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文章 singularity使用基础

singularity使用 1. singularity简介 singularity与docker功能相似，但是相比与docker需要root权限，或者专门添加用户组，singularity在非root时也可使用，且轻量级，修改方便。singularity镜像有两种格式：sif格式可用于部署；sanbox格式是可写...

问题 网易云课堂WGCNA-加权基因共表达网络分析问题

...pickSoftThreshold: will use block size 2938.  pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...    ..working on genes 1 through 2938 of 2938 Error in datk[c(startG:endG), ] <- foreach(t = actualThreads, .combine = rbind) %dopar%  :    被替换的项目不是替换值长...

问题 KEGG和GO富集分析报错问题

... such file or directory --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: LOC105382119,LOC105392385,LOC105383189,LOC105384039,LOC105384627,LOC105384151 --> return NULL... Error in barplot.default(kegg, showCategory = opt$showCategory, x = "GeneRatio") :   argument 3 matches mu...

问题 mummer比对syri进行SV检测报错

...后query.genome.fa染色体丢失,后续的SYRI报错。 syri报错:Reading Coords - WARNING - Chromosomes IDs do not match. Reading Coords - ERROR - Unequal number of chromosomes in the genomes. Exiting out.anno

文章 16S聚类还是降噪？

...序列之间的相似程度在97%以上(对应USEARCH中的cluster_otuscommand)。b. Unoise得到的是所有的正确生物学序列(对应USEARCH中的unoise3 command）。当然每一种算法都不是完美的，因此总是存在一些错误。如Uparse会丢失一些具有意义的生物学序...

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时，出现以下报错，在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status

文章 使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

...Bromus_tectorum.faa --OUTPUT Bromus_tectorum.dict 报错： 10:13:20.679 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/share/work/biosoft/picard/picard-3.0.0/picard.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so [Fri Oct 13 10:13:20 CST 2023] CreateSequenceDictionary --...

问题 fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc 报错

Exception in thread "Thread-3" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.lang.String.toCharArray(String.java:2899) at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.BasicStats.processSequence(BasicStats.java:123) at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:89) at...

问题 纯生信无实验验证的基因家族文章，比较推荐下面期刊的哪一个？

想问一下，Genes、scientific reports、plos one、Horticulturae、Protoplasma、Frontiers in Genetics期刊，纯生信无实验验证的基因家族文章比较推荐投这六个期刊中的哪一个？投哪一个可以不用补实验，更容易中？

文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

...12月《mSystems》发表了一篇题为“Response of the gut microbiome and metabolome to dietary fiber in healthy dogs”的文章。” 这项研究探讨了膳食纤维与肠道微生物群及其功能之间的相互作用。通过分析健康犬只摄入不同纤维来源和数量的12种食...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...ocal({r <- getOption("repos")  r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   options(repos=r)}) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")#install.packages("GGEBiplots")#install.packages("GGEBiplotGUI")library(GGEBiplotGUI)library("GGEBiplots")li...

文章 GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

...ple of R script that was used to simulate a trait, having Heritability=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions. #Read Soybean Genotype data fileD<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)dim(D)D=D[,2:31261]D1=as.d...

问题 泛基因家族鉴定-找不到Bio::SeqIO模块

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5/5.32 /usr/local/share/perl5/5.32 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5) at /home/us170/scripts/ParaAT.pl line 7. 该怎么...

问题 用deseq_analysis.r分析差异表达分析时报如下的错误

[1] "abstract_factors is start" Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 2 did not have 3 elements Calls: abstract_factors -> read.table -> scan Execution halted

文章 ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

awk '$3=="gene" || $0 ~/#/{print}' ../04.snp_indel/ref.gff >gene.gfffor query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do   convert2annovar.pl -format vcf4    $query.INV_TRANS.f.vcf -outfile  $query.INV_TRANS.input   annotate_variation.pl -regionanno -dbtype gff3 -gff3dbfile gene.gff $query.INV_TRAN...