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文章 R使用ggtree包报错

...project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL,type = "source") BiocManager::install("ggtree") 注意，低版本（4.2以下）可能无法安装ggtree,需更新R版本

文章 16S聚类还是降噪？

...，合理的选择阈值。 参考文献： [1] Edgar, R.C. Updating the 97% identity threshold for 16S‌ ribosomal RNA OTUs. (2017). doi:https://doi.org/10.1101/192211 [2] Callahan,B. J., P. J. McMurdie, M. J. Rosen, A. W. Han, A. J. A. Johnson and S. P.Holmes (2016). "DADA2: High-resolutio...

问题 用GATK call SNP时报错

...ease index all input files: samtools index SRR3274663.new.sorted.bam Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace. 这是我的命令：gatk --java-options "-Xmx20g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeC...

问题 【求助，可有偿】下图是如何做出的？如何获得图中的生物学功能项目?

... 图1、2来自：m6A regulator-mediated methylation modification patterns and tumor microenvironment infiltration characterization in gastric cancer（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7066851/）中的fig3B，fig4E.H 图3来自：Autophagy-related gene expression classification defines...

文章 MCScanX 安装报错，支持64位系统

... 只需要给MCScanX 目录下的 msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h 这三个文件内容 最前面添加 #include <unistd.h> 正确的做法是用vi打开文件，分别在三个文件（ msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear...

问题 老师您好！

....gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因...

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

... Yu X, Xie L, Ge J, Li H, Zhong S, Liu X. Integrating single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics reveals MDK-NCL dependent immunosuppressive environment in endometrial carcinoma. Front Immunol. 2023 Apr 4;14:1145300. doi: 10.3389/fimmu.2023.1145300. PMID: 37081869; PMCID: PMC10110842. 数...

问题 老师,请问CGVIEW中的gene.blast文件格式

...，望你解答。谢谢！ 报错和blast文件如下： Cannot parse the #PROGRAM field in the BLAST results file ./YC_bacteria_cgview/blast.txt at ./scripts/cgview_xml_builder/cgview_xml_builder.pl line 4716, <INFILE> line 0.000000. #PROGRAMquery_id    match_id    match_descripti...

问题 单细胞测序数据差异分析

...异比较： Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \    -p FindMarkers  --ident.1 "CD4 Naive T"  --ident.2 "B"   --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  这里只能进行两两分析吗？--ident.2后面可不可以加多种...

文章 RunUMAP函数报错,

...问题,可以通过重装一下后者解决 install.packages("irlba", type = "source") 安装以后重新启动R执行umap代码就可以不需要library,一般来说matrix都有,如果irlba重装了还是没用,就Matrix也重装一下,这个包可以借助devtools装

文章 MENA如何结合OTU共现性网络与环境因子

...生物OTU网络图绘制(Cytoscape) MENA在完成构建网络（Construct the network）之后，可以对网络进行分析（Analyze the networks），其中一项是结合性状数据，又或者说环境性状（因子）进行联合分析。 其主要步骤如下： 1、 点击网页左侧A...

文章 ggplot2几个主题类型

...数即可 数据参考 https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156     A sample2  507     B sample2  208     C sampl...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读（拟南芥重金属）

... 作者在GEO数据库当中找到了11组和重金属（As, Au, Cd, Pb and Cu）相关的基因芯片表达数据用于查找拟南芥当中与重金属响应相关的关键基因。 2.关键差异基因筛选分析 分别对这11组数据用limma包做差异表达分析，筛选条件为：co...

文章 一文教你使用Excel画GO富集分析图

...，图上红色箭头所指的列应该都有，这几列分别是：Term_type、Description、Corrected_P-value、Rich_factor。 假设我们经过筛选之后使用前20个富集条目进行富集分析作图。作图时，我们选择图上显示Term_type、Description、Corrected_P-value共...

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

...$(grep -c ">" ${lib}noProtFinal)"done 会报错如下： Can not open the seqfile ModelerAll.lib_blast_results.txt.fnolowm50seqmergeunmatchedregion.pl seqfileIllegal division by zero at /public-supool/home/thli/scripts/genome_annotation/ProtExcluder1.2/GCcontent.pl line 122.Can not open the seq...