问题 老师您好，问题是文中说到CPEB3 has a close positive correlation with cytotoxic cells, Th1 cells, and CD8 T cells（图a），为啥作者在正相关的一堆中提到了相关性不是最高的这三个，而在后面进一步分析中才提到TCM这中在图a中显示相关性最高的免疫细胞

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

... data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", # 有些样本只有 "Isoform Expression Quantification" workflow.type = "STAR - Counts", #sample.type = sample_type, legacy =...

问题 perl 哈希输出的问题

...                     'name' => 'Gohir.A01G185500.1_and_Gohir.D01G176300.1',                              'motifs' => [                                            {                   ...

问题 老师您好，我根据教学指导试了很多次都不能将vcf文件转换成phy文件，重新运行还是显示这种，求解决方案

...-1] INFO net.maizegenetics.analysis.data.FileLoadPlugin - guessAtUnknowns: type: VCF [root@7b2785c8d5cb  15:55:05 /work/my_pop_cucu/01.phylo_tree]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root   0 Oct 30 15:10 fasttree.nwk -rwxr-xr-x 1 root root 591 Oct 30 15:09 iqtree.log [root@7b2785c8d5cb  16:01:28...

文章 SAW华大时空软件使用

...criptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --chip-mask=/saw/datasets/mask/C04042E3.barcodeToPos.h5 \    --organism=mouse \    --tissue=brain \    --fastqs=/saw/datasets/fastqs \    --reference=/share/ref/Mus_musculus/Mus_musculus_inde...

文章 生存分析的一些基本概念

...时间段期初观察例数。条件生存概率(conditional probability of survival)：某时段开始时存活的个体，到该时段结束时让然存活的可能性p=某年存活满一年的人数/某年年初人口数=1-q，如果年内存在删失数据，需要对分母进行校正，校正...

问题 docker无法连接了

...ibowen/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manage gwas]$ 

问题 老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...也没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容...

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

...保留基因位置信息的bed格式： python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Aet.gff3 -o Aet.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Hv.gff3 -o Hv.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Ta.gff3 -o Ta.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene ...

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

...n）参数 该参数对应的设置如下： legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector) 其中none 表示隐藏图例，可参考 https://www.omicsclass.com/article/383 其他类型表示控制具体位置，包括 "left" ...

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

...t                        2]  --log2                whether do log2 transfrom for expression data                        [optional, default: False]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefi...

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

...nfile>-fq2 fastq read2 file  <infile>-f input file type,"fa"or"fq"  <infile> must be given-od output dir  <outfile> must be given-n output filename  <outfile> must be givenOther parameter:-h           Help document 脚本既...

文章 MEGA构建进化树遇到报错信息

...候会遇见，报错信息：  Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.  这是因为你的序列差异太大，无法构建进化树，应当将序列...

文章 pheatmap绘制热图详解

...s——Implementation of heatmaps that offers more control over dimensions and appearance. 热图是对实验数据（尤其是基因的表达量）分布情况进行分析的直观可视化方法，可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具像化展示，还可以对数据...