问题 双通道平台数据标准化，scan protocol。

...power, the PMT set between 600 and 950. Slides are scanned at a resolution of 10micron 我将课程代码中的 genepix 改成 axon，则显示如下情况： Error in match.arg(source, c("generic", "agilent", "agilent.mean", "agilent.median",  :    'arg' should be one of “generic”, “agi...

问题 请教！基因结构分析出现这样的问题如何解决？

基因结构分析使用“perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果，之后手动筛选出来，却没有exon等，用GSDS也没有结构，请问这个是不是无...

问题 bio-linux中用hmmsearch遇到问题

用NB-ARC.hmm搜索拟南芥的蛋白质保守结构域时，运行显示fatal exception(source file fwdback.c, line 459)；foeward score is NaN。再次运行显示segmentation fault

问题 利用MeV绘制基因热图时出现问题

...并没有默认第一列为基因ID，不显示紫色背景，显示There is no spot data available，请问这个问题怎样解决？

问题 您好，三代全长转录组无参测序，昆虫前后2次取样，第2次雄昆虫测的数据量是第一次雌昆虫的2倍，最后得到转录本是第1次的2倍。这个结果怎么解释啊？

文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 ： 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3

问题 bio-linux中用hmmsearch遇到问题

用NB-ARC.hmm搜索拟南芥的蛋白质保守结构域时，运行显示fatal exception(source file fwdback.c, line 459)；foeward score is NaN。再次运行显示segmentation fault。麻烦老师看看是什么问题，非常感谢！！

问题 注释完绘图出现报错信息

...器，没有用docker镜像。出现 Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 检查R里已经安装了getopt，调用这个R包也是正常的，但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp就会报错。

文章 linux目录结构详细讲解

...说明或欢迎信息内容由系统管理员确定。/etc/motd Message Of The Day，成功登录后自动输出内容由系统管理员确定，经常用于通告信息，如计划关机时间的警告。/etc/mtab 当前安装的文件系统列表.由scripts初始化，并由mount 命令自动更...

文章 R使用ggtree包报错

...ackage or namespace load failed for ‘ggtree’: object ‘get_aes_var’ is not exported by 'namespace:rvcheck' 原因是rvcheck版本过高,降级即可 remove.packages("rvcheck") install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL,type =...

问题 一般GEO中的双通道芯片是可以下载到series_matrix.txt文件的，这个文件中我看值应该是去过log2的，我看网站介绍说文件里面的值是Normalized log2 ratio of normalized intensities defined by CH2/CH1，这句话是不是意思是两个样本荧光强度比值取对数之后的数据，如果是的话我可以直接看出基因的差异表达了，我可以直接拿这个数据来作图说明我所研究的基因家族成员发生了差异表达吗？因为在文献中也没有见过这种情况的作图，希望老师指点一下，谢谢老师

文章 叶绿体基因做跨物种系统发育分析

...iptome analyses provide insights into the phylogeny and adaptive evolution of the mangrove fern genus Acrostichum[J]. Scientific reports, 2016, 6: 35634.

文章 Clustal Omega多序列比对使用方法（命令行及在线网站）

...的二进制可执行文件就行了。 网址为：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 2.软件的基本用法 clustalo -i seq.fasta > align.fa -i 指定输入的序列文件，默认输出结果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件中。该软件支持多种格式...

文章 WRKY基因家族顺势作用原件展示挑选

...Figure 4. Cis-acting elements in carrot DcWRKY promoters. The distribution of 12 cis-acting elements in the 2000 bp upstream promoter are shown. The different types of cis-acting elements are represented by different colors, as shown on the right. Wbox, WRKY binding site; CGTCA-motif, cis-acting r...

问题 GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile

/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.1.4.1/gatk IndexFeatureFile -I raw.vcf.gz  Error was: htsjdk.tribble.TribbleException.MalformedFeatureFile: Input file is not in valid block compressed format.,