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文章 基因组组装GC 含量与深度图：

...imPlot analysis :https://satijalab.org/seurat/reference/dimplot')parser$add_argument( "-i", "--gc.table", type="character",required=T, default=NULL,help="input single Seurat obj in rds file [required]",metavar="filepath")parser$add_argument( "-d", "--depth.table", type="character",required=T, defaul...

文章 R实现统计中的检验方法---方差分析ANOVA

...全部在这里了 - 云+社区 - 腾讯云 [2]T检验与F检验的区别_f检验和t检验的关系 - Little_Rookie - 博客园 [3]顾志峰,叶乃好,石耀华.实用生物统计学[M].北京:科学出版社,2012年. [4]R语言 Shapiro-Wilk检验 [5]【数据分析 R语言实战】学习笔记...

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...加主键ALTER TABLE n ADD PRIMARY KEY (id);ALTER TABLE n ADD CONSTRAINT pk_n PRIMARY KEY (id);   # 主键只有一个，所以定义键名似乎也没有什么用# 删除主键ALTER TABLE n DROP PRIMARY KEY ;# 添加外键ALTER TABLE m ADD FOREIGN KEY (id) REFERENCES n(id);    # 自动生成键...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

...  57.59054L6 env1    61.37506代码library(lme4)data=read.table("data_blup.txt",header = T)head(data)data$lines=factor(data$lines)data$env=factor(data$env)接下我们用lmer进行BLUP分析,在lmer中 1|env 表示把env当作随机效应，我们把env和lines当作随机效应。blp=lmer(y~(...

文章 NCBI 蛋白数据库分库

...axdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2ta...

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

[root@4527fed4ab00  16:49:56 /work/my_reseq/ref]# sh $scriptdir/index.sh Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 REF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa GFF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 GTF: build Index  start: RNN CMD:samtools faidx Oryza_sativa.IRGSP-1...

文章 实验室linux生物信息服务器搭建CentOS7

...像地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/7.9.2009/isos/x86_64/  由于centos7/8 已经停止更新了，对于最新的硬件环境可能遇到安装系统失败的情况；   建议安装centos 的替代版本rocky  ： https://rockylinux.org/download  如果遇到...

文章 Bio-Linux中的生物信息学软件

...安装的软件列表，见安装目录  /biosoft： annovar annovar2016_06_24 BreakDancer circos e-PCR GATK java meme miniconda MISA Primer3 rpm sratoolkit vcftools 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发...

文章 人类免疫细胞marker基因

...,MS4A1,IGHD,IGHM,IL4R,TCL1A Memory B cell:CD27,CD38,IGHG B浆细胞Plasma_B：MZB1,SDC1,JCHAIN,XBP1 NK细胞： KLRF1,NCAM1,NCR1,GNLY,NKG7,FCGR3A NK1(CD56+ CD16-)：NCAM1,GNLY,NKG7 NK2(CD56- CD16+)：FCGR3A KLRF1 髓系细胞Myeloid： LYZ,CD68,MS4A6A,CD1E,IL3RA,LAMP3 巨噬细胞Macrophage...

文章 linux目录结构详细讲解

...不允许该用户登录./etc/sysconfig 网络配置相关目录 /etc/DIR_COLORS 设定颜色/etc/HOSTNAME 设定用户的节点名/etc/NETWORKING 只有YES标明网络存在/etc/host.conf 文件说明用户的系统如何查询节点名/etc/hosts 设定用户自已的IP与名字的对应表/...