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文章 plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）

...one of "phylogram" (the default), "cladogram", "fan", "unrooted", "radial" or any unambiguous abbreviation of these.cladogramunrootedradial …… 如果想提升自己的绘图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2) 更多生物信息课程：https://study.omicsclass.com/ind...

文章 GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

...=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions. #Read Soybean Genotype data fileD<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)dim(D)D=D[,2:31261]D1=as.data.frame(as.matrix(D))D2=t(D1)QTL <-100*(1:20) #pick 20 QTLu <-...

文章 pfam上不去 打开后搜索没有反应

...script. Without a javascript-enabled browser, this site will not function correctly. Please enable javascript and reload the page, or switch to a different browser. 我们看到网页上提示JavaScript有问题，因此在网上一顿搜索解决办法，该打开的都打开的了，换各种...

问题 我今天使用OrthoMCL的第5步（处理blast产生的结orthomclBlastParser blastresult compliantFasta > similarSequences.txt果-），出现了这样的问题，不知道怎么解决

 orthomclBlastParser orthomcl.blastout compliantFasta > similarSequences.txtacquiring genes from Ath.fastaacquiring genes from Sei.fastacouldn't find taxon for gene 'BLASTP' at /home/ubuntu/miniconda3/bin/orthomclBlastParser line 105, <F> line 1. 恳请老师解答一下

问题 Launch_PASA_pipeline.pl脚本报错连不上mysql?

...* Running PASA pipeine: * [Wed May 15 16:19:38 2024] Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/create_mysql_cdnaassembly_db.dbi -c alignAssembly.config -S '/share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/schema/cdna_alignment_mysqlschema' -r host=mysql-- DBI c...

文章 R包venn绘制韦恩图

...SE);H <- sample(1:1000, 777, replace = FALSE);dataForVennDiagram <- list(A=A, B=B, C=C, D=D, E=E, G=G,H=H)#vennDiagramColors <- c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4', 'orchid3')vennDiagramColors <- c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3", 'cyan',"red","...

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...阈值（见下图A）；第二步，选择差异对比组，点击Select which Samples to put in Group A and Group B，出现样品处理信息，据此设定A组样品和B组样品（见下图B）；第三步，针对A组和B组，进行差异分析（见下图C） 例如：针对Two-tailed t-t...

文章 提取指定基因的fasta序列

...提取的perl脚本，用法非常简单。 用法如下： perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl <id><fa><OUT> 例如： perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl id.txt input.fasta out.fa 其中 id.txt 为要提取的序列ID，inpu...

问题 老师我做存在缺失分析部分，Fam_gene.list中泛基因编号为什么不是连续的呢

老师我做存在缺失分析部分，awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=27;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list这一步，得到的泛基因编号为什么不是连续的呢？...

文章 R语言数据整理——tidyr包

...;- mean(data$num, na.rm = TRUE)> type_mode <- as.character(data$type[which.max(table(data$type))])> data <- replace_na(data = data, replace = list(num = num_mean, + type = type_mode))> data# A tibble: 8 × 2   type      num  <chr>    <dbl>1     a 75.000002   ...

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

...Error log file:    err_seqcl_all_transcripts.fasta.log  Using 10 CPUs for cleaning -= Rebuilding all_transcripts.fasta cdb index =-  Launching actual cleaning process:  psx -p 10  -n 10000  -i all_transcripts.fasta -d cleaning -C '/work/zhushi/04.PASA_assembly/all_transcripts.fasta:ANLMS1...

文章 Perl方法对文档全文进行字符串对应替换

...ef; $gff=<IN>; close(IN); } #####################get idlist for changing############### open(IN,"$opts{idlist}")|| die "open ID file failed\n"; while(<IN>){ chomp; my($newID,$gene)=split(/\s+/,$_); if($gff=~/$gene/){ $gff=~ s/$gene/$newID/g; } } close(IN)...

问题 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

...ed with column specification:cols(  .default = col_double())See spec(...) for full column specifications.File stored at: D:/GEO/Download/GPL1901.annot.gz GSE的矩阵文件可以正常下载，而且我的这个GSE没有对应的GDS。请问这样会不会影响后续的分析...

文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

... model 下的四种模型： （1）Model A (Model=2, NSites=2, ncatG=ignored) （2）Model B (Model=2, NSites=3, ncatG=ignored) （3）Model C (Model=3, NSites=2, ncatG=ignored) （4）Model D (Model=3, NSites=3, ncatG=2 or 3) 2.选择model A模型，系统发育树被预先分为前景...

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

...师 结果如下：  1 IQ-TREE multicore version 2.2.2.2 COVID-edition for Linux 64-bit built Nov 16 2022       2 Developed by Bui Quang Minh, James Barbetti, Nguyen Lam Tung,       3 Olga Chernomor, Heiko Schmidt, Dominik Schrempf, Michael Woodhams, Ly Trong Nhan.       4       5...