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文章 blastn使用方法及结果详解

...ery yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff，e值越小，相似度越高 -outfmt format：设置输出格式， 6...

文章 鉴定domain同时分析蛋白互作

SMART（http://smart.embl.de/）是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库，它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具，比如可以预测蛋白的一些二级结构：跨膜区（Transmembrane segments）、复合螺旋区（coiled coil regions）、信...

文章 qiime1 matplotlab绘图报错解决：_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

...11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 81, in new_figure_manager    return new_figure_manager_given_figure(num, figure)  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 89, in new_figure_ma...

文章 subset提取符合条件的数据

...t从数据框中选择符合条件的数据 subset(x, ...) x表示一个待筛选data frame 例如有如下数据： > dat Samples group treatment Time1 GSM1625995 con6h control 6h2 GSM1625996 con6h control 6h3 GSM1625997 con6h control 6h4 GSM1625998 con12h control 12...

文章 生命大数据

... 编写着生命，GCTA则见证生命科技的力量。历经两届，GCTA已成为BT与IT融合的标杆性会议。今年的大会依旧聚焦行业现状、解读技术标准、解决应用问题。20多位重磅嘉宾带来20余先锋议题，将为大会带来哪些新的看点？ 会议信...

文章 空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

...）和DESI-MSI技术，接下来简要讲解下两种技术。 MALDI-MSI 已成为当前最主流且应用最广泛的质谱成像技术。MALDI-MSI技术将分析物分散在基质分子中并形成共结晶，当用激光照射晶体时，由于基质分子经辐射吸收能量并导致迅速产...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

...入、倒位、易位等，是基因组变异的主要来源，大量研究已证实 SV 广泛存在于物种基因组内，且对表型影响广泛[2-3]。2021年桃[4]研究中，进行了全面的 SV 图谱的绘制，并通过 SV-GWAS 发现重要关联基因，弥补了 SNP-GWAS 的不足。材...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...动完成脚本grep            通过ID/name/sequence/sequence motif搜索序列，允许错配head            打印第一条序列help            打印帮助信息locate          定位序列，或者motifs，允许错配mutate          编辑序列(点突变、插入...

文章 高分文章1

... human endometrial epithelium 发表时间：2020.04 简介：从28名19-81岁的女性中获得近300份子宫内膜腺体，对其进行全基因组测序分析，发现导致子宫内膜癌的肿瘤改变过程是在人生早期开始的。 DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2214-z 09...

问题 WGCNA-MAD

...据上面的代码，我想把1.8w个基因缩减下，结果在进行MAD筛选前5k个基因的时候，出现， > datExpr = t(datExpr[order(apply(datExpr,1,mad), decreasing = T)[1:5000],])Error in x - center : non-numeric argument to binary operator我查了下是什么“非数值参数为...

文章 癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）计划简介

...rce）将承担癌症组织标本和正常组织标本的采集、处理和分配工作，并由相关中心（肿瘤基因组鉴定中心　 Genome Sequencing¾Genome Characterization Centers和基因组测序中心 Centers）采用高通量测序技术进行基因和基因组排序，该项目预...

文章 5分钟看懂KEGG代谢通路图

...可在kegg数据库官网查询： 第一类、reference pathway：根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。通路图中的小框都是白色，方便个性化填充颜色，在KEGG中名字以map开头，节点代表某一基因、该基因编码...

文章 利用SNP构建指纹图谱！SNPT的使用教程！

...SNP，如何利用这些SNP是一项非常重要的工作；尤其在搜集筛选一些种质资源的时候，我们往往希望用最少的SNP区分尽量多的样品，也就是指纹图谱DNA fingerprinting，这在实际科研生产中是非常有用的、实用的，今天我给大家分享一...

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...载染色体序列，根据gff文件提取cds序列。 3. 成对共线性搜索 准备好输入文件后，就可以进行共线性搜索了。首先要将工作目录切换到输入文件所在目录，然后运行如下命令： $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach 20:33:42 [...

文章 一个好的“产品经理”该如何诞生？

...5.cn/)，可以直接提交测试用例，并且根据用例提交缺陷，分配给相应的开发人员调整。   [CORNERSTONE](https://www.cornerstone365.cn/)执行测试计划，也是非常有亮点的哦 亮点一：用例的执行情况一目了然,随着执行的进度即时更新测...