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文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

...d_vs_genome.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错: The debug file is called error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 查看 error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 报错文件: > The candidate has been discarded because the structure is inconsistent with Dicer processin...

文章 利用biopython将cds序列翻译成蛋白序列

...h',default = os.getcwd(),required=False)parser.add_argument('-t','--table',type=int,default=1,help=' genetic code :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi, default table id 1',required=False)parser.add_argument('-n','--name',default ='pep',required=False,help='Please specify the out...

文章 Vennerable绘图组别名称(标签)位置调整

...ibrary(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整  可以基于VennGetSetLabels 和VennSetSetLabels 进行,前者获取当前绘图对象的Set标签的位置,进行修改后,利用后者整合到绘图对象中,重...

问题 老师你好,构建进化树16S分析一直出错

...ignedDNAFASTAFormat-3r8bwdoj is not a(n) AlignedDNAFASTAFormat file:   The sequence starting on line 2 was length 404. All previous sequences were length 0. All sequences must be the same length for AlignedFASTAFormat. Debug info has been saved to work/my_amplicon/tmp/qiime2-q2cli-err-cojm7_...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...内置数据PlantGrowth集为例。不同地块( ‘ctrl’, ‘trt1’, and ‘trt2’)种植的植物的产量(weight)数据;解决的问题如下1.不同地块产量是否存在差异2.trt1与trt2是哪块差异更大 ##正态性检验my_data <- PlantGrowthshapiro.test(my_data$wei...

问题 阈值中有效SNP的计算

我们GWAS课程中的阈值设置是0.05/total SNP 或者1/total SNP,但是文献中一般都是用Genetic type 1 Error Calculator (GEC)软件计算出有效的SNP个数,再计算阈值?这个在咱们课程怎么没有提及?

文章 统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

...= element_text(angle=60, vjust=0.5,hjust=0.5)  )+  xlab("")+ylab("Number of DEGs")  #输出图片pdf(file="DEGNum.pdf", height=7, width=7)print(p)dev.off()

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...ccd  3.data_qc#利用fastp工具去除adapter#--qualified_quality_phred the quality value that a base is qualified. #            Default 15 means phred quality >=Q15 is qualified. (int [=15])#--unqualified_percent_limit how many percents of bases are allowed...

文章 基因家族分析linux软件安装列表

...erl包 blast :https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download mcscanX:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ java JDK:https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html clustalw:http://www.clustal.org/clustal2/...

问题 请问老师有根据基因ID一次性提取UTR,EXON,INTRON的脚本吗?

...used as input do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1transcript:AT1G01020.6transcript:AT1G01010.1transcript:AT1G01020.3transcript:AT1G01020.2transcript:AT1G01020.5transcript:AT1G01020.4transcript:AT1G0...

文章 提取基因组所有基因的启动子序列

...       genome fasta file    <infile>    must be givenOther parameter:-h           Help documentUsage End.exit;}$opts{n} ||= 2000; my $n = $opts{n};my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{fa}" , -format => 'Fasta');my %fasta;while ( my $seq = $in->next_seq() )...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(直肠癌)

...GEO数据库当中找到三个直肠癌相关的数据GSE32323, GSE74602, and GSE113513,分别做差异分析。然后,又下载TCGA当中的直肠癌相关的转录组数据做差异分析,差异分析结果绘制火山图(下图 A)。对于4组数据当中的差异基因按照上调基...

问题 用Conet对Otu构建网络时,参数的设置问题

请问老师,在用Conet对Otu构建网络时,在percessing and filter过滤部分input filter---method--row minicc中输入的数字的含义是什么,这个数字的大小根据什么确定呢? 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算方法的选择。比如我只想保...

文章 perl对文件夹处理

...ame=readdir(DIR))){open (FILE, "/home/bmk/".$filename)|| die "can not open the file $filenamen";open (OUT, ">/home/bmk/$filename.bak")|| die "can not open the $filename.bakn";while (<FILE>){print  OUT "$_";}}

文章 merge_metadata_genexpdata.r 在metadata中添加基因表达数据

...ent sample shortLetterCode definition sample_submitter_id sample_type_id sample_id sample_type TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 TCGA-B7-A5TK TCGA-B7-A5TK-01A TP Primary solid Tumor TCGA-B7-A5TK-01A 1 58937d2c-b4c3-4992-a95c-d0d1fa73f1a9 Primary Tumor TCGA-BR-7959-01A-11R-...