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问题 使用mega做树NJ树做不出总是出问题，删除gap也不行，但是ML可以做出，之前什么都可以做出来，就是又新加了几个基因，但是这几个基因没什么问题，是结构域不对吗

上面是图片 这是出现的问题

文章 外显子比对率太低，参考基因组索引建立refFlat.txt文件有问题：

...少导致出错： 查看原因： 生成该文件报错，导致生成的基因区域过少 gtfToGenePred -genePredExt saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txtno exons defined for group HRA1, feature noncoding_exon (perhaps try -ignoreGroupsWithoutExons) 改进： gtfToGenePred -genePr...

文章 1000G千人基因组人群分类亚群缩写对照

...gory/population/ 了解分类信息，有助于研究特定人群中突变的等位基因频率： There are 26 different populations which are part of our study from many different locations around the globe. The following table lists these populations and indicates what data we currently have ...

问题 使用singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py 命令报错

老师，您好！使用singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py 运行课程中的命令时，出现如下报错界面

文章 R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached

在运行R脚本的时候，出现报错，提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :  cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r'Calls: source -> fileIn addition: Warning message:In file(fil...

问题 老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

具体的错误提示如下： **************************************************************** Checking input parameters: [OK] Checking Epal2nal.pl: [OK] Checking multiple sequence aligner: muscle[OK] Checking output format: [OK] Checking output folder: [OK] Outputing input parameters: H...

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

...，是否可以分成几个批次组装，然后合并各个批次组装后的final.contigs文件，再去冗余，之后再进行基因预测或者分箱的操作这样可行吗

问题 Launch_PASA_pipeline.pl脚本报错连不上mysql?

请问老师我在运行pasa组装转录本的时候遇到如下报错，应该怎么解决？我的mysql数据库是配置好的 -connecting to MySQL db: Specie_name_pasa -*** Running PASA pipeine: * [Wed May 15 16:19:38 2024] Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/s...

问题 xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

有哪位大佬用过xpclr，我的命令：xpclr --out /hpc/home/t2024096/FST/out --format vcf --input /hpc/home/t2024096/data/cxx.vcf.gz --samplesA /txtlist/nong.txt --samplesB /txtlist/19.txt --size 200000 --step 100000 --chr chr1A出现以下报错 2025-02-18 17:34:41 : INFO : r...

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

#  加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks) #下载Copy Number Variation数据  query <- GDCquery(project =  "TCGA-CHOL",                     data.category = "Copy Number Variation",                     data.type = "Copy Number Segment")  ...

文章 textshaping L :1:19: fatal error: hb-ft.h: No such file or directory

...shaping’cat: ragg.out: No such file or directory #    安装依赖的库 yum install freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel fribidi-devel 之后一次安装： install.packages("textshaping") install.packages("ragg") install.packages("devtools")

文章 KEGG GO 富集显著性图 名字太长，柱状图上文字解决

...  ) %>%  arrange(log_pvalue) %>%  # 按升序排列，这样最大的在顶部  mutate(Description_short = fct_reorder(Description_short, log_pvalue))# 创建条形图ggplot(data, aes(x = log_pvalue, y = Description_short)) +  geom_bar(stat = "identity", fill = "#F0510C", width = 0.8,alph...

文章 R inferCNV 安装报错： rjags R 安装报错 automatic detection of JAGS failed. Please use pkg-config to locate the JAGS

1.首先安装依赖的 JAGS tar zxvf JAGS-4.3.0.tar.gz ./configure --prefix=/share/work/biosoft/JAGS/JAGS-v4.3.0 2.设置环境变量： export JAGS_PREFIX=/share/work/biosoft/JAGS/JAGS-v4.3.0 export JAGS_LIBDIR=$JAGS_PREFIX/lib export JAGS_INCLUDEDIR=$JAGS_PREFIX/include export LD_L...

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

文章 R 包RIdeogram安装报错

...------------------------------------------------------- 1. 有sudo权限的可以执行以下步骤： sudo apt-get install librsvg2-binsudo apt-get install librsvg2-devinstall.packages("rsvg")install.packages("RIdeogram") 2. 手动下载librsvg2库： git clone https://github.com/GNOME/lib...