问题 用组学大讲堂RNAseq Docker镜像时报错 “bash: RUN: command not found”

复盘RNAseq自主分析课程内容，在生成gene length文件时，产生上述报错。 代码：RUN CMD: python /work/rnaseq_demo/my_rnaseq/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g Homo_sapiens.GRCh38.101.chromosome.22.gtf -p gene_length 报错：bash: RUN: command not found

文章 添加千位分隔符

...则如下：  $a = "1234567890"; $a  =~ s/(?<=\d)(?=(\d{3})+\b)/,/g 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因...

问题 老师好，请问应该怎么下载/处理原始数据才能在single-cell:v3.0镜像里进行分析呢？

...我们在处理原始数据的时候遇到了问题，已经困扰我们一个多月的时间了，不得以来请教老师，非常抱歉打扰您了： 我们这个月尝试了很多方法都不行，最近尝试的方法是：在GEO数据库上下载GSE154778的TAR文件（图1），下载好...

文章 perl中对数组字符串取交集，并集，差集包

...其他功能，很好用： use Array::Utils qw(:all); my @a = qw( a b c d );my @b = qw( c d e f ); # symmetric difference my @diff = array_diff(@a, @b); # intersection my @isect = intersect(@a, @b); # unique union my @unique = unique(@a, @b); # check if arrays contain same members if ( !arr...

文章 Linux生物信息分析环境搭建

想做生物信息分析，但不知道怎么入门？先来搭个环境吧！想分析数据，但是分析不了？先来搭个环境啊！搭建好环境，后面的自然就简单多了。 我们平时大都会使用Windows，而很少使用Linux，然而做生物信息分析是需要用Linux...

文章 R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析

...分，筛选基因也可以参照另一篇文章，而不一定是选取200个变化最大的基因，R筛选基因： myfpkm<-read.table("All_gene_fpkm.xls",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)probesetvar = apply(myfpkm, 1, var) #表达变化大的基因ord =...

文章 blast比对结果说明

...结果文件中是没有表头的，这里来写一下。 GRMZM2G356204_P01       Zm00008a018958_P01      98.23   620     0       1       121     740     31      639     0.0     1176GRMZM2G356204_P01       Zm00008a000413_P01      99.15   355     3       0    ...

文章 melt函数对数据进行整合

...行整合，melt()的使用方法如下：加载R包以及案例数据 library('reshape2') dat  type  sample1  sample2  sample1  sample21    A 6.332968 5.367671 5.171107 5.5337542    A 9.368328 7.286253 6.232718 6.1523933    B 6.674348 5.217053 5.320568 6.1136184...

问题 老师，您好，我想问一下，比如小麦基因组1A上的a基因和1B上的b基因是片段重复事件，1B上的b基因和1D上的c基因是片段复制事件，这三个基因是属于一个片段复制事件吗？急问，谢谢

问题 为什么脚本运行会失败，基因组大小2.1G，我给了10G虚拟机内存

问题 老师，我做的物种是棉花，基因组约3.5G 利用组学大讲堂的方法建立索引失败，应该是内存不够，一般的电脑都是这样的，即使使用的小型服务器内存也达不到100G,这个问题应该怎么解决，这一步无法解决，后续无法分析，老师可否给一个可行性的意见！

问题 这条命令报错cat ../id.txt|while read ind;do cut -d" " -f1 ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fa|sed -e "/^>/ s/$/_${ind}/g" -e "s/\*//g" > ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fas

文章 linux中sed 替换

...令可以直接替换文件中的内容其用法如下： sed -i 's/A/a/g' file.txt 参数-i 会在源文件中直接替换，所以要确定后在使用此参数。 s表示替换，后通常跟正则表达式。 该命令会按行替换文件中所有的A，如果只想对文件中的某些行...

文章 python 读取kegg绘图配置文件中的kgml文件内容

kegg有个kgml文件需要我们读取里面的内容，分享python代码如下： # -*- coding: utf-8 -*-  ''''''import sys, os, argparse, glob, os.path,timereload(sys)sys.setdefaultencoding('utf8')from pyh import *import numpy as npimport mathimport reimport xml.dom.minidom from xml.dom.minid...

问题 并行运行

多样本并行运行怎么运行？是多开几个窗口还是多用线程数？