文章 绘制venn图，2-7维

...数据列表，一列为一组ID data<-read.table("data.txt",header=T,check.names = F,stringsAsFactors = F,sep="\t",fill=T,na.string="") x<-as.list(data) x<-lapply(x,na.omit)

问题 hmm搜索失败，已检查hmm文件，并重新建hmm模型，还是报错。

自建hmm模型，检查了wrky.hmm与自建xx.hmm 文件（图一、图二）。 在hmmsearch 时：hmmsearch --domtblout xx_hmm_out.txt --cut_tc xx.hmm xx.pep.all.fa 报错：Error: bad file format in HMM file NLRP.hmm 图一 图二 图三

问题 hmm搜索失败，已检查hmm文件，并重新建hmm模型，还是报错。

自建hmm模型，检查了wrky.hmm与自建xx.hmm 文件（图一、图二）。 在hmmsearch 时：hmmsearch --domtblout xx_hmm_out.txt --cut_tc xx.hmm xx.pep.all.fa报错：Error: bad file format in HMM file NLRP.hmm图一图二图三

问题 关于使用nohup vcftools过滤vcf文件的问题

...不一样： 1）不用nohup得到的normal.vcf.gz文件共120218行 ##fileformat=VCFv4.2##ALT=<ID=NON_REF,Description="Represents any possible alternative allele at this location">##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Alle...

问题 用W11安装docker后，docker search omicsclass出错

...3 container via direct connection because  has no HTTPS proxy: connecting to index.docker.io:443: dial tcp 108.160.172.1:443: connectex: A connection attempt failed because the connected party did not properly respond after a period of time, or established connection failed because connected host h...

文章 SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）

...通过“bedtovcf”将bed文件转换成vcf格式： ./SURVIVOR bedtovcf file.bed DEL file.del.vcf #参数“DEL”指定了输入的结构变异类型，可选的有，INS，DEL，BND，INV，DUP几种类型 生成的VCF文件：

文章 bugbase指定表型预测

...1:v1.2 2.生成指定表型的预测文件（运行默认为16S数据） make.user.table.r -i costom_pathway/ 参数说明 -i    准备好指定表型的文件目录 运行成功后，目录下会出一个过程文件intermediates（红色）和需要的指定表行预测文件Custom_BugB...

文章 绘制展示基因在样本中表达量与数量的柱状图

...exit -i exp_data, --exp_data exp_data input data file path[required] -l legend.position, --legend.position legend.position Sets the location of the legend[none,left,right,bottom,top,or two-element num...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等

...基因组序列号 CM017775.1 点击右上角”send to“，选择file，即可下载多种格式文件，如GeneBank格式的gb文件，基因组序列fasta文件，基因组gff3注释文件等 下载细胞器基因组gtf文件，获取线粒体所有基因名 以上漾濞槭例子...

文章 perl脚本批量生成反向互补序列

...})){print <<"Usage End.";UsageForced parameter:-out          outfile                        <outfile>        must be given-fa fasta file <infile> must be givenOther parameter:-h           Help documentUsage End.exit;}my $in  = Bio::SeqIO->...

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

使用方法: $Rscript DEG_limma.R -h usage: DEG_limma.R [-h] -e filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case CASE [-f fdr] [-c fc] [-s size] [-a alpha] [-X x.lab] [-Y y.lab] [-T title] [-H height] [-W width] [-o path] [-p prefi...

文章 R语言基础入门—数组

...阵组成的数组，每个矩阵具有3行和3列。 # Create two vectors of different lengths.vector1 <- c(2,3,5)vector2 <- c(7,8,9,11,11,12)# Take these vectors as input to the array.result <- array(c(vector1,vector2),dim = c(3,3,2))print(result) 运行以上的...

问题 老师，您好，我有一个问题不知道怎么解决，想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程中，按照课程对WRKY家族分析，最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样，一个domain都没有搜到，用smart搜索结果是和老师做的一样，为什么用CDD搜不到呢？图片中是我搜到的结果，右边框框中都是零，我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果，这是为什么呢？

问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...rl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage：perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这...

问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...rl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage：perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这...