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文章 Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

...ER2 (for details, see section 1.4.2 about repeat masking). It is important to note that even though MAKER2 and BRAKER2 used the same repeat libraries, genomes are masked differently by MAKER2 when comparing to our approach of using RepeatMasker/RepeatModeler for BRAKER2. MAKER2 runs RepeatMasker int...

问题 基因染色体定位

在做基因染色体定位时，输出的map_to_RNA文件为下图，只有Contig，没有染色体号 输出的fai文件格式为下图，有染色体号，也有Contig号，怎么确定Contig上的基因在染色体上的位置呢？Contig和染色体的对应关系怎么查？Mapchart所需文...

问题 下载docker是出现这个问题

docker: error pulling image configuration: download failed after attempts=6: dialing production.cloudflare.docker.com:443 no proxy configured: connecting to 69.171.247.32:443: dial tcp 69.171.247.32:443: i/o timeout.

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE192575&format=file" -O GSE192575_RAW.tar tar xvf GSE192575_RAW.tar #选择人的数据解压： tar zxvf GSM5751918_human_Res.tar.gz tar zxvf GSM5751918_human_Sen.tar.gz 运行完以上代码结果目录如下： 单细胞分析代...

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

文章 awk批量输出不同分类内容至不同文件

...向并保证结果追加到文件而不覆盖原内容 awk -F "\t" '{file=$2".group.xls";print $0 >> file}' test.xls   结果如下： 其中1.group.xls 部分文件内容如下： Sme2.5_12110.1_g00002.1 1       1.433897        1.548173362585  0.90704900000012...

文章 deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

...q_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/deseq_analysis.r [-h] -i filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case CASE [-f fdr]...

文章 linux命令详解之ls

...ols ./satools: black.txt freemem.sh iptables.sh lnmp.sh mysql php502_check.sh ssh_safe.sh

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

...= abs_path($od);mkdir $od unless(-d $od);open(IN,"$opts{gtf}") ||die "open file $opts{gtf} failed.";open(OUT,">$opts{od}/merged.tpm") ||die "open file $opts{od}/merged.tpm failed.";while(<IN>){next if(/^#/);chomp;my($chr,$a,$exon,$start,$end,$c,$link,$d,$lin) = split("\t",$_);$lin=~/transcr...

问题 利用命令行进行sra数据下载有如下报错

fastq-dump --split-e --gzip SRR1039508 Failed to call external services.

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...tadir/${i}_1.fastq.gz -2 $datadir/${i}_2.fastq.gz  2>$i.hisat2.log| samtools sort -@ 10 > $i.hisat.bamsamtools index  $i.hisat.bam  #建立索引方便后续可视化stringtie $i.hisat.bam   -p ${threads}   -o $i.rnaseq.gtfdone#单端read#hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $genom...

文章 GEO 数据介绍及在线下载

...息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也...

问题 多序列比对

...是五六天都只运行了一半..使用MUSCLE方法报错“MUSCLE Log file did not end properly, suggesting an unhandled exception”,请问报错的原因是什么？我应该选用什么方法才能更快速地完成比对呢？

问题 基因家族生信

perl ../script/get_gene_position.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 AT.gff 您好，我运行上述指令的时候，出现了下列的错误 Can't open perl script "../script/get_gene_position.pl": No such file or directory 请问是什么问题呀

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

...者拆分大的txt文件？大概5G 这段代码，有个问题，就是filename这里是否要改成自己的文件名？eachfile_lines_num这里呢？就这样放着，还是改成一个数值？ file_split <- function(filename,eachfile_lines_num)                             ...