找到约 15 条结果

文章 很大的压缩文件计算行数

...rt_time).count(); gzclose(input_file); std::cout << "Number of lines: " << line_count << std::endl; std::cout << "Time taken: " << duration << " seconds" << std::endl; return 0; } 这需要一个需要支持C++11或更高版本的编...

文章 转录因子研究方法！

...PWM: Position Weight Matrices) 3.2.1.1 SELEX技术 Systematic evolution of ligands by exponentialenrichment (SELEX) 是其中最早的一种体外检测转录因子结合位点技术，这项技术在20多年前已被科学家们利用，而且它不需要已知序列信息就可以检测到新...

问题 BWA比对报错

[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG

文章 biolinux安装matplotlib时报错

...s means Python 2.7.9+ or 3.4+ (although some distributions have backported the necessary changes to older versions).     Complete output from command python setup.py egg_info:     Traceback (most recent call last):   File "<string>", line 17, in <module>   File "/tmp/pip_bu...

问题 GATK HaplotypeCaller - Shutting down engine

00:32:48.224 INFO  HaplotypeCaller - Shutting down engine [September 17, 2021 12:32:48 AM CST] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCaller done. Elapsed time: 0.04 minutes. Runtime.totalMemory()=2398617600 java.nio.BufferUnderflowException         at java.nio...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

...ired] -b blocksize, --blocksize blocksize Number of variables Parallel to test in each [default 2] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -p prefix, --prefix prefix out file ...

文章 典型相关性分析CCA与冗余分析RDA

...（detrended correspondence analysis） 分析，看分析结果中Lengths of gradient 的第一轴的大小。如果大于4.0，就应该选CCA；如果3.0-4.0 之间，选RDA 和CCA均可；如果小于3.0，RDA 的结果要好于CCA。目前CCA要比RDA用得更普遍，有两个原因：大部...

问题 相关系数矩阵

计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！

文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...贡献度权重高低进行排序。 varImpPlot(random,main = "Dotchart of variable importmant") 用MDSPlot(）函数可以绘制MDS二维图，不同颜色或形状的点代表不同环境或条件下的样本组，横、纵坐标轴的刻度是相对距离，无实际意义。Dim1、Dim2 分...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...-1.74 0.082 Likelihood ratio test=116.3 on 24 df, p=4e-14 n= 304, number of events= 60 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我们的TCGA相关课程： 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《WGCNA加权基因共表达网络分析》 《GEO芯片数据...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...: unexpected EOF[us078@omicsclass  01:28:19 ~/metagenomics]$2024-03-06T00:45:52.727092Z [rsession-us078] ERROR system error 2 (No such file or directory) [description: Error changing directory: '/proc/2606060/cwd']; OCCURRED AT rstudio::core::Error rstudio::core::system::ChildProcess::run() src/cpp...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

... unexpected EOF[us078@omicsclass  01:28:19 ~/metagenomics]$2024-03-06T00:45:52.727092Z [rsession-us078] ERROR system error 2 (No such file or directory) [description: Error changing directory: '/proc/2606060/cwd']; OCCURRED AT rstudio::core::Error rstudio::core::system::ChildProcess::run() src...

文章 HTML 转 PDF

...QFont::setPixelSize: Pixel size <= 0 (0)=====================] Object 1 of 1 Resolving links (4/6) Loading headers and footers (5/6) Printing pages (6/6) Done 当你看到如上信息时代表转换成功，是不是很酷。 把html文件 和 url指向的网页 转换成图片 命令格式 ： ...

文章 docker clash 配置

...xy https_proxy docker配置： Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment="HTT...

文章 scanpy 中 ScTransform分析：

...= adata.layers[layer] else: mat = adata.X # Set names for the input matrix cell_names = adata.obs_names gene_names = adata.var_names r.assign('mat', mat.T) r.assign('cell_names', cell_names) r.assign('gene_names', gene_names) r('colnames(mat) <- cell_names...