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文章 Cufflinks,Stringtie 合并转录本之后,如何筛选新转录本?

...息。  1=Complete match of intron chain2cContained3jPotentially novel isoform (fragment): at least one splice junction is shared with a reference transcript4eSingle exon transfrag overlapping a reference exon and at least 10 bp of a reference intron, indicating a possible pre-mRNA fragment.5iA tr...

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表,混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/>([^ ]*)/>${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa > $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_resul...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

...rement pandas (from versions: none) ERROR: No matching distribution found for pandas 解决办法:pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 链接:https://blog.csdn.net/weixin_42840933/article/details/85308265

文章 perl中while循环+each函数遍历哈希易错点

...希,然而结果总是少了一些数据,后来将哈希改为数组,for循环数组后就没问题了。 网上查询原因才知道用 while 循环 + each 函数遍历哈希表的时候,如果提前跳出了while循环,那么下次再接着用 each 函数遍历该哈希表的时候,...

文章 绘制生存曲线图

...rv <- Surv(exprSet$time, exprSet$status) # 循环遍历显著的基因 for(gene in names(log_rank_p) ){ values <- exprSet[,gene]    # 基于基因的表达量,分成两个组别 group=ifelse(values>median(na.omit(values)),'high','low') kmfit2 <- survfit(my.surv ~ group,data=e...

文章 win11/win10安装最新版本的docker

...yper —V) WSL2:是一种虚拟化技术,全称为Windows Subsystem for Linux。即为适用于Linux的Windows子系统 。利用虚拟化技术和Linux内核来实现其功能。相比较于Hyper —V可以提供更快的性能和完全的系统调用兼容性。 具体安装操作: 1. ...

文章 linux行列互换

...Gnu版本,在Mac上需要使用sed -e 's/ /\'$'\n/g' file.txt 5、awk '{for(i=1;i<=NF;i++)print $i}' file.txt 列转行 样例文件如下 cat file.txt a b c d e f 1、cat file.txt | tr "\n" "," 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下...

文章 plot单独画出pheatmap返回的聚类结果(聚类树)

...one of "phylogram" (the default), "cladogram", "fan", "unrooted", "radial" or any unambiguous abbreviation of these.cladogramunrootedradial …… 如果想提升自己的绘图技能,我们推荐:R语言绘图基础(ggplot2) 更多生物信息课程:https://study.omicsclass.com/ind...

文章 pfam上不去 打开后搜索没有反应

...script. Without a javascript-enabled browser, this site will not function correctly. Please enable javascript and reload the page, or switch to a different browser. 我们看到网页上提示JavaScript有问题,因此在网上一顿搜索解决办法,该打开的都打开的了,换各种...

文章 GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

...=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions. #Read Soybean Genotype data fileD<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)dim(D)D=D[,2:31261]D1=as.data.frame(as.matrix(D))D2=t(D1)QTL <-100*(1:20) #pick 20 QTLu <-...

问题 我今天使用OrthoMCL的第5步(处理blast产生的结orthomclBlastParser blastresult compliantFasta > similarSequences.txt果-),出现了这样的问题,不知道怎么解决

 orthomclBlastParser orthomcl.blastout compliantFasta > similarSequences.txtacquiring genes from Ath.fastaacquiring genes from Sei.fastacouldn't find taxon for gene 'BLASTP' at /home/ubuntu/miniconda3/bin/orthomclBlastParser line 105, <F> line 1. 恳请老师解答一下

问题 Launch_PASA_pipeline.pl脚本报错连不上mysql?

...* Running PASA pipeine: * [Wed May 15 16:19:38 2024] Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/create_mysql_cdnaassembly_db.dbi -c alignAssembly.config -S '/share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/schema/cdna_alignment_mysqlschema' -r host=mysql-- DBI c...

文章 R包venn绘制韦恩图

...SE);H <- sample(1:1000, 777, replace = FALSE);dataForVennDiagram <- list(A=A, B=B, C=C, D=D, E=E, G=G,H=H)#vennDiagramColors <- c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4', 'orchid3')vennDiagramColors <- c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3", 'cyan',"red","...

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...阈值(见下图A);第二步,选择差异对比组,点击Select which Samples to put in Group A and Group B,出现样品处理信息,据此设定A组样品和B组样品(见下图B);第三步,针对A组和B组,进行差异分析(见下图C) 例如:针对Two-tailed t-t...

文章 提取指定基因的fasta序列

...提取的perl脚本,用法非常简单。 用法如下: perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl <id><fa><OUT> 例如: perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl id.txt input.fasta out.fa 其中 id.txt 为要提取的序列ID,inpu...