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问题 下载docker是出现这个问题

docker: error pulling image configuration: download failed after attempts=6: dialing production.cloudflare.docker.com:443 no proxy configured: connecting to 69.171.247.32:443: dial tcp 69.171.247.32:443: i/o timeout.

问题 泛基因家族分析-SV和基因表达量

fpkm_SV_to_draw.2.txt文件中，为啥结果是这样，基因ID对应同一个基因组，这不对吧。

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

文章 linux命令详解之ls

...ols ./satools: black.txt freemem.sh iptables.sh lnmp.sh mysql php502_check.sh ssh_safe.sh

文章 deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

...q_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/deseq_analysis.r [-h] -i filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case CASE [-f fdr]...

文章 awk批量输出不同分类内容至不同文件

...向并保证结果追加到文件而不覆盖原内容 awk -F "\t" '{file=$2".group.xls";print $0 >> file}' test.xls   结果如下： 其中1.group.xls 部分文件内容如下： Sme2.5_12110.1_g00002.1 1       1.433897        1.548173362585  0.90704900000012...

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

...= abs_path($od);mkdir $od unless(-d $od);open(IN,"$opts{gtf}") ||die "open file $opts{gtf} failed.";open(OUT,">$opts{od}/merged.tpm") ||die "open file $opts{od}/merged.tpm failed.";while(<IN>){next if(/^#/);chomp;my($chr,$a,$exon,$start,$end,$c,$link,$d,$lin) = split("\t",$_);$lin=~/transcr...

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...tadir/${i}_1.fastq.gz -2 $datadir/${i}_2.fastq.gz  2>$i.hisat2.log| samtools sort -@ 10 > $i.hisat.bamsamtools index  $i.hisat.bam  #建立索引方便后续可视化stringtie $i.hisat.bam   -p ${threads}   -o $i.rnaseq.gtfdone#单端read#hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $genom...

问题 利用命令行进行sra数据下载有如下报错

fastq-dump --split-e --gzip SRR1039508 Failed to call external services.

文章 GEO 数据介绍及在线下载

...息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也...

问题 多序列比对

...是五六天都只运行了一半..使用MUSCLE方法报错“MUSCLE Log file did not end properly, suggesting an unhandled exception”,请问报错的原因是什么？我应该选用什么方法才能更快速地完成比对呢？

问题 基因家族生信

perl ../script/get_gene_position.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 AT.gff 您好，我运行上述指令的时候，出现了下列的错误 Can't open perl script "../script/get_gene_position.pl": No such file or directory 请问是什么问题呀

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

...者拆分大的txt文件？大概5G 这段代码，有个问题，就是filename这里是否要改成自己的文件名？eachfile_lines_num这里呢？就这样放着，还是改成一个数值？ file_split <- function(filename,eachfile_lines_num)                             ...

问题 求问当年您提问的问题有没得结果了？

运行dotplot(ego,showCategory=20)报错 wrong orderBy parameter; set to default `orderBy = "x"`

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE127465&format=file" -O GSE127465_RAW.tar wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE127nnn/GSE127465/suppl/GSE127465%5Fgene%5Fnames%5Fhuman%5F41861.tsv.gz wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE127nnn/GSE127465/suppl/...