...疗： 接受了手术的治疗，增加了新的随访数据 这个临床信息非常的复杂，所以在分析数据时，一定要细致的查看临床数据的记录，做分析前，一定要做好数据的筛选工作。不然分析结果可能会存在问题。 如果您对TCGA数...
...一个数据库，它集成了许多数据库关于蛋白质功能的预测信息，概述了蛋白质所属的家族及其包含的结构域和位点。InterProScan是InterPro数据库提供给用户的一个软件包，以集成的方式从InterPro数据库中进行结果检索。InterProScan可...
...s，可以使用samtools和bedtools来实现。 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置 例： 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列 之后如果是sam文件,先转...
在无参转录组分析中，通过Blast2go 比对得到了go和kegg注释信息，也通过Deseq2得到了差异基因，那么请问如何实现GO和KEGG的富集分析呢？在看clusterprofiler进行富集分析的时候需要两个数据，一个是gene id ，另一个是org.***.eg.db注释文...
...下 更多脚本参数设置及说明 通过-h参数获得以下帮助信息。 usage: sankey_plot.r [-h] -i input -g group [group ...] -c color [-o outdir] [-p prefix] [-H height] [-W width] Sankey plot drawing optional arguments: -h, --help show this help mes...
...umber is : 105。 因为我的vcf文件中同时包括了snp和indel变异信息，有些indel位点与表型是显著关联的，我想保留indel位点，并在热图中与snp数据同时可视化，类似下图这样。请问应该怎么做，或者需要添加哪些参数？ ps:查看了https:...
这个文件怎么生成？我用bismark提取到甲基化信息，怎么生成那个文件用于全基因组甲基化图谱分析
...生存分析模型，在检验数据集上检验模型。数据集的临床信息统计如下： 构建预后预测模型 在训练集上，以患者的DNA甲基化位点进行单因素Cox分析和多因素的Cox分析，最终构建了一个含有5个甲基化位点的预后预测模型。5个甲...
我看到CDS文件里的ID与基因家族ID不对应，多了前缀和后缀，然后我想询问老师怎么在notepad里批量删除以下的信息
...格式，例如CLUSTALW format muscle -in seqs.fa -clwout seqs.aln 生物信息中的应用 目前muscle 主要用来在基因组进化部分，因为构建进化树和计算选择压力，都需要将序列对齐，muscle小而快，毋庸置疑是最好的选择。
在merged.gtf文件中有所有外显子的信息，下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00 Cufflinks exon 37990 38333 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000...
...noma. American Journal of Cancer Research. 2018;8(3):450-461. 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...
...类群被称为sender，这个角色被认为主要向外分泌配体传输信息，通过累加所有向外分泌配体的细胞通讯方式的可能性，得到sender的可能性(分数)。承担in-degree角色的细胞类群被称为receiver，这个角色被认为主要接受受体刺激接受...
...行到read 与基因组比对时，产生的sam文件为空，summary文件信息为： Error reading _rstarts[] array: 1010748, 1017096Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1 --rg-id=SRR5710698 --rg SM:...
...行perl脚本会出现类似于“Can’t locate XX.pm in @INC”的报错信息，这条报错的出现存在两种可能性，1.默认@INC路径下没有安装该模块；2.包含该模块的路径没有存储在@INC中，此时需要我们通过cpan下载相关模块(如果已有不用重新下...