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问题 在RStudio中安装WGCNA包后调用WGCNA包提示错误

...列包，手动安装好这些包后 运行 library(WGCNA) 载入需要的程辑包：dynamicTreeCut 载入需要的程辑包：fastcluster 载入程辑包：‘fastcluster’ The following object is masked from ‘package:stats’:     hclust Error: package or namespace load failed...

问题 我输入docker run那条指令后，出现了以下报错，输入docker search omicsclass也出现报错。

dockers的国内镜像加速器也是按照deepseek修改的，不知道安装有没有成功，原本没有registry-mirrors这一行指令。一共三个问题请老师解答

问题 参考基因组这个docker怎么练到filezilla，为什么我没法安装openssh或者filezilla，我应该怎么做

我的服务器过期了，自己挂载的docker，为什么不能下载openssh，怎么才能连到filezilla

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的（如下），但是如果用singularity启动，相关的命令参数如何更改？我能查到的是-v对应singularity中的-B，其它-p  --name  -e  -d 该如何修改？ mysql_server.sh脚本文件中： #启动镜像 docker run -p 3399:3306...

文章 VG 泛基因组call 变异

...  graph.vg  $sample.gam > $sample.aug.vg    # 基因组大，建议分析snarls，节约时间  vg snarls -t 32 $sample.aug.vg > $sample.aug.snarls  # 构建 xg index  vg index -t 32 -L -b tmp -x $sample.aug.xg  $sample.aug.vg    # filter secondary and ambiguous read mappings out o...

文章 SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct

SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SCTransform on layer: countsvst.flavor='v2' set. Using model with fixed slope and excluding poisson ge...

文章 TCGA 拷贝数变异下载 CNA

...此表是在上面数据上过滤掉了一些与生殖和性染色体相关的数据。#Copy Number Segmentation， 得到一个基因区间和此区间的拷贝数的表，共6列。最后一列Segment_Mean值就是 log2(copy_number/ 2), 正常来说人是二倍体生物则此value值为0，如果...

问题 基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

我做的是大麦Hordeum_vulgare品种的数据准备，但是当我输入 #提取cds序列 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome  --seqType CDS >$species.cds.fa #提取pep序列 /share/work/biosoft/Tra...

问题 用GATK call SNP时报错

...TK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace. 这是我的命令：gatk --java-options "-Xmx20g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R genome.fasta -l SRR3274663.new.sorted.bam -ERC GVCF -O SRR3274663.g.vcf 1>663.log 2>&1 在这里我已经对基因组文件建了...

问题 分别用FarmCPU和BLINK做GWAS，从Q-Q图看BLINK模型更优，但是FarmCPU曼哈顿图有峰

Q-Q图.pdf这两种模型该如何选择？BLINK的结果文件中有经过FDR检验显著的位点，FarmCPU没有。

文章 qiime2 18S 分类器构建

....qza \ --o-classifier 18S_full_SILVA132_classifier.qza 微生物多样性分析，扩增子视频课程：https://study.omicsclass.com/index 

文章 ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables 解决方法

当我们修改MySQL密码的时候，修改了配置文件/etc/my.cnf，并且也重启了mysql的服务，但是登录MySQL之后提示： >ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED BY '123456'ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables option so it cannot execu...

问题 基因提取

你好，我在提取基因序列的时候，没有输出结果，怎么解决呢？谢谢

问题 MapChart

老师，我想问一下MapChart总出现这个问题，把这个序列删除换成别的名称一样的问题，想问一下是什么原因，谢谢老师~~

问题 进化树

老师，我在构建进化树的时候总出现这个问题请问应该怎么办，谢谢