找到约 15 条结果

文章 LENS:人的基因相互作用分析在线工具

...供的步骤进行学习：https://hagrid.dbmi.pitt.edu/LENS/index.php/tutorial/root ####################################################################################### LENS is a web-based tool to carry out interactome analysis of human genes. LENS takes one or two lists of genes and determine...

问题 老师您好，我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

...ngth文件时，发生以下错误： raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module>    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(1)AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'grou...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

...ker.html 常见错误2： The website encountered an unexpected error. Please try again later.PDOException: SQLSTATE[08006] [7] FATAL: no pg_hba.conf entry for host "::1", user "drupaladmin", database "sitedb", SSL on FATAL: no pg_hba.conf entry for host "::1", user "drupaladmin", database "site...

文章 linux 重定向

...运行： $python test.py > txt Traceback (most recent call last): File "test.py", line 4, in <module> int('Hello') ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'Hello' $cat txt Hello 可以看到正确的输出保存到result.txt文件，而错误信息输出到了屏幕。...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

1.Traceback (most recent call last)（权限问题）:   File "c:\program files\python35\lib\site-packages\pip\basecommand.py", line 21 解决办法：https://www.cnblogs.com/liaojiafa/p/5100550.html 2. 软件源问题 WARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, red...

问题 hmmsearch的选择

像这种 从一个开始 后面两个 from to 就不一致的应该如何选择呀?

问题 不能使用scripts中的vcf2map.pl脚本

...运行后显示Can't open perl script "/work/scripts//vcf2map.pl": No such file or directory 切换到scripts中授权chmod a+x vcf2map.pl后再回到01.PrepareData运行上述命令还是不行 使用绝对路径 perl /work/scripts//vcf2map.pl -i ../00.DataQC/all.snp.ready.vcf.gz -P TD70 -M Kasa...

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...库备份与还原 # 数据库备份mysqldump -u root -p db_name > file.sqlmysqldump -u root -p db_name table_name > file.sql# 数据库还原mysql -u root -p < file.sql

文章 Minimap2安装与使用

...chive/refs/tags/v2.20.tar.gztar -zxvf minimap2-2.24.tar.gzcd /minimap2-2.24make 二、Minimap2的使用 Minimap2 是一个通用的序列比对程序，同时适用于二代和三代数据，可将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。 典型用例包括： 1、将 PacBi...

文章 ncbi sra数据批量下载

...载就行 得到的文件直接传给prefetch，类似 prefetch --option-file sra_ids.txt 2，我这边网络不知道咋回事，进刚才那个页面特别慢，因此再分享一个服务器里直接操作的方法，这个需要你服务器里有perl 先下载安装  E-utilities 这个。 ...

文章 python版本MCScanX分析方法

...p://peppergenome.snu.ac.kr/download.php).The C. annuum genome was compared to C.chinenese and C.baccatum  genomes using the MCScan toolkit (V1.1)[1]. To call synteny blocks, we performed all-against-all LAST [2] and chained the LAST hits with a distance cutoff of 20 genes, also requiring at least 4...

文章 GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

...征值（annotation values）统计分布 One of the most helpful ways to approach hard-filtering is to visualize the distribution of annotation values for a truth set called using a particular pipeline. These distributions are sharped by both the pipeline methodology and the underlying physical ...

文章 OTUtable标准化方法

...zed_otu_table.biom -o  normalized_otu_css/CSS_normalized_otu_table1.txt --to-tsv --header-key taxonomy#去掉只有界注释的OTUgrep -v 'k; _; _; B; a; c; t; e; r; i; a'  normalized_otu_css/CSS_normalized_otu_table1.txt >normalized_otu_css/CSS_normalized_otu_table.txt#注意biom格式转变 j...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...r:-id         blast.out                    <infile>     must be given-out          outfile                        <outfile>        must be given-fa genome fasta file <infile>must be given                 -miR...

文章 grep 同时满足多个关键字和满足任意关键字

...的方式。 搜索任意关键字 ① grep -E "word1|word2|word3"   file.txt    满足任意条件（word1、word2和word3之一）将匹配。 同时满足多个关键字 ② grep word1 file.txt | grep word2 |grep word3    必须同时满足三个条件（word1、word2和word3）...