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问题 请教GEMMA安装报错怎么解决？

...-AMD64.gz Resolving github.com (github.com)... 20.205.243.166 Connecting to github.com (github.com)|20.205.243.166|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 200 OK Length: unspecified [text/html] Saving to: ‘gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz’ gemma-0.98.5-linux-static-A...

问题 16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

...rn = TRUE) :   running command 'timedatectl' had status 1 Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 50 did not have 5 elements Calls: read.table -> scan Execution halted 附件中是我的feature_table_tax_L3.txt以及尝试过的解决方案...

问题 有关MeV软件分析K-Mean clustering的问题

...？准备的文件只能是txt格式吗，excel表格可以吗？ 2.选择file/load data后，还需要选择Load Annotation Data，软件中自带的可供选择的物种中没有我需要的，因此需要自己准备annotation文件，选择load from local file（下图）。那么这个annotati...

文章 LENS:人的基因相互作用分析在线工具

...供的步骤进行学习：https://hagrid.dbmi.pitt.edu/LENS/index.php/tutorial/root ####################################################################################### LENS is a web-based tool to carry out interactome analysis of human genes. LENS takes one or two lists of genes and determine...

文章 braker软件运行报错

... while loading shared libraries: libstdc++.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory yum install libstdc++.so.6 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族...

问题 老师您好，我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

...ngth文件时，发生以下错误： raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module>    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(1)AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'grou...

文章 linux 重定向

...运行： $python test.py > txt Traceback (most recent call last): File "test.py", line 4, in <module> int('Hello') ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'Hello' $cat txt Hello 可以看到正确的输出保存到result.txt文件，而错误信息输出到了屏幕。...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

...ker.html 常见错误2： The website encountered an unexpected error. Please try again later.PDOException: SQLSTATE[08006] [7] FATAL: no pg_hba.conf entry for host "::1", user "drupaladmin", database "sitedb", SSL on FATAL: no pg_hba.conf entry for host "::1", user "drupaladmin", database "site...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

1.Traceback (most recent call last)（权限问题）:   File "c:\program files\python35\lib\site-packages\pip\basecommand.py", line 21 解决办法：https://www.cnblogs.com/liaojiafa/p/5100550.html 2. 软件源问题 WARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, red...

问题 hmmsearch的选择

像这种 从一个开始 后面两个 from to 就不一致的应该如何选择呀?

问题 不能使用scripts中的vcf2map.pl脚本

...运行后显示Can't open perl script "/work/scripts//vcf2map.pl": No such file or directory 切换到scripts中授权chmod a+x vcf2map.pl后再回到01.PrepareData运行上述命令还是不行 使用绝对路径 perl /work/scripts//vcf2map.pl -i ../00.DataQC/all.snp.ready.vcf.gz -P TD70 -M Kasa...

文章 ncbi sra数据批量下载

...载就行 得到的文件直接传给prefetch，类似 prefetch --option-file sra_ids.txt 2，我这边网络不知道咋回事，进刚才那个页面特别慢，因此再分享一个服务器里直接操作的方法，这个需要你服务器里有perl 先下载安装  E-utilities 这个。 ...

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...库备份与还原 # 数据库备份mysqldump -u root -p db_name > file.sqlmysqldump -u root -p db_name table_name > file.sql# 数据库还原mysql -u root -p < file.sql

文章 Minimap2安装与使用

...chive/refs/tags/v2.20.tar.gztar -zxvf minimap2-2.24.tar.gzcd /minimap2-2.24make 二、Minimap2的使用 Minimap2 是一个通用的序列比对程序，同时适用于二代和三代数据，可将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。 典型用例包括： 1、将 PacBi...

文章 python版本MCScanX分析方法

...p://peppergenome.snu.ac.kr/download.php).The C. annuum genome was compared to C.chinenese and C.baccatum  genomes using the MCScan toolkit (V1.1)[1]. To call synteny blocks, we performed all-against-all LAST [2] and chained the LAST hits with a distance cutoff of 20 genes, also requiring at least 4...