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文章 利用WGCNA分析提升转录组测序文章档次

现在做转录组测序,看看差异基因,做做富集分析,再讨论下差异基因功能与自己研究性状或处理之间的关系,最后加简单的qPCR验证,这样的数据发SCI影响因子越来越低了。必须增加新的分析内容才能有所突破。今天给大家介...

文章 低成本转录组跨种遗传进化分析

...是相对经济的选择,因为可以低成本获得大量的序列用于分析。 数据分析       作者取A. aureum and A. speciosu 的幼嫩叶片进行无参转录组测序,denovo分别组装构建unigene库;并对unigene库进行(Nr,KEGG,GO等)数据库注释;另...

文章 R语言基础入门—R语言概述与安装!

...ji.edu.cn/CRAN/    Tongji University 具体下地址:目前最新版本4.4.0(2024.04.23),如果要下最新版本,可以到上面网址查找最新版本。最新版本地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ windows 下地址:https://cran.r-project....

文章 用R语言进行KM生存分析

R是数据分析常用的软件之一,通过各种功能强大的R包,可以简单方便的实现各种分析。在R语言中,能够进行生存分析的R包很多,survival和survminer是其中最基本的两个,survival负责分析,survimner负责可视化,二者相结合,可以轻...

问题 做转录组数据分析的时候出图

老师,您好,我在根据RNAseq转录组数据自主分析课程,绘图的时候,在下面这一步始终出图,这是因为什么原因呢?

问题 老师,我知道 circos片段重复基因共线性分析图哪里出错了,画出来

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问题 您好,请问这个data_list里面的genenames(head(meanFpkm) meanFpkm=as.data.frame(meanFpkm) data_list=list(A=geneNames[meanFpkm$A>0.5],A1=geneNames[meanFpkm$A1>0.5],A2=geneNames[meanFpkm$A2>0.5],A3=geneNames[meanFpkm$A3>0.5])是需要自己匹配得出来吗?

文章 为什么大公司一定要使用 DevOps?

...发团队处理客户反馈,并将其与bug修复一起合并到下一个版本中。   虽然这种敏捷的SCRUM方法为开发带来了敏捷性,但它在运维方面却失去了敏捷实践的速度。开发人员和运维工程师之间缺乏协作仍然会减慢开发过程和发布。 ...

文章 Graphpad Prism绘制折线图

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

文章 同是转录组,人家发6分,你为什么发2分?

...录组数据发高分论文的并多,假如您对转录组数据深度分析感觉无从下手,文章思路毫无头绪,那么就一起来看看下面这篇今年4月份发表在plant physiology(IF 6.8)的一篇研究高粱分蘖的转录组文章吧,我相信对于您下篇转录组...

文章 PASA报错与续跑

...--NUM_BP_PERFECT_SPLICE_BOUNDARY 0 #设置完美剪接边界所需的连续匹配碱基数量为 0 > alignment.validations.output 修正+续跑因此先修改config文件,把行尾注释删除,然后删除这个文件: __pasa_pasa.sqlite_SQLite_chkpts/validate_alignments.ok重新运行PAS...

文章 转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo

...虑跳过的exon的长度。 软件安装 rMATS turbo是rMATS的C/Cython版本。主要的差别在于速度和存储资源上,rMATS turbo相较于rMATS速度要快100倍,存储使用要小1000倍,因此我们安装rMATS turbo。 安装依赖:Python (either 2.7 or 3.6),BLAS,LAPACK,GNU Sci...

问题 RNAseq转录组-基因差异表达分析

老师,请教您一个关于RNAseq数据分析的问题,如果我有1个对照组、3-5个实验组(每个实验组有两个重复),我可以对1-5组一起进行RNA-seq差异基因表达分析吗?可以用什么方法呢? 我目前只接触过两组间(1个对照组、1个实验组...