文章 circos绘圈图时更改字体

...数。通过更改label_font参数来更改字体。 circos支持 True Type 和 Open Type 字体，这些字体定义在 <font> 块中，在 fonts.conf 文件中。 如果想更改字体，直接label_font=bold。即可将图中字体改为黑体。

文章 ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

... x=Count) ) +   geom_bar(aes(fill = Class),width = 0.6) +  ylab("Number of Gene family") +  xlab("Frequency") +   scale_x_continuous(breaks=1:sampleN)+  scale_fill_manual(values = family_color,  # 设置颜色                     name = NULL,  # 不显示图例标题  ) +  scal...

文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site（TSS）

...nic - Rochester Ovarian serous cystadenocarcinoma IGC 26 University of Florida Glioblastoma multiforme IGC 27 Milan - Italy, Fondazione IRCCS Instituto Neuroligico C. Besta Glioblastoma multiforme IGC 28 Cedars Sinai Glioblastoma multiforme IGC 29 Duke Ovarian serous cy...

问题 老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

文章 string数据库下载的文件

...种中距离非常接近，那么它们被认为是相邻的。 2，gene_fusion: 这个特征表示两个基因是否在同一个蛋白质中融合在一起。这种融合通常由基因重排或基因突变引起，可能会对蛋白质功能和相互作用产生影响。 3，phylogenetic_cooccur...

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有mRNA处理方法

...因ID，并且在mRNA行添加Parent信息：  awk -F"[\t=]"  'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10"Parent="$10;}else{print $0}}' PO.gene.gff >PO.gene.gff1  最终结果如下，左边为原始gff文件，...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

...列 zcat GSE127465_human_cell_metadata_54773x25.tsv.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $4$5,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz #解压包 tar xvf GSE127465_RAW.tar # 由于不同样本之间barcode ID可能重复，这里需要添加样本ID到barcode中 for id in `zcat metadata.tsv.gz |awk 'NR&...

问题 TCGA下载数据报错“I could not find the file”

我按照教程执行命令，想借此下载自己感兴趣的数据 在执行到GDC下载这一步，突然出现下载数据找不到，而出现下载中断，无法继 还有个问题，查询到的样品数目为何和癌症和癌旁样本加起来不一样。。。。少的去哪里了

问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

...库里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表的时候，得到了异常的结果，请问我是应该如何...

问题 报错出现“Non-unique name 'IRIS_313-7' in the alignment”

请教一下，我在构建进化树的时候出现这个报错，是不是因为我整理数据的时候有重复的单个文件呀？遇到这种情况，我应该怎么处理呢？

文章 TCGA数据中如何区分样本是癌症还是癌旁

...al  NBC13EBV Immortalized Normal  NEBV14Bone Marrow Normal  NBM15sample type 15  15SH16sample type 16  16SH20Control Analyte  CELLC40Recurrent Blood Derived Cancer - Peripheral Blood  TRB50Cell Lines  CELL60Primary Xenograft Tissue  XP61Cell Line Derived Xenograft Tissue    XCL99sample t...

问题 用linux绘制circos图出现问题

最后绘图输入命令 perl /home/manager/share1/script/circos.pl --chr chr_length.txt --circle link.txt --type link --circle text.txt --type text  --od circose1 但显示出现如下问题 注：bio-linux版本已更新 请求老师帮助指点

文章 2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了！

...ch、International Journal of Biological Macromolecules、Industrial Crops and Products 上不乏该类文章。 目前来看，基因家族分析加qPCR+亚细胞定位实验基本就可以发到二区期刊，如果有更多的功能验证实验比如转基因等，那就可以冲一区...

问题 win10家庭版安装docker desktop,运行时报错

...%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.40/version: open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. In the default daemon configuration on Windows, the docker client must be run elevated to connect. This error may also indicate that the docker daemon is not running.

问题 请问老师您知道如何从protein folding and protein-small molecule interaction algorithms方面预测目标蛋白质的功能吗