找到约 15 条结果

文章 安装gdal报错

...tadata expiration check: 3:25:35 ago on Tue 13 Jun 2023 07:28:50 AM CST.Error: Problem 1: package gdal-libs-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libarmadillo.so.10()(64bit), but none of the providers can be installed  - package gdal-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libgdal.so.30()(64bit), but none of the provid...

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

...positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector) 其中none 表示隐藏图例，可参考 https://www.omicsclass.com/article/383 其他类型表示控制具体位置，包括 "left" 左, "right" 右,  "bottom" 下, "top" 上，以绘图...

文章 python数据可视化-matplotlib之inshow

... import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # Fixing random state for reproducibility np.random.seed(19680801) plt.subplot(211) #绘制一个两行一列的图，并对第一个图进行绘制 # 参考链接https://www.jianshu.com/p/de223a79217a plt.imshow(np.random.random((100, 100)), cm...

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...令： #!/bin/bash# 遍历当前目录下所有以 GSM 开头的文件for file in GSM*; do # 提取 _ 到最后一个数字的内容 identifier=$(echo "$file" | sed 's/.*_\([^_]*[0-9]\).*/\1/') if [ -n "$identifier" ]; then # 创建对应的文件夹，若文件夹已存在则不...

文章 Bedtools的简单使用—文件格式转换

...细的了解Bedtools可参考官方教程：bedtools: a powerful toolset for genome arithmetic — bedtools 2.30.0 documentation。 基因组特征可以是功能元件（如基因），基因多态性（SNP、INDEL、SV）等，最基本的基因组特征是其所在的染色体、起始位置...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

老师，按照您给的指令（for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`;     grep -v "^#" ${i} > ${name}.last;     python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *....

问题 R脚本画相关性散点图时报错

...,                    help = "Input contains two columns of data for calculating the correlation[required]",metavar = "meta") test5$add_argument("-n","--name",type = "character",default = "IRPS",                    help = "Specifies the column name of the column[optional,defaul...

问题 CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

...dk-inflater true --use-jdk-deflater true --reference /path/to/part.fasta $(for i in {001..300}; do echo "--variant /path/to/part_gvcf/${i}.g.vcf.gz " ;done) --intervals chr2_part1 --output /path/to/part_gvcf/chr2_part1.g.vcf.gz --tmp-dir /path/to/temp，其中“--use-jdk-inflater true --use-jdk-def...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解！

... 假如需要查询的蛋白较多，则可以通过点击首行任务栏Retrieve/ID mapping，如下图，查询蛋白列表可直接粘贴在下图1. Provide your identifiers文本框中，也可以将蛋白ID单列粘贴于TXT文本中提交到网站。另外该页面2. Select options 还可提...

文章 gdal 报错dnf安装包错

...data expiration check: 4:19:33 ago on Thu 20 Jun 2024 06:52:12 AM CST. Error:  Problem 1: package gdal-libs-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libarmadillo.so.12()(64bit), but none of the providers can be installed   - package gdal-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libgdal.so.30()(64bit)...

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...(6): 695-701. 34.Platt A, Vilhjálmsson B J, Nordborg M. Conditions under which genome-wide association studies will be positively misleading[J]. Genetics, 2010, 186(3): 1045-1052. 35.Kang H M, Zaitlen N A, Wade C M, et al. Efficient control of population structure in model organism association ma...

文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

...,f,f,f,f,f,f,f,r,r,r,r -nastring . -vcfinput 2. 提取必要的信息 for i in *.hg38_multianno.txt do sample=`echo $i|awk -F '.' '{print $2}'` cut -f '1-10' $i|sed '1d'|sed "s/$/\t${sample}/">>all_sample.txt done ​ sed -i '1s/^/Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tFunc.refGen...

文章 docker clash 配置

..._proxy https_proxy docker配置： Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment=...

问题 我用conda 根本安装不了软件，非常慢，比如UMI-tools

...摸不到头绪。。。。 raceback (most recent call last):   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__....

问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

... = "transcript", covariate = "orgnization", : fold changes only available for 2-group comparisons。我想请问一下我该如何修改这段R代码才能正确比较根茎叶三个组织的基因差异表达呢？这文章有点长，非常谢谢