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问题 请问用cytoscape能计算出交互作用网络modularity的值吗

请问用cytoscape能计算出像Gephi里交互作用网络modularity的值吗，或者除了用Gephi，还有什么计算交互作用网络的modularity值。谢谢

问题 蛋白比对结果构建进化树_合并成supergene报错

明明文件大小不大，为何到了#合并成supergene seqkit concat aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta这一步的时候总是被Killed

问题 基因组重测序，排序完后进行去重复总是被Killed

这样是哪里有问题啊老师，有些可以正常的进行，有些不行。

问题 请问怎么从镜像里拷贝pl脚本

agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl agat_sp_keep_longest_isoform.pl 课题组服务器不让安docker，请问怎么怎么从omicsclass_gene-family镜像里下载这个几个脚本呢我下载镜像文件到本地，解压后是一堆随机码命名的文件

问题 gatk4 HaplotypeCaller报错

老师您好！在做变异组的时候有如下问题 命令：gatk --java-options -Xmx2g  HaplotypeCaller -R genome.fasta -I test.bam -O test.g.vcf.gz -ERC GVCF 报错：A USER ERROR has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13' 请...

问题 atacseq测的是RNA还是DNA，和chipseq有什么区别呢？

最近看到atacseq技术好像挺热的，有人知道具体是怎么样的吗？

问题 原核微生物多样性扩增16sDNA还是16sRNA?

多样性原核物种做多样性分时，有人说扩增的是16sdna.也有人说是16srna,到底那种说法正确呢？

问题 做WGCNA，转录组数据必须要表达数据文件和性状数据文件吗？

问题如上，但是我的转录组只能找到表达数据文件，请问老师这样还可以做吗？

问题 脚本参数--minsize=0 --minspan=30

....compara.catalog ortholog Ta Hv --cscore=0.7，这个脚本结束时候的cscore=0.7是指相似性70%吗？

问题 进化树+motif+基因结构三个一起显示报错

老师好，这一步上课时老师没有演示，所以我在操作时一直出现错误。包括我用了demo里的数据也是报错。用的demo数据分别是：03文件夹.iqtree2.pep.fullLength；04文件夹meme.xml；05文件夹gene_exon_info.gff

问题 老师我想问一下，MENA在analysis the network 报错的问题

This is your first time to run parameter calculations on soil20231205 at 0.890 threshold. It will take a few minutes...R project wrong! Please report web administrator.setwd("D:/wwwroot/MENA/datasets/196868ld/1701851366")library(sna)cor.data<-read.table("soil20231205 Pearson Correlation_0.890 4 R...

问题 structure_plot.r: command not found

老师，您好，运行 structure_plot.r  -d ./ -s admixture.nosex的时候，提示bash: structure_plot.r: command not found 这是怎么回事呢？ 用的是这个镜像：

文章 mysql备份数据库恢复导入

...据库编码mysql>set names utf8;（3）导入数据（注意sql文件的路径）mysql>source /home/abc/abc.sql;方法二：mysql -u用户名 -p密码 数据库名 < 数据库名.sql#mysql -uabc_f -p abc < abc.sql

问题 输入绘制circos图时出现错误

...e/scipt/circos.pl": No such file or directory，哪位老师能知道解决的方法？

问题 三倍体等多倍体怎么做比较基因组

三倍体等多倍体怎么做比较基因组，是用全基因组做，还是挑其中一套染色体做呢。因为担心如果用全基因组做单拷贝基因会很少。，一套染色体做又担心不能说明亚染色体的情况