文章 Biopython之序列输入

...ANAC011 description:NAC011 [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A178WL27] Number of features: 0 Seq('ATGGTAGGATCATTTTTACCACCTGGTTTCAGATTTTATCCAACAGATGAAGAA...TAA', SingleLetterAlphabet()) 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越...

问题 老师您好，我在文件共享时出现不能共享的问题，具体操作如下： biolinux sudo mount -t vboxsf windows-share /home/manager/share 结果为：/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device，该怎么解决，谢谢

问题 老师好，我在运行比较基因组学11.time_tree_BV脚本的时候，报错Error: Only bounds for the root age are implemented，修改了几次化石时间节点也没有成功，请问这个是我的化石节点选的有问题么？

文章 circos改变某两条染色体之间的距离

...。在etc/image.generic.conf文件中，定义了参照的radius radius of inscribed circle in imageradius         = 1500p 所以我们在配置文件中定义的radius  = 0.80r， 实际等于0.8 * 1500 = 1200 像素。 染色体之间的间距通过spacing 这个block 进行定义，defau...

文章 进化树构建的方法及原理详解

...的设置推荐使用缺省的参数。 参考：Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907....

问题 构建进化树报错

构建进化树时报错：Oops! MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated. For example, between sequences 25 and 12.这是为什么啊？

问题 使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

...RNING] Indexing parameters (-k, -w or -H) overridden by parameters used in the prebuilt index.[M::main::6.314*1.00] loaded/built the index for 152 target sequence(s)[M::mm_mapopt_update::7.619*1.00] mid_occ = 834[M::mm_idx_stat] kmer size: 15; skip: 10; is_hpc: 0; #seq: 152[M::mm_idx_stat::8.519*1.0...

文章 人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...南昌大学徐振江） mSystems——[IF:6.519]   Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age 02-12, doi: 10.1128/mSystems.00630-19 作者结合公开数据，用随机森林建立预测模型，评价粪便、唾液及皮肤（手和前额）样本微生物组预测成...

文章 生化检测是什么？生化检测试剂盒该怎么选？

...居然有11分的文献引用！ Lee H Y, Back K. Melatonin induction and its role in high light stress tolerance in Arabidopsis thaliana [J]. Journal of pineal research, 2018. 这个J Pineal Res期刊，2018年IF=11.613，也是很牛了！！ 学霸姐姐大致看了一下，这篇文章主...

文章 PASA 记录

...oading.output12. PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/PASA_transcripts_and_assemblies_to_GFF3.dbi -M pasa.sqlite' -v -A -P blat > pasa.sqlite.valid_blat_alignments.gff313. PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/PASA_transcripts_and_assemblies_to_GFF3.dbi -M 'pasa.sqlite' -v -A -P blat -B  ...

文章 R语言如何绘制MA图

... length(args) != 2 ) {    print(args)    usage()    stop("the length of args != 6")}plot_MA <- function(log10exp=NULL, log2FC=NULL, FDR=NULL, Significant=NULL,        xlab="log10(FPKM)", ylab="log2(FC)", main="MA plot") {    # check args    # chec...

问题 我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

文章 Scanpy数据结构：AnnData

...等。 import scanpy as scsc.tl.pca(adata)sc.pl.umap(adata, color='cell_type') 1.5 数据存储： Anndata 可以将数据存储为HDF5文件，以便将数据持久化和共享。 adata.write('my_data.h5ad')

文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...2.1.7报错 qiime tools import --input-path $workdir/otu_table.biom \ --type 'FeatureTable[Frequency]' --input-format BIOMV100Format \ --output-path table_biom.qza qiime tools import --input-path $workdir/otus.fa \ --type 'FeatureData[Sequence]' \ --output-path repset-seqs.qza ### 方法3. ...

文章 ggplot2隐藏图例

...56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","sample2")dat = melt(dat,variable.name="Sample",value.name = "Num")head(dat)p = ggplot(dat, aes(x = type,y = Num,fill = Sample))+  #####这部分的position_dodge(width=0.8)大于宽width = 0....