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问题 求问当年您提问的问题有没得结果了？

运行dotplot(ego,showCategory=20)报错 wrong orderBy parameter; set to default `orderBy = "x"`

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE127465&format=file" -O GSE127465_RAW.tar wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE127nnn/GSE127465/suppl/GSE127465%5Fgene%5Fnames%5Fhuman%5F41861.tsv.gz wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE127nnn/GSE127465/suppl/...

文章 fastq序列做NR库比对

1.使用命令随机从fastq文件中提取序列： python /share/work/huangls/piplines/01.script/random_fastq_to_fa.py -f  C5_R1.fastq.gz -o ~ -p its5 -n 100 2.将序列提交到NCBI中用blast做NR/NT库中进行比对：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 

问题 IBD计算1

IBD 计算时有一步错误为cat: chr*.ibd: No such file or directory,  我的染色体是1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29。  这一步怎么该为数字为前缀的文件的ibd 合并到一块，原始命令是cat chr*.ibd > sativa.ibd

问题 docker无法连接了

...s/libowen/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manage gwas]$ 

文章 pyvcf的安装

...竟然还在使用python2编写，因此为了使用它，需要用到use_2to3这个小模块，毫无疑问，这也是一个相当老的模块，因此无法在最新版的setuptools上使用，因此我们可以先将setuptoos降级到58.0以下，比如 pip3 install setuptools==57.5.0 然后...

文章 使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包

...据集，首先是获取这个数据集的存储路径 dfpath<-system.file("files/usflu.fasta",package="adegenet")dfpath 加载包读入数据 library(adegenet)flu<-fasta2genlight(dfpath,chunkSize = 10,parallel = F) 数据读入以后做一些分析就比较容易了 首先是看一...

问题 重复序列注释的问题

... Reading liftover chains Couldn't open /work/data/genome.chain , No such file or directory 另：在一次全部运行 01.Repeat.sh时，如果中间出现报错，是要重新运行 01.Repeat.sh 吗？能不能续跑？比如我在运行中出现了上面

问题 基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

错误提示：Use of uninitialized value $pid in exists at script/mRNAid_to_geneid.pl line 40, <IN> line 188156 gff文件内容有什么问题

问题 SRA数据下载

...web_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list fastq.txt ./ 下载SRA数据时总是断开，有什么办法可以让这个命令重复运行，能不能帮我写个shell 脚本 让这个命令一直运行。谢谢。

文章 你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗？这个方法带你飞！

...t=read.csv2("GSE2600expressionMatrix.csv", header = T, row.names = 1,check.names = F) > head(exprSet,3)          GSM49939 GSM49940 GSM49941 GSM49942 GSM49943 GSM499441007_s_at     23.0     13.8     26.5     75.9     94.9     84.61053_at  ...

文章 提取指定基因的fasta序列

... Math::BigFloat; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; $in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]" , -format => 'Fasta'); $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$ARGV[2]" , -format => 'Fasta'); my%keep; open IN ,"$ARGV[0]" or die...

问题 RepeatModeler注释时显示FastaDB:报错

repeatmodeler显示FastaDB::compact - Error could not locate file/home/Repeat/RM_2358092.ThuMar281748232024/round-4/sampleDB-4.fa!请问老师这是什么原因导致的啊，要怎么解决这个问题。文件路径没问题，第四轮生成的sampleDB-4.fa是空的。

文章 叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）

...文件。 2.使用Rstudio进行IRscope本地化 打开Rstudio，点击File→Open File，打开IRscopeV0.1.R文件 如果之前没有安装过随需要的安装包，需要先进行安装，有两种方法：一是Rstudio会自动识别我们没有安装的包，直接点击图中的Install...

文章 linux sed命令，如何替换换行符“\n”

在一次sed使用中，执行命令： sed "s/\n//g" file 发现，没起到任何效果。 后来，经查sed官方用户手册，才得知，sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline，其实就是行的分隔符即换行符...