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问题 blast2go报错，升级blast ncbi-blast-2.3.0+ 到 ncbi-blast-2.6.0+ 报错

Can not parse BLAST XML because can not find information about the used version!

问题 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig，这个问题怎么解决呀？

我要做Gwas分析，需要生成hapmap文件，但是我直接用vcf转hapmap会报错Please first use SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.所以我就用tassel去排序然后可以正常生成hapmap文件了，但是我的两条比较小的contig不见了

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

...class ~]# docker info | grep "Docker Root Dir" WARNING: You're not using the default seccomp profile Docker Root Dir: /var/lib/docker 解决这个问题，最直接的方法当然是挂载分区到这个目录，但是我的数据盘还有其他东西，这肯定不好管理，所以采用修...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

方差分析(Analysis of Variance，简称ANOVA)，又称“变异数分析”，是R.A.Fisher发明的，用于两个及两个以上样本均数差别的显著性检验。 由于各种因素的影响，研究所得的数据呈现波动状。 造成波动的原因可分成两类，一是不可控的...

问题 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

根据WGCNA课程中给的script进行操作的。上面两张图分别显示了run了> install.packages("WGCNA")和# Load the WGCNA package library(WGCNA)之后的代码。 请求帮助，非常感谢！

问题 老师，转录组差异基因报错，求助，谢谢

...r 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required p...

问题 请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

...，主要有两者类型，FDR和SDR： 第一次减数分裂发生重组(the first divisionrestitution,FDR):主要发生在减数分裂后期I，类似于有丝分裂，第一次减数分裂失败而第二次减数分裂正常。由于前期有梁色体发生交换，FDR型2n配了传递了亲本7...

文章 2019国家杰青名单公布，北大最多！透露的信息还有......

... 国家杰出青年科学基金，使用来资助取得突出成绩的45周岁以下的青年学者， 旨在促进青年科学技术人才的成长，吸引海外人才，培养造就一批世界科技前沿的优秀学术带头人。 能中选的话，不管是对自己，还是对所在的...

文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

...er liftOver -gff contig.gff3 genome.final.chain genome.gff3 unmapped The arguments are: contig.gff3: scaffold annotations (INPUT)contig_to_genome.chain: translations (INPUT)genome.gff3: genome annotations (OUTPUT)unmapped: things that fail (OUTPUT) 或者用 CrossMap.py gff genome.final.c...

文章 三代组装软件Flye安装及使用

...量（根据自己的安装路径进行添加）vim ~/.bashrcPATH=/opt/biosoft/GENOME/Flye-flye/bin/：$PATHsource ~/.bashrc 二、使用 Flye常用选项参数： --pacbio-raw：设置 pacbio 原始数据所在路径--pacbio-corr：设置纠错后 pacbio 数据所在路径--nano-raw：设置 nan...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

...15)")': /simple/pandas/   ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pandas (from versions: none) ERROR: No matching distribution found for pandas 解决办法：pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 链接：https://blog.csdn....

文章 OTU互作网络分析用MENA

...括样本数量、OTU数量等等。 构建网络 点击左侧Construct the network，跳转到Select Dataset页面，选择需要进行网络分析的数据进行下一步，提交之后进入参数设置页面（如下图），具体涉及了数据过滤，相似性计算算法，RMT(随机矩...

文章 NCBI下载的10X单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

...       os.makedirs(args.output_dir, exist_ok=True)        # Read the table    run_to_library = {}    with open(args.table, 'r') as f:        next(f)  # skip header        for line in f:            parts = line.strip().split('\t')            if len(parts) >= 2:  ...

问题 求助，有没有用过smudgeplot做过倍性分析的大佬，对psmudgeplot.py plot参数有疑惑，请问应该然后解决，感谢🙏

smudgeplot.py plot kmcdb_L"$L"_U"$U"_pairs.tsv usage: smudgeplot plot [-h] [-o O] [-c C] [-t TITLE] [-ylim YLIM] [-col_ramp COL_RAMP] [--invert_cols]                        infile smudgefile n smudgeplot plot: error: the following arguments are required: smudgefile, n

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

... 导入虚拟电脑 E:\Bio-Linux-2018-8-23.ova失败. Could not create the imported medium 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk'. VMDK: cannot write allocated data block in 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR (0x80BB0004)组...