文章 从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK

... $ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head1       3631    5899    AT1G010101       6788    9130    AT1G010201       11649   13714   AT1G010301       23121   31227   AT1G010401       311...

文章 转录组分析基因注释常用的数据库

...注释的蛋白数量不多。4、TrEMBL：数据库全称“Translation of EMBL”，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的，其中TrEMBL收录的是未经人工注释的编码DNA序列翻译数据。(unreviewed, automatically annotated)，不难看出，相比之下，sp数据库更可靠。 ...

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...ect = "TCGA-STAD",  data.category = "Simple Nucleotide Variation",  data.type = "Masked Somatic Mutation",  access = "open")GDCdownload(query )# 保存整理下载数据结果maf.data <- GDCprepare(query )write.table(data.frame(maf.data,check.names = F), file ='maf.tsv', sep="\t",row.names =F,...

文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

...分类器：https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494 #remove sequences that contain 5 or more ambiguous bases (IUPAC compliant ambiguity bases) and any homopolymers that are 8 or more bases in length q...

问题 关于annover建库问题

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax: ********** **********    CreateSequenceDictionary -R pearref.fa -O pearref.dict ********** 07:49:38.581 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so ...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...chr之间的间隔比例(ChrWidth*ChrSpacingRatio)#Main = "main_Figure" ## the Figtur Name #font-size strokewidth=1; fill="green"ChrSpacingRatio=0.5 ## 不同染色体chr之间的间隔比例###### 默认各层的配置参数 若各层没有配置的会，则会用这儿的参数 ######SetParaFor = ...

文章 OTU互作网络分析用MENA

...括样本数量、OTU数量等等。 构建网络 点击左侧Construct the network，跳转到Select Dataset页面，选择需要进行网络分析的数据进行下一步，提交之后进入参数设置页面（如下图），具体涉及了数据过滤，相似性计算算法，RMT(随机矩...

文章 add a Convex Hull with module

...ncircle p1 <- ggraph(g, layout = "fr") + geom_edge_link(aes(color = type, width = abs(as.double(correlation))), alpha = 0.9, show.legend = TRUE) + geom_node_point(aes(size = as.double(node.mean.abundance), fill = node.sub.module), alpha = 0.9, color = "#000000", show.legend = TRUE, shape =...

问题 Picard sortsam排序

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax:

问题 GeMoMa报错

...报错java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Did not finish as intended. java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CD...

问题 老师您好，问题是文中说到CPEB3 has a close positive correlation with cytotoxic cells, Th1 cells, and CD8 T cells（图a），为啥作者在正相关的一堆中提到了相关性不是最高的这三个，而在后面进一步分析中才提到TCM这中在图a中显示相关性最高的免疫细胞

问题 老师您好，我根据教学指导试了很多次都不能将vcf文件转换成phy文件，重新运行还是显示这种，求解决方案

...-1] INFO net.maizegenetics.analysis.data.FileLoadPlugin - guessAtUnknowns: type: VCF [root@7b2785c8d5cb  15:55:05 /work/my_pop_cucu/01.phylo_tree]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root   0 Oct 30 15:10 fasttree.nwk -rwxr-xr-x 1 root root 591 Oct 30 15:09 iqtree.log [root@7b2785c8d5cb  16:01:28...

文章 生存分析的一些基本概念

...时间段期初观察例数。条件生存概率(conditional probability of survival)：某时段开始时存活的个体，到该时段结束时让然存活的可能性p=某年存活满一年的人数/某年年初人口数=1-q，如果年内存在删失数据，需要对分母进行校正，校正...

问题 perl 哈希输出的问题

...                     'name' => 'Gohir.A01G185500.1_and_Gohir.D01G176300.1',                              'motifs' => [                                            {                   ...

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

... data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", # 有些样本只有 "Isoform Expression Quantification" workflow.type = "STAR - Counts", #sample.type = sample_type, legacy =...