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问题 McscanX找组内复制基因，组间复制基因

某个物种用mcscanX组内找到的物种复制基因对与组间找到的物种复制基因数量不等是什么原因？如何取舍？

问题 XP-CLR

我用命令参数cd  $workdir/05.select_sweep mkdir xpclr cd xpclr gzvcf=$workdir/00.filter/clean.vcf.gz window=10000 step=5000 做xpclr的时候，做出的值都没有，会出的图是空的，如图(我用的是山羊芯片数据大概有50000个snp，参数设置是不是不对？) 

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

...)=518979584 To get help, see http://broadinstitute.github.io/picard/index.html#GettingHelp Exception in thread "main" picard.PicardException: /work/my_reseq/ref/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.dict already exists.  Delete this file and try again, or specify a different output file.       ...

问题 stairway-plot里的L参数怎么确定？

看了官方的manual手册还是没有太懂，求求大佬解答这个参数的意义，和计算方法

问题 两个结构域的hmm搜索

老师您好，我看了课程里面介绍的都是一个结构域的hmm搜索，想问一下例如HD-ZIP这种具有Homeodomain（HD结构域）和HALZ（LZ结构域）的基因家族怎么做hmm搜索？是两个结构域分别搜索之后合并结果做后续HD-ZIP家族鉴定吗？

问题 有老师知道为什么TBtools的图是黑的呢？

跑出来的结果如这样，反正黑黢黢的一坨

问题 泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

...ix.default -> contrasts<- Execution halted。我在泛基因组分类的时候只分为了3类，core, dispensable和private。是这个原因导致的报错吗？还是其他的原因？如何修改脚本？core_pan_gene_compare.r

问题 RepeatModeler注释时显示FastaDB:报错

repeatmodeler显示FastaDB::compact - Error could not locate file/home/Repeat/RM_2358092.ThuMar281748232024/round-4/sampleDB-4.fa!请问老师这是什么原因导致的啊，要怎么解决这个问题。文件路径没问题，第四轮生成的sampleDB-4.fa是空的。

问题 IBD 计算2

...rk/data/listA -lb /work/data/listB -i ../01.chr_ibd/sativa.ibd  计算IBD 的时候，没有报错，出来的文件都是空文件。路径是，root@09bd06585807  14:52:51 /work/my_ibd/02.pop_ibd。 有时间帮我看看。 

文章 BaiduPCS-Go上传经常出错

使用BaiduPCS-Go上传文件经常出现错误,检查一下版本 直接使用软件自带的不一定下载成功 ,所以手动下载一下,这个版本直接解压就行,有需要的可以下一下,不需要编译了, BaiduPCS-Go-v3.9.5-linux-amd64.zip 更新以后就上传成功了

问题 HiC-Pro使用

请问老师，我已经成功安装了HiC-Pro, -h会有帮助信息出来，但是运行HiC-Pro -c config-hicpro.txt -i rawdata/ -o results，缺没有任何提示自动停止了，生成了仅包含链接的rawdata和config文件的结果文件夹，请问应该如何成功运行这个软件

问题 蛋白3D结构预测

老师您好。我的基因家族成员通过PSI-blast比对结果只有部分的基因家族成员有结果，且运行python3时没有结果。是不是我只能通过swiss-model找模板预测结构。如果通过swiss-model得到模型，是不是就不能再用pymol计算RMSD值了？ 最后...

问题 先进行基因型填充还是先SNP过滤

教程中为先进行SNP位点的过滤再进行基因型填充，但是我看网上有些教程是先进行基因型填充后再进行SNP位点过滤，请问是否会对过滤的SNP数量有影响呢

问题 变异结果过滤，gatk VariantFiltration

...gatk VariantFiltration过滤这一步中，我们服务器每分钟处理的变异数只有1500左右（图1），我看课程演示里能达到几万到十几万（图2），导致我跑完这一步需要花上一个月左右，是我服务器性能方面的原因吗？这一步我分配了500g内...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

... https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=tobacco 下载了普通烟草的genome的fasta文件和gff注释文件，把gff转为gtf后，提取剪接位点位置信息和外显子位置信息，之后用如下命令： hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME...