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文章 小麦MADS-box基因家族文章 new phytologist（7分）

...基因组分析家族成员如何扩张，加倍与形成。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

问题 我想用cytoscape做相关性网络图，怎么按照微生物的分类水平区分颜色

BS1.cysBS1节点属性文件.xlsxBS1边属性文件.xlsx 我自己做了一个网络图，但是无法使用它的注释信息。比如，我的节点名是属的名字，但是我想用门水平来设置不同颜色，请问怎么做，

问题 core_pan_gene_curve.r 运行时报错

...rve.r -i Orthogroups_PAV.tsv   --prefix core_pan_curve 出现以下报错信息 运行终止后，生成的结果文件如下 尝试从demo数据中cp Orthogroups_PAV.tsv，再运行上述命令，则可以顺利生成所有结果。 这是为什么呢？请老师帮忙解答一下

问题 reads 与基因组进行比对map 是程序正常运行，但sam文件为空，求老师赐教

基因组构建HISAT index的信息如 将reads 与基因组进行比对map的命令如下 比对结果如下图所示

文章 群体遗传进化名词解释

...有迁移、突变和选择的条件下会保持不变。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 ggplot2-气泡图（控制点的大小范围）

...图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2) 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 Minimap2安装与使用

...齐区域长度（包括gaps）12 比对质量（0-255） ##其他补充信息##tp aln类型：P/primary, S/secondary and I,i/inversioncm Number of minimizers on the chains1 Chaining scores2 Chaining score of the best secondary chainNM otal number of mismatches and gaps in the align...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

...ADS_box_family.txt -o /home/manager/share/MCScanX/MADS.circle.PNG  报错信息： Reading gff error: 2 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

问题 基因家族分析已经确定是哪个家族之后，找不到pfam号该怎么办？

...我是一名初学者，目前我根据我要研究的基因序列等其他信息已经找到了该基因的家族，但是随着我不断的阅读文献，发现这个超家族里面又有三个不同的分类，而我的基因属于其中一个，其他两个分支现在已经有了各自的pfam...

文章 grep 两个文件内容取交集

利用grep 筛选两个文件中共有的信息 N.txt cat N.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011034_P001 C.txt cat C.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011035_P001 N.txt 和C.txt 的交集gre...

文章 3月23日R语言免费直播课！

...下面二维码开始您的R语言学习之旅吧！！（文末有优惠信息） 优惠信息： 转发本文到您的朋友圈并截图发给微信“532812110”可以领取500元优惠券！ 延伸阅读： 1.植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman 2.收藏贴-基因...

文章 Samtools截取基因组序列（Docker篇）

...、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件（例如：转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件）...

文章 pfam数据库被合并之后，还有很多数据库可以进行结构域的查询

...根据需要进行选择要查询的内容，查询结构域；超家族等信息查看结果

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...者全基因组重测序，之后进行变异检测，得到很多的变异信息，那么要知道这些变异是有害的或者是否与疾病相关，就要对这些变异进行注释，ANNOVAR利用 ANNOVAR（http://www.openbioinformatics.org/annovar/）（Wang K et al.2010）软件对 SNP 进...

文章 饼图中添加文字的位置控制-ggplot2（非公式）

...图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2) 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...