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文章 Windows Terminal 安装与配置指南

... 可以复制以下内容直接配置文件profiles.json： // To view the default settings, hold "alt" while clicking on the "Settings" button. // For documentation on these settings, see: https://aka.ms/terminal-documentation { "$schema": "https://aka.ms/terminal-profiles-schema", "de...

文章 PubMed文献按影响因子排序

...： "CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS"[journal] or "NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE"[journal] 添加完影响因子大于30的之后，再重复上述4步把其他影响因子范围的杂志分别建立到不同的filter当中，这样自定义的过滤器就完成了；最后勾上激活过滤...

文章 分组柱状图--ggplot2

...90,34,56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","sample2")dat = melt(dat,variable.name="Sample",value.name = "Num")head(dat) 绘制分组柱状图 p = ggplot(dat, aes(x = type,y = Num,fill = Sample))+ #####这部分的position = "dodge"，并排肩...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...lamd.o COLAMD/Source/colamd_global.o DensityGrid.o DensityGrid_3d.o NetDataTypes.o NetRoutines.o SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.o adjlist.o arpack.o array.o atlas.o attributes.o basic_query.o bfgs.o bigint.o bignum.o bipartite.o blas.o bliss.o bliss/bliss_heap.o bliss/defs.o bliss/graph.o bli...

文章 NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

...这里：https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2016/12/23/converting-lots-of-gi-numbers-to-accession-version/ 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家...

文章 做基因定位？大家可能忽略了这个最熟悉的技术

...联群体 + 转录组测序 Huang Z, Peng G, Liu X, et al. Fine Mapping of a Clubroot Resistance Gene in Chinese Cabbage Using SNP Markers Identified from Bulked Segregant RNA Sequencing. Frontiers in Plant Science. 2017;8:1448. doi:10.3389/fpls.2017.01448.

文章 duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

...基因类型对应的数量，同时在当前目录下会生成一个.gene_type的文件，里面记录了每一个基因对应的重复类型： 在.gene_type结果文件中，第一列是基因组基因，第二列为重复基因的类型： 0：singleton(非重复基因）； 1：dispersed（...

问题 为什么启动不了镜像？

docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/reseq:/work omicsclass/reseq:v1.1 这条命令启动不了镜像这是为什么？输入进去以后就会报错invalid option type work

文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

...d_vs_genome.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错： The debug file is called error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 查看 error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 报错文件： > The candidate has been discarded because the structure is inconsistent with Dicer processin...

文章 利用biopython将cds序列翻译成蛋白序列

...h',default = os.getcwd(),required=False)parser.add_argument('-t','--table',type=int,default=1,help=' genetic code :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi, default table id 1',required=False)parser.add_argument('-n','--name',default ='pep',required=False,help='Please specify the out...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...内置数据PlantGrowth集为例。不同地块（ ‘ctrl’, ‘trt1’, and ‘trt2’）种植的植物的产量（weight）数据；解决的问题如下1.不同地块产量是否存在差异2.trt1与trt2是哪块差异更大 ##正态性检验my_data <- PlantGrowthshapiro.test(my_data$wei...

文章 USB挂载到KVM虚拟机

...k10 在 <devices> 标签内添加： <hostdev mode='subsystem' type='usb' managed='yes'>    <source>       <vendor id='0x1234'/>    <product id='0x5678'/> </source> </hostdev>注意：vendor 和 product ID 用 lsusb 查到的实际值替...

问题 老师你好，构建进化树16S分析一直出错

...ignedDNAFASTAFormat-3r8bwdoj is not a(n) AlignedDNAFASTAFormat file:   The sequence starting on line 2 was length 404. All previous sequences were length 0. All sequences must be the same length for AlignedFASTAFormat. Debug info has been saved to work/my_amplicon/tmp/qiime2-q2cli-err-cojm7_...

文章 Vennerable绘图组别名称（标签）位置调整

...ibrary(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整  可以基于VennGetSetLabels 和VennSetSetLabels 进行，前者获取当前绘图对象的Set标签的位置，进行修改后，利用后者整合到绘图对象中，重...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...ccd  3.data_qc#利用fastp工具去除adapter#--qualified_quality_phred the quality value that a base is qualified. #            Default 15 means phred quality >=Q15 is qualified. (int [=15])#--unqualified_percent_limit how many percents of bases are allowed...