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问题 用gffread将gtf转化为fasta报错

命令行： gffread -w classcode.fa -g Genome.fa classcode.gtf 报错：Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length! 输入的参考基因组：

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

...       6.81    4.00    R2Sites that can differ all for SNPCAPS cut information for snp SNPEnzyme  Enzyme_seq      Change_pos      Other_cut_posCac8I,710       gcnngc  295BseYI,660       cccagc  298     427HhaI,HinP1I,29  gcgc    297     412PsiI,560        ttataa  3...

文章 Python学习-利用Python对植物基因组注释文件（gff3格式）进行处理

...件一一对应才行。下面直接上代码。 3.代码信息 #!usr/bin/python import re,io from operator import itemgetter input_file = io.open('Zmays_284_Ensembl-18_2010-01-MaizeSequence.gene.gff3','r',encoding='UTF-8') # 基因的注释信息,GFF3格式的文件 out_file = open('Zm.newid.gff'...

问题 扩增子高级分析R语言代码

老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

问题 snp密度图绘制

...生成的snp.unknown_multianno.vcf文件绘制时有报错信息，Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :    line 46 did not have 209 elements Calls: read.table -> scan，应该是生成的vcf格式有问题，但是用一开始过滤完的snp.clean.v...

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

...题为“Identification of Long-Distance Transmissible mRNA between Scion and Rootstock in Cucurbit Seedling Heterografts”的研究论文，该文章也是通过重测序矫正基因组与转录组reads比对方式相结合去除假阳性来鉴定黄瓜-南瓜嫁接体中mRNA 的长距离运输。...

问题 老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，

...分析，前面得到的结构变异表达量差异文件demo.ID_SV_t.test_and_wilcox.tsv如下图一，只有两个基因有差异，且表达量均很低（二图）。接下来，利用其中一个做保守结构域分析由于Fam_gene.list文件（三图）中，该家族编号仅对应一条基...

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容进...

文章 玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制

...米叶片基因表达产生了显著影响。 为害后2-h, 4-h,12-h and 24-h差异基因数分别为 7643 (4547 up；3096 down)，9037 (5120 up ；3917 down)，10190 (5706 up ； 4484 down) 和10033 (5638 up ；4395 down)，明显看到每个时间点产生上调的基因要多于下调。同...

文章 合并不同sample的vcf文件，通过bcftools

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的，这里就需要我们将不同samples的文件进行合并，可以通过vcftools的perl模块进行，但是这种方式对perl的...

问题 注释完绘图出现报错信息

...解答：实验室组内服务器，没有用docker镜像。出现 Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 检查R里已经安装了getopt，调用这个R包也是正常的，但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp...

问题 GATK 将VCF文件导入db出现问题

... Toolkit (GATK) v4.4.0.014:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/14:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - Executing as root@ed01a5f7cf62 on Linux v4.15.0-112-generic amd6414:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - Java runtime: Jav...

文章 读 10X的空间转录组数据报错

Error in .local(obj, ...) : cannot derive coordinates from non-numeric matrix #9240 coordinates <- Seurat::Read10X_Coordinates("tissue_positions_list.csv", filter.matrix = TRUE) is.numeric(coordinates) head(coordinates) tissue_positions_list.csv 这个文件不应该有表头的； ...

文章 HTML 转 PDF

...ing pages (1/6) Counting pages (2/6) Resolving links (4/6) Loading headers and footers (5/6) Printing pages (6/6) Done 当你看到类似上面的内容时，说转换已经完成了，去打开转换好的pdf文档慢慢研究吧。 把一个 url 指向的网页转换成PDF 命令格式 ： wkhtml...

问题 getorganelle组装线粒体出现问题

...，在组装线粒体基因组时出现了 For Ge1tOrganelle1_out/1-illumina_1.fq.gz.fastq, only top 31563574 reads are used in downstream analysis.这个问题，组装结果中只有一条8000bp左右的序列，请问怎么设置参数才能不 only top reads进行后续分析，而能够使用...