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文章 R中的错误处理函数

...输入或状态符合预期。myFunction <- function(x) {  stopifnot(is.numeric(x), x > 0)  # 如果 x 不是数值类型或者不大于0,上面的代码会停止执行并抛出错误     ... has_na <- anyNA(marker_table(nested_results[[res_name]])$enrich_group) stopifnot(!has_n...

问题 bio-linux 挂载共享文件夹时报错No such device

manager@bl8vbox[manager] sudo mount -t vboxsf windows-share xu-share [sudo] password for manager:  /sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device

文章 Evolview:进化树设置标签的背景颜色

设置方法 导入进化树。点击Annotation upload → upload data for leaf background colors,填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列:location,color,commands,由制表符分隔。第三列可有可无。 l  第一列:可以是一个叶节点...

文章 win10/win7系统下无法重命名和打开文件提示文件名太长怎么解决

...41_A246_A356_A357_A375_A378_A379_A381_A406_A408_A409":"C_vs_W" } i=0 for dir_path, dir_names, file_names in os.walk(cwd): for file_name in file_names: p=os.path.join(dir_path,file_name) if len(file_name)>100: m=re.match(r'(.+_vs_[^\.]+)', file_name...

文章 shuf 随机抽取txt文件的行到新文件 linux命令

...output lines can be repeated  -z, --zero-terminated     line delimiter is NUL, not newline      --help显示此帮助信息并退出

文章 分分钟教你绘制基因结构图!GSDS

...展现基因结构与系统进化关系。 地址:http://gsds.gao-lab.org/    ,点开就能使用,再也不用担心画图了! 如果网站打不开可看这里:https://www.omicsclass.com/article/1308 打开这个工具,它的界面如下: 1、输入数据类型 绘图的输...

问题 OMIM数据库位置信息是hg19/GRCH37还是hg38/GRCH38为参考的?

What reference assembly does OMIM use for the genomic coordinates?

问题 群体结构分析时,执行代码报错

...p,报错:WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index pophelper v2.3.1 ready. Error in plotQ(qlist, imgout...

问题 进行阿尔法多样性分析是报错

for i in  goods_coverage  observed_species PD_whole_tree  shannon simpson;do        alpha_compare_stat.r -i alpha_div_index.txt --index $i \             --group Group -f $fastmap -o alpha_diversity_stat         alpha_compare_plot.r -i alpha_div_index.txt -I $i -f $fastmap   \ ...

文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

...ault: 0.1 ]  -t top, --top top                        top NES for barplot [optional, default:10 ]  -n prefix, --prefix prefix                        the output file prefix [optional, default: GSEA ]  -o outdir, --outdir outdir                        output file...

文章 批量提取excel 中超链接,批量下载网站上的文件

...复制粘贴到excel,批量获取链接: 宏代码: Sub test()For Each cell In Range("A1:A32")cell.Offset(0, 1) = cell.Hyperlinks(1).AddressNextEnd Sub 具体操作方法:https://jingyan.baidu.com/article/02027811a089d65acc9ce5ef.html 地址有规律也可以用通配符; curl -...

文章 人类基因组版本说明:hg19 b37 grch37

基因组介绍:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890951-Human-genome-reference-builds-GRCh38-or-hg38-b37-hg19  基因组下载这里:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890711-GRCh37-hg19-b37-humanG1Kv37-Human-Reference-Discrepancies  hg19 (ucsc.hg...

文章 compare_stat_boxplot.r metadata中变量分组T检验比较并绘制box图

...--variate variate [variate ...]                        variate for box [required]  -g group, --group group                        group name from metadata to test[required]  -b groupby, --groupby groupby                        main group name from metadata to su...

文章 svg2xxx运行报错

/share/work/biosoft/tools/distributing_svg_4.74/svg2xxx_release/svg2xxx all.KEGG.svg ./ -dpi 300 Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationException: The Security Manager is deprecated and will be removed in a future release at java.base/java.lang.System.setSecurityManager(Sys...

文章 蛋白质等电点的计算

...ein_file = "protein.fasta" # 遍历每一条蛋白序列,计算等电点 for seq_record in SeqIO.parse(protein_file, "fasta"): p = ProteinAnalysis(str(seq_record.seq)) # 等电点的计算函数是:isoelectric_point print(seq_record.id + '\t' + str(p.isoelectric_point()))