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文章 plotrix包画扇形图

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

问题 我想请教一下16s高级扩增子分析中的,微生物共存网络的问题,在“确定物种间存在相互作用关系的阈值,将相关性R矩阵内符合的数据转换为0”这步中,按照视中给的代码进行操作后报错,原因是矩阵中有缺失值,请问这个缺失值如何处理,把他如何赋值为0?

文章 GGEbioplot分析种质资源在同环境下的丰产性与稳定性

...io) GGEBiplot(Ontario) GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时, 分解的是G+GbyE,然后根据PC1和PC2作双标图,称为GGE Biplot。 1. 几种同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中,标清楚品种和地点。 1...

问题 基因家族鉴定所用的基因ID与转录组基因ID一致

老师您好,我做有参转录组的基因ID与现在做基因家族鉴定的基因ID一致,后续做基因家族成员转录表达模式分析的时候如何将基因ID一致化?

问题 基因家族分析 scaffold 基因可以删除吗

基因家族分析后,90个基因中有一个定位在scaffold上,这个基因可以删除吗?删除的话后续染色体定位和共线性分析作图好看

文章 R及R包的更新、移除、卸

...包的更新、卸和删除 一、更新R version #查看现有R版本install.packages("installr")library("installr")updateR() #安装并加installr包,并调用里面的函数updateR() 二、更新R包 1.更新所有R包 如果用的是Rstudio,要更新library里所有...

问题 基因家族分析-基因家族成员鉴定

老师, 在NCBI-CDD中, 如果显示结构域完整, 是否将这些基因去除?

问题 基因家族启动子分析2

接上个问题:老师为啥基因组gff文件没有内含子序列呢?另外gene为啥和mRNA一样长啊,应该gene更长吗?

文章 家蚕7篇基因家族文章下

...南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室的家蚕基因家族分析文章:2015年Funct Integr Genomics上1篇,2016年International Journal of Molecular Sciences2篇、Mol Genet Genomics1篇,2017年Insect Science1篇,2018年genome1篇、International Journal of Molecular Science...

文章 转录组文章怎么写能发2区文章?

...的标配,每年有大量的数据产出,这也导致了转录组测序分析的文章越来越难以发表。 今天小编就给大家带来一篇今年10月份见刊的转录组文章,该文章发表在BMC Plant Biology上,影响因子3.93,中科院分区二区;接下来让我们一...

问题 老师您好,最近在分析基因家族结构的时候遇到了问题。用视中get_gene_exon_from_gff.pl脚本提取CDS信息时文件为空(参考基因组gff文件只有CDS信息),之后手动提取基因家族序列信息形成gff文件,用TBtools作图也出现了问题,知道是什么原因?麻烦老师帮我看看呢?

手动提取gff文件长这样 TBtools长这样 ???

文章 cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system

...,下链接:https://cytoscape.org/download.html 我下的cytoscape版本为3.10: 下后解压安装发现如下报错: 怀疑是java版本的问题,使用cytoscape提供的环境自查脚本“windows.bat”,脚本这里下: https://cytoscape.org/troubleshooting.html ...

问题 请教:基因结构分析时,输出的gene_exon_info.gff文件为空。该如何解决?

gff3文件(如下图)里,ID,parent后面的序列登录号后缀一样。是因为这个问题吗?一直知道怎么解决。 用的命令是:perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.A...

文章 植物科学常用数据库和生物信息学工具

...表的基因描述     https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/ MAFFT:在线的序列比对工具     http://wlab.ethz.ch/protter/start/    Protter:在线蛋白结构绘制工具     https://www.evolgenius.info/evolview/ EvolView:用于可视化,注释和管理系统树的网...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...正常表达量。 这样的一个复杂的弦图,我们可以通过在线工具Charticulator来实现。Charticulator 是微软研究院2018年推出的一款可视化工具,可以通过交互创作的方式制作图表类型模板。(链接:https://charticulator.com/app/index.html) C...