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问题 老师我在做KAKS分析时，生成的.axt文件对比序列不是三的倍数，我按操作手册的方法，提高的筛选条件，

...的倍数，我按操作手册的方法，perl ../script/KAKS_SHAIXUAN.pl -in1 WRKY_cds_confirmed.fa.fai -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out，中提高的筛选条件，甚至我调高到90，输出的结果中还是包括不是三的倍数的比对序列，这种情况应...

文章 收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解

...目前网站接受多种形式的id，包括Entrez Gene ID，RefSeq (RNA and Proteins)， Gene Symbol and aliases，Ensembl (Gene, Transcript, Protein)，UCSC，UniProt。 用户输入需要分析的基因并提交，网站会对提交的基因id进行识别鉴定，之后可以选择分析方式...

文章 maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools

...e/1518 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i maffile, --maf maffile input the maf file[required] -m metadata, --meta metadata input metadata file path[required] -g group, --group group ...

问题 下载甲基化数据时找不到样本类型，

...type = sample_type)--------------------------------------o GDCquery: Searching in GDC database--------------------------------------Genome of reference: hg38|tissue.code |shortLetterCode |tissue.definition                                 ||:-----------|:---------------|:------------...

问题 SSR引物设计

Complex regular subexpression recursion limit (32766) exceeded at misa.pl line 146, <IN> chunk 19.  老师程序运行结束出现这个是什么意思呀？哪里有问题，可以修改吗？

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

...e/1519 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -e filepath, --expr filepath input read count file[required] -m filepath, --metadata filepath input metadata file[required] -t treatname, --treatname treatname ...

文章 数据分析代码2__用法

这个代码有两个主模块，DataFetcher and CountSummarizer 前者使用cr调用，用于从根据参考列提取数据， 比如有一个文件想根据这里的某一列提取行，参考数据如下 使用代码，得到结果 后者使用ex调用，功能复杂一点，用法比较...

问题 利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的，结果如图

perl /home/manager/workspace/GbRLCKVII/gene_structure/script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师解答。

...的学习时，发现KEGG富集分析中断，报错代码如下： Warning message: In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return ...

问题 染色体位置

老师，我在做基因染色体位置绘图时，把需要的信息输入后，为什么网站一直不出结果，显示这样的画面？http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/

文章 endnote 如何插入书籍引用

...索到，google books。例如我要引用 这本书里面《Biosynthesis and perception of melon aroma》关于甜瓜香气的章节（281–305页）：谷歌学术搜索第一个是一本书， 这里没有文献citation下载： 但是回到谷歌搜索的结果会有两个版本： ...

问题 分歧时间算不出来结果

...如下，请问是哪里出了问题： seed = -1        seqfile = single_copy.cds_msa_trimed.phy       treefile = input.tree        outfile = out          ndata = 1        seqtype = 0  * 0: nucleotides; 1:codons; 2:AAs        usedata = 1    * 0: no data; 1:seq li...

文章 enrichGO_pip.r GO富集分析

...s:optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g gene.list, --gene.list gene.list                        diff expressed gene list file, required  -d ann.db, --ann.db ann.db                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more ...

文章 SNP2CAPS使用

...标记，其具体用法： perl SNP2CAPS.pl   chr5D:9950377.fa_1    link_gcg    AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII   > chr5D:9950377.txt 其中chr5D:9950377.fa_1为SNP两端各150bp的序列；link_gcg限制性内切酶数据库；之后为分析用到的限制性内...

文章 quota 显示的space 与du显示的不一致，导致文件上传失败

... 参考：https://unix.stackexchange.com/questions/156897/why-does-du-and-quota-results-not-match