文章 LeafCutter可变剪切注释

...的leafcutter分析,得到每个样本的内含子表达量信息 perind_numers.counts.gz这个文件 MPC14L sample1 sample2 sample3 sample4 ...Chr04:71053:71791:clu_1_NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0...

问题 我使用的服务器，由于文件很多，在使用FOR循环的时候一直出错，老师可以帮忙看一下是哪里有语法错误吗？

/public/singularity exec /public/reseq.sif  for i in FP180000114BR_L01_142 FP180000114BR_L01_143 FP180000114BR_L01_144 FP180000114BR_L01_146 FP180000114BR_L01_147 FP180000114BR_L01_148; do  echo "RUN CMD: fastp --thread 30 --qualified_quality_phred 10 \     --unqualified_percent_limit 50 \ ...

文章 数据框分割数据

...eparate可以直接将一列数据按需要分成几列 library(tidyr) df_2<- separate(df_1, 'colname', c("new_colname_1","new_colname_2"), ",") #例为将df_1表的colname列分成new_colname_1，new_colname_2两列，里面的数据以逗号为分隔符分割 如果数据允许，分成...

文章 预测miRNA前体

...r.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Total_reads_collapsed.fa -t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf 1.1 对测序得到的reads进行物种miRNA定量。输入文件必需包括三份： 含有microRNA前体序列的fasta文件(来源于miRBase)，含有成熟micro...

文章 预测miRNA前体

...r.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Total_reads_collapsed.fa -t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf 1.1 对测序得到的reads进行物种miRNA定量。输入文件必需包括三份： 含有microRNA前体序列的fasta文件(来源于miRBase)，含有成熟micro...

问题 hisat2中提示"/work/my_rnaseq/ref/Gmax_508_v4.0.fa" does not exist

查了路径，设置好了，也重新进入docker重设路径了，还是不想，一直提示不存在

文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

...ozome Tcacao $ python -m jcvi.formats.fasta format --sep="|" Tcacao_233_cds.fa.gz cacao.cds $ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Tcacao_233_gene.gff3.gz -o cacao.bed 2.共线性搜索 $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog peach cacao --cscore=.99$ ...

问题 使用monocle2进行轨迹分析报错

...0后就出现了以下问题。 这是我的代码：Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \  -g mycelltype -o monocle2_CD4_celltype  这是CD4.added.celltype.rds的内容：barcodeorig.identnUMInGenegrouppercent_mitopercent_hbpercent_ribolog...

问题 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

...most recent call last):  File "/usr/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main    "__main__", fname, loader, pkg_name)  File "/usr/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code    exec code in run_globals  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/jcvi/graphics/karyotype....

文章 使用map()、filter()来做到函数式编程

...稳定不会改变引用值， 但普通函数会，举个例子 def num_1(list):for index in range(0, len(list)): list[index] += 1return listlst_1=[1,2,3]print(num_1(lst_1))print(num_1(lst_1)) [2, 3, 4] [3, 4, 5] 这个普通函数经过2次调用，让lst_1这个列表的值发生了...

问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

利用老师课程中讲的方法一pick_de_novo_otus.py进行的，但运行过程的日志文件中出现assign_taxonomy过程的报错。 [root@f0190be56047  21:19:38 /work/my_16s/5.pick_otu_qiime]# pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo...

问题 老师您好，在基因家族分析中，进行共线性分析绘图时，一直出现一下报错，麻烦老师帮忙解答一下

...onda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15x15 ph_seqid ph_layout06:27:19 [base] Load file `ph_layout`06:27:19 [base] Load file `PH.bed`06:27:20 [base] Load file `PY.bed`Traceback (most recent call last):  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 1...

问题 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

...  main(args)   File "/home/nick/data/software/scripts/cluster/reanalysis_20250731/psiblast/mmseq2/OrthoFinder-master/scripts_of/__main__.py", line 1344, in main     GetOrthologues(speciesInfoObj, options, prog_caller)   File "/home/nick/data/software/scripts/cluster/reanalysis_20250731/psibl...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building t...

问题 这条命令报错cat ../id.txt|while read ind;do cut -d" " -f1 ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fa|sed -e "/^>/ s/$/_${ind}/g" -e "s/\*//g" > ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fas