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文章 iTOL 导出PDF,SVG,EPS的进化树图片有细线解决办法

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 TCGA的转录组数据如何进行差异分析?

从TCGA上下载了转录组的数据,请问如何进行差异表达分析?

问题 代谢组数据正态检验

在对代谢组数据是否需要进行Log转换进行正态分布检验时,其正态分布指的是同一样本下不同代谢物丰度的分布,还是同一代谢物下不同样本丰度的分布。

文章 NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

...: NM_001178.5NC_000011.10 说明: 1)db=nuccore 你需要下载的数据来自: nuccore database 如果你输入的是protein gi号的话需要更改:db=protein 2)id=663070995,568815587 指定GI号,多个gi号用逗号隔开 3)rettype=acc  设定返回的是Accession号; ...

问题 一个数据集对应可重建的进化树个数

...! 最近遇到了一个跨领域问题,百思不得其解。有一个数据集它包含30个基因序列,我用mega软件即使每次选择不同的建树方式也只能得到四棵不同进化树,但我在GitHub上看到一个项目MO-Phylogenetics,它里面的一个基因序列数据集...

问题 《微生物多样性数据分析实操》课程资料的下载

已经购买了《微生物多样性数据分析实操》课程。该课程相关的数据、脚本等资料有链接可以下载吗?我没有使用docker软件,所以咨询有没有下载地址,谢谢!

文章 火山云 | tos:// 数据下载 | windows/linux下载方式

... 账号密码 登录 TOS Browser 软件(即AK登录),需要知道该数据所在账户的 Endpoint、Access Key ID、Secret Access Key、访问路径(预设TOS路径)。 02-2:在登录页面选择“AK登录”,输入 所有信息 ,即可登录下载。 03:linux | 通过 命...

文章 R语言基础入门—R语言概述与安装!

...后来又开发Bioconductor包,专门用来收录与高通量测序生物数据分析相关包的数据库。目前Bioconductor已经收录了大量的生物数据分析相关的包,包括做转录组差异分析的常用包DEseq2,edgeR,芯片数据分析相关的limma、affy包等等,目...

文章 快速删除Linux文件中的重复数据

例如:geneID.txt,内容如下: 去掉相邻重复的数据行     代码如下: $cat geneID.txt | uniq     得到:

文章 tcga_gene_exp_download.r TCGA数据下载脚本使用说明。

...                               [-o outdir]TCGA 基因表达数据下载及临床数据下载与整理,详细帮助见:https://www.omicsclass.com/article/1485optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -p project, --project project        ...

问题 用TCGAbiolinks下载数据时无法选择primary site的分类

老师我在下载TCGA数据时想下载特定部位(primary site)的病例数据,所以加了primary_site <- "Gum"和primary.site = primary_site,但是运行后显示错误 ,我应该怎么改?

文章 用R语言进行KM生存分析

R是数据分析常用的软件之一,通过各种功能强大的R包,可以简单方便的实现各种分析。在R语言中,能够进行生存分析的R包很多,survival和survminer是其中最基本的两个,survival负责分析,survimner负责可视化,二者相结合,可以轻...

文章 两分钟看懂基因组注释GFF文件

随着大数据时代的到来,很多生物科研工作者都接触了基因组相关实验。在做数据分析的时候,会用到一个很重要的文件,就是基因组的注释文件,也就是今天分享内容的主角GFF文件! 什么是GFF文件 GFF格式是Sanger研究所...

问题 R语言下载GSE数据的问题

今天安装两个GSE数据,第一个能够正常安装,但是在安装第二个的时候出现图中的安装问题,想请问怎么解决这个问题呢?

问题 pfam数据库进不去,怎么办?

pfam数据库进不去怎么办