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文章 ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

...56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","sample2")dat = melt(dat,variable.name="Sample",value.name = "Num")head(dat)p = ggplot(dat, aes(x = type,y = Num,fill = Sample))+  #####这部分的position_dodge(width=0.8)大于宽width = 0....

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...据资源体系。数据库建设整体情况以“Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021”为题在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表。 NGDC常用数据库 生物项目数据库（BioProject...

文章 在凤蝶属基因组中的基因进化分析和水平基因转运(HGT)模式

...024年11月《Genomics》杂志发表了一篇题为“ Genomic evolution and patterns of horizontal gene transfer in Papilio”的比较基因组文章。文章研究了11个凤蝶物种间的进化关系，分析物种中的HGT事件，揭示不同种之间存在的显著差异。” 01 — ...

问题 用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

...used as input do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1transcript:AT1G01020.6transcript:AT1G01010.1transcript:AT1G01020.3transcript:AT1G01020.2transcript:AT1G01020.5transcript:AT1G01020.4transcript:AT1G0...

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...ect = "TCGA-STAD",  data.category = "Simple Nucleotide Variation",  data.type = "Masked Somatic Mutation",  access = "open")GDCdownload(query )# 保存整理下载数据结果maf.data <- GDCprepare(query )write.table(data.frame(maf.data,check.names = F), file ='maf.tsv', sep="\t",row.names =F,...

文章 单细胞转录组测序简介

...ek AK, Villani AC, Regev A, Levin JZ. Systematic comparison of single-cell and single-nucleus RNA-sequencing methods. Nat Biotechnol. 2020 Jun;38(6):737-746. doi: 10.1038/s41587-020-0465-8. Epub 2020 Apr 6. Erratum in: Nat Biotechnol. 2020 Apr 27;: PMID: 32341560; PMCID: PMC7289686.延伸阅读 GEO...

文章 从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK

... $ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head1       3631    5899    AT1G010101       6788    9130    AT1G010201       11649   13714   AT1G010301       23121   31227   AT1G010401       311...

文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

...分类器：https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494 #remove sequences that contain 5 or more ambiguous bases (IUPAC compliant ambiguity bases) and any homopolymers that are 8 or more bases in length q...

文章 转录组分析基因注释常用的数据库

...注释的蛋白数量不多。4、TrEMBL：数据库全称“Translation of EMBL”，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的，其中TrEMBL收录的是未经人工注释的编码DNA序列翻译数据。(unreviewed, automatically annotated)，不难看出，相比之下，sp数据库更可靠。 ...

文章 add a Convex Hull with module

...ncircle p1 <- ggraph(g, layout = "fr") + geom_edge_link(aes(color = type, width = abs(as.double(correlation))), alpha = 0.9, show.legend = TRUE) + geom_node_point(aes(size = as.double(node.mean.abundance), fill = node.sub.module), alpha = 0.9, color = "#000000", show.legend = TRUE, shape =...

问题 关于annover建库问题

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax: ********** **********    CreateSequenceDictionary -R pearref.fa -O pearref.dict ********** 07:49:38.581 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so ...

文章 OTU互作网络分析用MENA

...括样本数量、OTU数量等等。 构建网络 点击左侧Construct the network，跳转到Select Dataset页面，选择需要进行网络分析的数据进行下一步，提交之后进入参数设置页面（如下图），具体涉及了数据过滤，相似性计算算法，RMT(随机矩...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...chr之间的间隔比例(ChrWidth*ChrSpacingRatio)#Main = "main_Figure" ## the Figtur Name #font-size strokewidth=1; fill="green"ChrSpacingRatio=0.5 ## 不同染色体chr之间的间隔比例###### 默认各层的配置参数 若各层没有配置的会，则会用这儿的参数 ######SetParaFor = ...

问题 Picard sortsam排序

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax:

问题 GeMoMa报错

...报错java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Did not finish as intended. java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CD...