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问题 Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

...s export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadir/yuan.txt #LD过滤 plink --vcf  $workdir/00.filter/YuanJiang.vcf.gz  --indep-pairwise 50 10 0.2 --out ld   \     --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# #提取 plink --vcf  $workdir/00.filter/YuanJiang.vcf.gz  --make-bed --extract...

问题 构建自己的富集数据库报错

#sheep_data library(BiocManager) BiocManager::install('clusterProfiler') aBiocManager::install("AnnotationHub") BiocManager::install("biomaRt") library(AnnotationHub) library(biomaRt) hub <- AnnotationHub::AnnotationHub() query(hub, "Ovis") sheep<-hub[["AH85595"]] length(keys(sheep))...

文章 stack的利用

...来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子： def is_matching_parentheses(string): stack = [] for char in string: if char == '(': stack.append(char) elif char == ')': if len(stack) == 0 or stack.pop() != '(': return Fals...

问题 在进行二代测序数据的nt比对时出现了以下报错请问应该怎么解决

Warning: [blastn] Examining 5 or more matches is recommended BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/home/yuanqing/shili/dir/nt] in search path [/home/yuanqing/shili/jia::]

文章 一秒让你读懂 DevOps 的本质及行业现状与趋势

...维之痛而生。众所周知，DevOps 一词的来自于 Development 和 Operations 的组合。字如其意，DevOps 就是让软件开发人员和运维人员更好的沟通合作，通过自动化流程来使得软件构建、测试、发布更加快捷、频繁和可靠。 《RightScale2018...

问题 单倍型分析中最后一步失败，麻烦老师

... $datadir/trait.txt -G $datadir/group.txt -c Chr6 -s 281569 -e 533955 WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/in...

问题 为什么我hifiasm组装出来的文件基本都是空的呢？

...o hifi.asm -t 8  $datadir/dujuan_output.fastq   #get primary contigs in FASTA awk '/^S/{print ">"$2; print $3}' hifi.asm.bp.p_ctg.gfa > hifi.asm.bp.p_ctg.fasta    这是运行代码

问题 重测序

...############## cd $workdir  #回到工作目录 mkdir -p $workdir/4.snp_indel/GATK cd $workdir/4.snp_indel/GATK ############################################################# #方法2：样品多可先生成GVCF，再合并,适用于集群服务器，可并行运行， ########################...

问题 R包ridge 安装报错

** building package indices ** testing if installed package can be loaded from temporary location Error: package or namespace load failed for ‘ridge’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/lib64/R/library/00LOCK-ridge/00new/ri...

文章 sankey_plot.r绘制桑基图

...rawing optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --input input input the matrix [required] -g group [group ...], --group group [group ...] input column names of three groups [required] -c color, --colo...

文章 Argument list too long报错

"sh: /usr/bin/ln: Argument list too long" 这个错误是由于你试图在一个命令中传递的参数列表太长，超出了操作系统所允许的限制。这通常发生在你尝试一次性创建大量文件的符号链接或硬链接时。 要解决这个问题，你有几种选项： 1....

文章 blast批量注释输出结果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas#提取基因列表对应的蛋白序列：python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query#转录因子blastp注释blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -...

文章 基因家族共线性分析，利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...Python-version）2.Dingfan luo, Desheng Mei, Jia Liu et al. Identification and phylogenetic analysis of R2R3-MYB subfamily in Brassica napus, 04 January 2023, PREPRINT (Version 1) available at Research Square [https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-2344198/v1]MCscan就讲到这了，有兴趣的同学赶...

文章 endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献

... 其实很简单，只需要选好style，再更新一下Update Citations and Bibliography，就可以了如下 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基...

文章 Graphpad Prism一张图中绘制多个直方图

...开新的Data Table方法为 "File" 下 "打开"  ->  "New Data table and..."。 2.数据填好后，双击"Layouts" 选择布局方式。 选中后界面中会出现三个方框，如下图所示： 我们可以直接将直方图拖到对应的方框中，或双击方框选择直方...