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问题 SRA下载

...eb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list fastq.txt ./ 是不是可以把这个命令多复制几行，放在shell 脚本里面，让这个命令重复运行？

问题 GCVF合并

...ir  -R $REF --batch-size 20 \   --reader-threads 60 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 20 \   --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

问题 MCScanX报错

Reading control file error: For input string: "800     //plot width and height (in pixels)" Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Width (0) and height (0) cannot be <= 0 at java.awt.image.DirectColorModel.createCompatibleWritableRaster(DirectColorModel.java:1016) at...

文章 做进化树，到底哪种算法适合我？

...析需要以下几个步骤：⑴ 对所分析的多序列进行排列（To align sequences）⑵ 构建一个进化树（To reconstrut phylogenetic tree）。 构建进化树的算法主要分为两类 独立元素法（discrete character methods）：是指进化树的拓扑形状是由序...

问题 meme问题

...e 600000 -mod anr -n motifs 10 -minw 6 maxw 50时，出现 zsh: no such file or directory: /biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme 敬请老师解答，不胜感激！

问题 计算KaKs

....0/bin/Linux/KaKs_Calculator -i id1.axt. -o id1_kaks.txt Error in opening file...

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

#umi_tools whitelist --stdin data/12-22-3_L2_1.fq.gz \ #                    --bc-pattern="(?P<discard_1>CTCTTTCCCT)(?P<cell_1>.{10})(?P<discard_2>ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2>.{8})(?P<umi_1>.{12})T{4}.*" \ #                    --se...

问题 解压基因组文件和gff3遇到问题

老师 您好 我在Bio-Linux中解压谷子基因组文件和gff3文件时遇到了以下问题，都显示 unexpected end of file

文章 阿里云 oss linux命令行下载数据使用方法

... 如果用户设置为其它路径，在使用命令时需要将--config-file选项设置为该路径）： ossutil默认使用/home/user/.ossutilconfig作为配置文件，若您设置了配置文件的路径，则每次使用命令时需增加-c选项指定配置文件。例如配置文件保存...

问题 如何获取基因与mRNA的对应关系?

...除之后 是这样的 gff文件  之后利用脚本perl script/mRNAid_to_geneid.pl 获取 基因与mRNA的对应关系：脚本信息如下（是否应该修改？） 获取的基因与mRNA的对应关系的mRNA2geneID.txt，是这样的，不对好像

问题 GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

我的GFF文件是这样的： 运行perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的： 请问怎么处理啊，老师？

问题 运行MCScanX-transposed计算kaks是出现以下情况

rm: cannot remove 'temp7734.*': No such file or directory

文章 pip报错

...d conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual environment instead: https://pip.pypa.io/warnings/venv 以“root”用户运行pip可能导致权限中断，可以尝试使用虚拟环境 1，创建环境 python3 -m venv tutorial-env 如出现报错...

问题 基因结构变异和表达量的分析

...下代码后报错 Rscript $scriptsdir/compare_stat_boxplot.r -m fpkm_SV_to_draw.2.txt -g SV -v value -b ID 对输入文件有进行去重复，仍然报错，我的输入文件有7个样本，不知道是否需要调整r代码？

文章 出众的进化树注释软件Evolview

...型：triangle(三角形)、circle(圆形)、rect(矩形)、star(星形)、check(勾形) 具体语法请见帮助。 5.设置分组标签 设置语句含2列，以制表符分隔。第1列：可以是一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点第2列：设置文字标签（text=labe...