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文章 merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

使用方法： $Rscript $scriptdir/merge_tsv_files.r -husage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/merge_tsv_files.r [-h] -i input                                                       [input ...]                                                      ...

问题 老师您好，docker镜像加速后，下载你们的gwas镜像时，总是pull了一半，剩下的立刻就没反应了，尝试了几十次，这个怎么回事?

...的就突然停止了，然后自动开始pull,然后就显示错误，error pulling image configuration: download failed after attempts=6: dialing production.cloudflare.docker.com:443 with direct connection: connecting to 104.18.122.25:443: dial tcp 104.18.122.25:443: connectex: A connection attemp...

问题 《基因家族分析》get_gene_weizhi.pl和get_gene_gff.pl运行结果为空

... 在预测顺式作用元件这一步： 下载了野蔷薇（Rosa multiflora）的基因组注释gff3文件RMU_r2.0.braker1.gff3， 前期鉴定出的蛋白ID（即基因）ID的txt文件RmPMTID_gene.txt， get_gene_weizhi.pl脚本成功运行，但是结果为空，与其相近的get_gene_gff.p...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

...ab/lr2rmats.git --recursive cd lr2rmats make dependencies make lr2rmats export PATH=$PATH:$PWD/bin # To permanently modify your PATH, you need to add it to your ~/.profile or ~/.bashrc file. 2.  软件运行： 该软件的分析流程采用了snakemake开发，非常的方便，可以运行一...

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

...heno.txt -o /wtmp2/user049/yushiyan/kinship/result.kinship_n21 ERROR: Enforce failed for number of analyzed individuals equals 0. in src/param.cpp at line 2075 in ProcessCvtPhen 【由于分析的个体数等于0，强制失败。在ProcessCvtPhen中第2075行的src/param.cpp中】

问题 扩增子：真菌ITS分析unite不匹配

...         There was a problem with the command:  (1/1) Invalid value for '--i-reference-seqs': Expected an artifact of at   least type FeatureData[Sequence]. An artifact of type TaxonomicClassifier   was provided. 老师，这是原始脚本，ITS的 和18S的'--i-reference-seqs'  都...

问题 seqclean出错

...log  Error log file:    err_seqcl_genome.repeat.fa.log  Using 1 CPUs for cleaning -= Rebuilding genome.repeat.fa cdb index =-  Launching actual cleaning process:  psx -p 1  -n 10000  -i genome.repeat.fa -d cleaning -C '/work/12.EVM/00.data/genome.repeat.fa:ANLMS100:/work/12.EVM/00.data/...

问题 map bwa出错

命令是根据我自己的样本名字改的：bwa mem  $BWA_INDEX  $workdir/2.data_qc/${i}.man_1.clean.fastq \     $workdir/2.data_qc/${i}.man_2.clean.fastq -t 2 -M \      -R "@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}" \       |samtools view -bS -h - > $workdir/3.map/bwa/${i}.bam...

文章 蛋白结构预测

...最准确的自由建模方法之一。 Zhang, Y. I-TASSER server for protein 3D structure prediction. BMC Bioinformatics 9, 40 (2008). https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-40

文章 igraph 包安装错误

...ed 1 exit status make: *** [igraph.so] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘igraph’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v3.4.0/lib64/R/library/igraph’ The downloaded source packages are in         ‘/tmp/Rtmply12uv/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages...

问题 构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

...，我在构建泛基因集列表时，做提取最长转录本这一步，for i in `cat ID.txt`;do    $script/agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff $datadir/${i}.gff -o gff/${i}.longest_isoform.gff3 ; done     由于我的基因组较多，113个，所以先做了这一步。运行了好几个...

问题 Fam_genelist中基因个数超出了所有的鉴定的数据

...unigenel apple.WRKYgene.uniq.list -fam WRKY awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=27;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list 后还是如此。请老师帮忙解答一下，谢谢

文章 甲基化水平计算

... 的分母之和） 参考文献：‘Leveling’ the playing field for analyses of single-base resolution DNA methylomes

文章 tassel 软件做GWAS关联分析多年多点表型数据整理格式

...asseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/Load/Load#markdown-header-trait-format Trait Format This format does not require users to provide information on number of rows and columns. The file starts with the key word <Trait> followed by names of columns. The column for line should not be la...

文章 遗传图谱中各种作图群体介绍

... 作图群体 作图群体（Mapping population）是指population used for mapping the genes, 用于绘制基因图谱（或用来定位基因）的群体。作图群体是进行QTL（quantitative trait locus）定位的基础。 作图群体有很多类型，今天给大家介绍最常用的几...