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文章 课题组如何降低测序成本,加快成果产出

...手段。 然而有两大问题极大的阻碍了科研工作者将测序数据迅速、有效的转化成研究成果。 对于经常测序,也发过相关文章的老师来说,如何进一步降低成本,以实现大样品量的测序?如何缩短数据分析、写作周期、加快成...

问题 GEO下载到的数据,只有 fpkm,可以用limma包进行差异分析么,试了一下连续两个数据集的所有FDR都是1,用t检验也是一样,不知道哪里出问题了

文章 如何鉴定测序文库是不是链特异性

从测序公司拿到数据,或者从NCBI上下载了一些公开的数据,如何判断该数据的测序文库是不是采用了连特异性的建库方法?一般有如下几种方法: 1. 测序数据的GC含量分布 如果是普通的转录组测序文库,那么就会存在Read1, Read...

文章 rgb函数选择颜色(并控制深浅)

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 OMIM 人类孟德尔疾病信息数据库疾病表型说明

具体表型说明见官网:https://www.omim.org/help/faq 1.数据库编号,每一个收录条目都使用了一个唯一的6位数字表示: 数字  说明1-----(1000000);2-----(200000)常染色体基因位点或表型(创建于1994年5月15日前)3-----(300000)X染色...

文章 批量修改进化树中的名称及添加分组名称

...起说明作用,iTOL不会读取该行的内容。 LABELS:注释文件数据类型声明,这里声明数据集是对进化树标签进行修改。 SEPARATOR TAB:指定数据分隔符,即数据列与列之间使用Tab分隔。也可指定分隔符为空格,需将"TAB"改为"SPACE"。(...

问题 甲基化数据做WGCNA,beta值过低怎么办

请问用甲基化数据做WGCNA,beta值过低怎么办?

问题 求助:外显子芯片下机数据IDAT文件如何打开?

求助各位大佬:六年前在一家公司做了外显子芯片,他们交付的数据文件是IDAT文件,现在想打开文件无法找到可以打开该文件的方法。

文章 HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

...因motif多,有的motif少: 转录组表达验证: 作者转录组数据均来自别人文章中的数据,利用别人的数据发自己的文章,节约不少实验经费,对于经费紧张的科研老师来说值得借鉴:A: HKT基因在葡萄不同组织中的表达(Fasoliet al....

问题 pacbio转录组数据处理

...mers.fasta 文件,文件格式序列名字需要加上5p或3p,自己的数据有一个barcode.fasta文件,但是序列名没有标5p或3p,barcode和primer是有什么关系,lima输入的barcoded_primers.fasta文件应该是什么样?不是公司给的barcode.fasta文件么?

文章 megacc构建进化树.mao文件生成方法

...分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGC...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌(GSE123813)

...们单细胞课程的学员利用我们提供的脚本快速的分析公共数据数据挖掘,这里开始记录一下不同公共数据相关分析shell代码。大家有了我们的代码就可以照抄分析,提高分析数据效率,今天是第1个数据,后续还有数据慢慢给大...

文章 affy包查看全匹配探针与错配探针

...敏度大大提高,也便于进行背景校正等。而由于芯片原始数据处理的方法不同,有时会利用错配探针信号,而有时并不会参考错配探针信息。譬如,常见的 RMA算法进行数据标准化并未利用到mm信号值,mas5 方法则要参考mm进行计...

问题 二代测序数据的质控标准是什么?

问题 如何采用TCGA数据进行生存分析