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问题 docker无法连接了

...ibowen/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manage gwas]$ 

问题 老师好,我想问一下,RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢?reads count又有怎样的用途,与前面三个有关系吗?有一篇paper中说,The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗?

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...也没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容...

文章 SAW华大时空软件使用

...criptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --chip-mask=/saw/datasets/mask/C04042E3.barcodeToPos.h5 \    --organism=mouse \    --tissue=brain \    --fastqs=/saw/datasets/fastqs \    --reference=/share/ref/Mus_musculus/Mus_musculus_inde...

文章 已知目标基因,如何进行局部共线性绘图?

...保留基因位置信息的bed格式: python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Aet.gff3 -o Aet.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Hv.gff3 -o Hv.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Ta.gff3 -o Ta.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene ...

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

...t                        2]  --log2                whether do log2 transfrom for expression data                        [optional, default: False]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefi...

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

...n)参数 该参数对应的设置如下: legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector) 其中none 表示隐藏图例,可参考 https://www.omicsclass.com/article/383 其他类型表示控制具体位置,包括 "left" ...

文章 pheatmap绘制热图详解

...s——Implementation of heatmaps that offers more control over dimensions and appearance. 热图是对实验数据(尤其是基因的表达量)分布情况进行分析的直观可视化方法,可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具像化展示,还可以对数据...

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

...nfile>-fq2 fastq read2 file  <infile>-f input file type,"fa"or"fq"  <infile> must be given-od output dir  <outfile> must be given-n output filename  <outfile> must be givenOther parameter:-h           Help document 脚本既...

文章 MEGA构建进化树遇到报错信息

...候会遇见,报错信息:  Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.  这是因为你的序列差异太大,无法构建进化树,应当将序列...

问题 prefetch报错

...3:05 prefetch.2.8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 (  !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA  ) 2022-09-27T11:33:05 prefetch.2.8.0 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR8956151' cannot be found.

问题 hmm文件搜索问题

...麦基因家族分析时筛选得到的Terpene_synth_C_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt这个文件的基因是141个,运行下面的命令,得到的Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件怎么是147个?谢谢老师 ! manager@bl8vbox[gene_family_my]  pe...

文章 总结:生化检测实验样本值不准的原因分析

...居然有11分的文献引用! Lee H Y, Back K. Melatonin induction and its role in high light stress tolerance in Arabidopsis thaliana [J]. Journal of pineal research, 2018. 这个J Pineal Res期刊,2018年IF=11.613,也是很牛了!! 学霸姐姐大致看了一下,这篇文章主...

文章 堆叠柱状图-ggplot2

..."stack", 数据参考:https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156     A sample2  507     B sample2  208     C sam...

问题 蛋白质全长多序列比对

...,第一次粗暴的将WRKY中间一条横杠去掉,结果报错ERROR: The sequences in the input alignment should be aligned in order to us,第二次将结构域中阶所有横杠去掉了没有报错,但是WRKYGQK结构域只显示R且前移了位置,如图,请问如何修改才能将...