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问题 Linux安装anaconda后，加载镜像包，提示失败

...  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main zsh: no such file or directory: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main manager@bl8vbox[manager]   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free zsh: no such file or directory: https://mirrors.tuna.tsinghua...

文章 进化树中bootstrap值设置

...le=numeric设置bootstrap值的显示类型值为[numeric,rect,circle,star,check,triangle]中的一个；默认为numericsize=10设置bootstrap值的字号或形状的直径取值为0或整数，默认为10color=red or color=red:blue设置bootstrap值的填充色或形状的边框色取值为颜色...

问题 如果提取基因一条代表CDS序列不成功，mRNA与CDS，GENE的ID都不一致（马铃薯数据库）

...ID,但提取的是mRNA的ID 所以我想修改perl脚本（geneid_to_mRNAid.pl） 当我把if($tmp[2] =~/mRNA中的mRNA改为cds时， 显示 当我把里面的全部mRNA全都改为cds时 显示   请问该如何修改脚本，可以得到基因对应cds的 ID呢 ...

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

... seqclean all_transcripts.fasta -c 10 -n 10000 -v ./UniVec  Standard log file: seqcl_all_transcripts.fasta.log  Error log file:    err_seqcl_all_transcripts.fasta.log  Using 10 CPUs for cleaning -= Rebuilding all_transcripts.fasta cdb index =-  Launching actual cleaning process:  psx -p...

文章 1000G千人基因组计划人群缩写对照表

...来源：http://www.internationalgenome.org/faq/which-populations-are-part-your-study/

文章 STAR比对软件的使用

...dobin/STAR/archive/2.7.3a.tar.gz tar -xvzf 2.7.3a.tar.gz cd STAR/source make STAR 2. STAR的使用 分为两部分：建索引和序列比对 （1）建索引 STAR --runThreadN 6 \ --runMode genomeGenerate \ --genomeDir GRCm38 \ --genomeFastaFiles GRCm38.p5.genome.fa  \ --sjdbGTFfile...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139829&format=file" -O GSE139829_RAW.tar #解包 tar xvf GSE139829_RAW.tar #不同批量重命名文件，并连接到不同文件夹 ​for i in BSSR0022 UMM041L UMM059 UMM061 UMM062 UMM063 UMM064 UMM065 UMM066 UMM067L UMM069;do mkdi...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE161529&format=file" -O GSE161529_RAW.tar wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE161nnn/GSE161529/suppl/GSE161529%5Ffeatures.tsv.gz" -O GSE161529_features.tsv.gz​ #解压 tar xvf GSE161529_RAW.tar #由于数据是分开的...

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

... 17 MB and contains two columns: the protein's gi and taxid. #Divisions file (division.dmp): # division id -- taxonomy database division id # division cde -- GenBank division code (three characters) # division name -- e.g. BCT, PLN, VRT, MAM, PRI... # comments #0 | BCT ...

问题 老师您好，docker镜像加速后，下载你们的gwas镜像时，总是pull了一半，剩下的立刻就没反应了，尝试了几十次，这个怎么回事?

...ng production.cloudflare.docker.com:443 with direct connection: connecting to 104.18.122.25:443: dial tcp 104.18.122.25:443: connectex: A connection attempt failed because the connected party did not properly respond after a period of time, or established connection failed because connected host has...

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

...例数据。 下载时需进行注册，提交邮箱信息方便license file文件下载，并将下载的MapChart.lic添加到安装路径，以免影响软件使用。 准备数据 整理染色体的名称、长度信息，以及染色体上需要标注的基因的位置信息，只需要填写...

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师解答。

...码如下： Warning message: In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mtabl...

文章 如何用R筛选出高表达的基因，低表达基因

...<-read.table("All_gene_fpkm.txt",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)head(myfpkm)myfpkm[order(rowSums(myfpkm),decreasing=T)[1:5000],]  #筛选表达量高的前5000个基因myfpkm[rowSums(myfpkm)>1,]  #筛选掉表达量低的基因minRowFPKM=rowMeans(myfpkm)...

问题 map bwa出错

...      -R "@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}" \       |samtools view -bS -h - > $workdir/3.map/bwa/${i}.bam 出现：[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [M::process] read 206690 sequences (20000138 bp)... [M::process] read 206798 sequences (20000039 bp)... [W::sam_...

问题 R包下载问题

当下载conductor的R包时，出现Warning message: package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install: 'Biobase'，如何解决。