 4 参数： --in1    read1输入文件 --out1   ...

问题 下载不了镜像organelle-assembly-v2.0.tar.gz

docker load -i /share/docker_images/organelle-assembly-v2.0.tar.gz，提示没有这个镜像

问题 plink报错

使用plink将vcf转tped格式的时候出现这个报错Error: .bim file has a split chromosome.  Use --make-bed by itself to remedy this. 添加 --make-bed后依旧没有解决

问题 cut -f1,2,4,6 是代表什么呢

问题 第一步文件导入qiime2一直出错，按照视频设置好

There was a problem importing /work/my_amplicon/A/manifest.ckd.txt:   /work/my_amplicon/A/manifest.ckd.txt is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($datadir/SRR7441413_1.fastq) for sample "SRR7441413".

问题 itol注释文件总有问题

注释文件做好拖入时总是提示 cannot identify the start of DATA block

问题 flexbar2.2去接头的时候遇到的报错问题

...umina_multiplex.fa --phred-pre-trim 13 --max-uncalled 300 --min-readlength 25 --threads 1 --source /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read1.fastq.gz --source2 /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read2.fastq.gz --target /root/demo/data/work/2...

问题 关于q2-cutadapt demux 的问题

老师好，我看您的帖子中说用qiime cutadapt demux-paired时，可以自己分别选定mapping file 中forward和reverse的barcode。但是我在使用qiime2-cutadapt时提示并没有m-reverse-barcode-file 和m-reverse-barcode-column的选项呀。

问题 flexbar2.2版本去接头的过程中format不正确，报错文件格式不正确【课程RNAseq有参转录组数据分析】

...r版本： 【课程RNAseq有参转录组数据分析】推荐的版本为2.5版本，参数如下： flexbar  --adapter-min-overlap 7  --adapter-trim-end RIGHT  --adapters /var/data/work/refs/illumina_multiplex.fa  --pre-trim-left 13  --max-uncalled 300  --min-read-length 25  --thre...