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问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

文章 R 包RIdeogram安装报错

...------------------------------------------------------- 1. 有sudo权限的可以执行以下步骤： sudo apt-get install librsvg2-binsudo apt-get install librsvg2-devinstall.packages("rsvg")install.packages("RIdeogram") 2. 手动下载librsvg2库： git clone https://github.com/GNOME/lib...

问题 请问request returned Internal Server Error for API route and version http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.24/containers... check if the server supports the requested API version 这个问题该怎么解决

运行docker 解析gff信息时，中断， docker软件的containers中出现 request returned Internal Server Error for API route and version http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.24/containers/025fef2a3e783d8c473c644d58e2ffd31be5f157743e797b0649966a18031dfc/json, check if the server supports ...

问题 vcftools过滤除了等位基因选项外，其他参数通通没用

老师您好，我按照重测序课程的流程一步步处理数据，到最后一步vcftools过滤时出现了问题，起初按照该参数过滤： vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \     --maf 0.05  --max-missing 0.4  --minDP 4  --maxDP 1000  \ ...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

...化： 一篇查找单拷贝直系同源基因研究真菌遗传进化的方法，可以参考： Species tree construction and gene family expansion analysis Together with L.edodes, 26 fungal species assigned to Basidiomycota or Ascomycota were used in the phylogenetic analysis. The protein s...

文章 R安装units包报错解决方法

...确设置。您可以在终端中执行以下命令，查找libudunits2.so的路径： find / -name "libudunits2.so" 再次安装units包即可通过了。

问题 重复序列注释问题

老师您好，我在用 omicsclass 的docker 镜像进行基因组重复序列注释时，出现如下错误该如何解决？  W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libcuda.so.1'; dlerror: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No ...

文章 linux常用技巧

...mp;挂在后台，该脚本可以让系统资源异常占用或磁盘快满的时候通知你

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...###############################################################加载需要的包 ，包不存在就安装#############################################################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p,...

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//5.var_ann/indel.refGene.exonic_variant_function.orig /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGene.txt /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unkn...

文章 Windows Terminal 安装与配置指南

...索安装即可。 2.配置 安装完成之后，WT 默认是长这样的： 修改配置： 可以复制以下内容直接配置文件profiles.json： // To view the default settings, hold "alt" while clicking on the "Settings" button. // For documentation on these settings, see: https://ak...

问题 变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i

这是我运行的命令 vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \     --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000  \     --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2  --max-alleles 2 |gzip - > all.clean.vcf.gz 这是我的报错 sing zlib versio...

文章 Metadata CRC error detected at xfs _ bmbt _ read _ verify+0x12/0xb0 [xfs], xfs _ bmbt block 0xc9132f8 [ 4.863216] XFS(dm-0): Unmount and run xfs _ repair

...micsclass--a06-root //需要看出错log周围，确定是哪个挂载点的问题。 -L选项指定强制日志清零。 https://blog.csdn.net/weixin_40721891/article/details/141179065 https://blog.csdn.net/weixin_30875157/article/details/95073408

文章 蛋白质比对结果快速分类taxid

nr数据库在分类的时候有一个文件,即accession2taxid用来把accession number分类到taxid 但是由于和这个文件极大,直接比对速度相当慢,就写了以下两个脚本 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include <unistd.h> #i...

文章 data.frame参数check.names

...据 例如read.table 添加check.names=F 参数可以保证数据种特殊的字符正常读取： 如数据表头 “-”被认为是“."  > A=read.table("F:/test/WGCNA/data/fpkm/All.DEG_final_3000.xls",sep="\t",check.names=T,header=T)> head(A,2)         ID CK.WT.1 CK.WT.2 C...