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文章 R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析

...<-read.table("All_gene_fpkm.xls",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)probesetvar = apply(myfpkm, 1, var) #表达变化大的基因ord = order(probesetvar, decreasing=TRUE)[1:200] #前200个基因，或者更多pca = prcomp(t(myfpkm[ord,]), scale=TRUE)ss=summary...

文章 awk基本参数解释

...文件时的基本语法格式是 awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{print $0, $1;}' filename 读取多个文件时的语法是 awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{print $0, $1;}ARGIND==2{}' file1 file2 awk后面的命令部分是用引号括起来的，可以单引号，可以双引号，但注意不能...

文章 Argument list too long报错

...件，这可能效率较低，但可以确保不超过参数限制。 for file in /要链接的文件路径/*; do    ln -s "$file" /目标目录路径/done

问题 提取蛋白编号信息

...，谢谢 use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;my$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]" , -format => 'Fasta');my$out = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[2]" , -format => 'Fasta');my%keep=();open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";while(<IN>){chomp;next if /^#/;my@tmp=split(/\s+/);$kee...

文章 blast 中的e-value值如何理解？

...较模糊了，官方的定义是e-value：the number of hits you expect to see by chance/false positive . 对于定义里面的“by chance”，也就是随机情况下指的是什么意思不是很了解，随后查阅了一下文献，是这样解释的： by chance means： ①real but non-h...

问题 老师，这是在组学大讲堂找的三个物种做比较基因组学分析的一个脚本，运行显示Can't find string terminator " Usage End." anywhere before EOF at ../script/mcscan.filter.pl line 13.的错误，请老师看下这个脚本，谢谢老师

...cscan.filter.pluse Getopt::Long;use strict;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use File::Basename qw(basename dirname);use Cwd qw(abs_path);#get optsmy %opts;GetOptions(\%opts, "in=s", "out=s","id1=s","id2=s","h");if(!defined($opts{id2}) || !defined($opts{id1}) || !defined($opts{in}) || !defined($opts{out...

文章 停止、删除所有的docker容器和镜像

... docker rmi $(docker images -q) 复制文件 docker cp mycontainer:/opt/file.txt /opt/local/docker cp /opt/local/file.txt mycontainer:/opt/ 重点： 现在的docker有了专门清理资源(container、image、网络)的命令。 docker 1.13 中增加了 docker system prune的命令，针对c...

文章 immune_bar_plot.r 免疫侵润分析bar绘图

...法： $ Rscript  immune_bar_plot.r  -husage: immune_bar_plot.r [-h] -i filepath [-t title]                                                  [-a xlab] [-b ylab]                                                  [-m metadata]                ...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错

..."abstract_factors is over" [1] "read count data ..." Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :   missing values in 'row.names' are not allowed Calls: read.delim -> read.table Execution halted

文章 进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

...。 （2）在比对页面，点击Edit下面的“insert sequence from file”，选择拟南芥基因氨基酸序列。 （3）选择Alignmen下面的“Align by ClustalW”比对方式，不需要更改参数，直接点击“OK”。比对结束之后，按照自己需要进行碱基列的删...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

..., p-value = 0.3738alternative hypothesis: true mean is not equal to 4.595 percent confidence interval: 4.230016 4.611984sample estimates:mean of x     4.421 p=0.3738>0.05,认为所抽样水体的含氧量与多年平均值无显著差异—————————#独立...

文章 git 取消修改，恢复版本 命令大全 回退命令

...原到最近的版本，废弃本地做的修改。 git checkout -- <file> #取消已经暂存的文件。即，撤销先前"git add"的操作 git reset HEAD <file>... #修改最后一次提交。用于修改上一次的提交信息，或漏提交文件等情况。 git commit --...

问题 下载甲基化数据时找不到样本类型，

...eckBarcodeDefinition(sample.type) :   Primary solid Tumor was not found. Please select a difinition from the table above 

文章 使用perl来判断文件是否存在

使用perl判断某文件是否存在：#!/usr/bin/perl -w my $file = "/home/zl/study/perl/fileexist/t.txt";if(-e $file){ print "t.txt exist. \n";}else{ print "do not exist. \n";} 判断成功后，可以在继续对文件做其他处理。如果判断目录是否存在，需使用 -d. 此...

问题 edger差异分析，如何查询分组差异的结果

...ata_test.txt", header=T, sep="\t", row.names=1, comment.char="", check.names=F) head(counts) # 设置样本分组 groups <- factor(c("Un_Responder", "Responder", "Un_Responder", "Responder", "Un_Responder", "Un_Responder", "Responder"))# 构建edgeR中的对象 y <- DGEList(counts=co...