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问题 基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤?

各位老师好,想请教一下,我在做BSA分析的时候,VCF文件里面有许多除了染色体外的其他数据(见附图),这种super大概有三千多个,导致后面分析出不了图,请问下这种数据怎样剔除?

文章 做韦恩图?自己搞定!

...称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。绘制韦恩图的工具有很多,在此,小编简单介绍几种在线绘制韦恩图的工具。 1. Venny 2.1 软件地址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/...

问题 老师,我想问一下GEO数据挖掘可以做植物的吗?因为我发现这个都做的是人体疾病的,植物的一般都是去对应植物的基因组数据库里去下载,对吗?

问题 旧转录组数据是否还能重新分析一遍?

老师,你好!我们实验室有一批很早之前的转录组数据,那时公司提供的分析内容很少,而且用的基因组版本也比较久,我想重新分析一遍可以吗?

问题 用于动物基因家族成员的顺式作用元件分析的数据

请教老师,是否有用于动物基因家族成员的顺式作用元件分析的数据库?PLANTCARE是植物的

文章 批量修改进化树中的名称及添加分组名称

...起说明作用,iTOL不会读取该行的内容。 LABELS:注释文件数据类型声明,这里声明数据集是对进化树标签进行修改。 SEPARATOR TAB:指定数据分隔符,即数据列与列之间使用Tab分隔。也可指定分隔符为空格,需将"TAB"改为"SPACE"。(...

文章 课题组如何降低测序成本,加快成果产出

...手段。 然而有两大问题极大的阻碍了科研工作者将测序数据迅速、有效的转化成研究成果。 对于经常测序,也发过相关文章的老师来说,如何进一步降低成本,以实现大样品量的测序?如何缩短数据分析、写作周期、加快成...

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

...教学:《基因家族视频课程》 生物信息发展迅猛,公共数据库中存放着海量的数据,如何利用这些公共数据结合自己的实验发一篇SCI?基因家族分析无疑是个低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家...

问题 不同胁迫处理以及不同类型的RNAseq数据denovo组装

老师您好:     我想综合实验室的RNAseq数据做分析,之前不同时间处理的样品,call表达量用的基因ID不一样。现在想统一下。 由于不同批次测序类型也不一样,有双端测序也有单端测序结果。样品是各种用胁迫处理,比如说...

问题 老师,我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什么都运行不对,第一个我是用了你们给的TransDecoder下载地址。第二张图用5.7版本的自己的数据是输出空文件

上面是你们给的下载地址运行出来的提示 这个是我自己数据运行的5.7版本提示

文章 win10系统docker 重装提示 Exising installation is up to date 解决方法

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 单细胞测序数据rds文件替代某列信息

老师您好!我想问下单细胞测序数据如何将rds文件和pbmc.metadata.tsv文件中的某列信息给替换成其它信息?麻烦老师解答,谢谢

文章 提取R中字符向量中的所有最大长度值,提取向量最大值

...基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提...

问题 GEO里面同一个文章名字,同一个作者,GPL一致,GSE不一样,发表年份一年,那么如果要进行数据分析的话,这个都需要拿出来分析么?还是只分析样本数据最多的哪个

文章 TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools

...有分析内容。 该软件的主要功能可以概括如下:    1. 数据下载         1.1   支持转录组数据和miRNA数据的下载和数据合并         1.2  支持临床数据的下载,但是数据的合并,该软件还存在bug  2.  数据分析      ...